Projekti / Programi
Uporaba metagenomskega pristopa za odkrivanje povzročiteljev okužb osrednjega živčevja
| Koda |
Veda |
Področje |
Podpodročje |
| 3.01.00 |
Medicina |
Mikrobiologija in imunologija |
|
| Koda |
Veda |
Področje |
| 3.01 |
Medicinske in zdravstvene vede |
Temeljna medicina |
metagenomika, NGS, okužbe osrednjega živčevja, encefalitisi, meningitisi, bakterije, virusi povzročitelji, novi patogeni
Raziskovalci (15)
Organizacije (2)
Povzetek
Okužbe osrednjega živčevja, zaradi visoke stopnje obolevnosti in smrtnosti, predstavljajo pomembno zdravstveno breme. Delovanje možganov je povezano z nadzorom vitalnih življenjskih funkcij in ker se vnetje možganov, ki je povezano z edemom dogaja v omejenem prostoru, so okužbe možganov povezane s težko klinično sliko in z visoko smrtnostjo. Za zmanjševanje smrtnosti in izboljšanje kliničnega poteka bolezni je nujno intenzivno bolnišnično zdravljenje in zgodnja prepoznava povzročitelja. Okužbe osrednjega živčevja lahko povzročajo najrazličnejši mikroorganizmi: bakterije, virusi, glive in paraziti. Ključnega pomena za pravočasno odkrivanje povzročitelja bolezni pri bolnikih z okužbo osrednjega živčevja je ocena tveganja, vendar je le ta otežena zaradi pomanjkanja zanesljivih podatkov o zemljepisni razširjenosti različnih patogenih mikroorganizmov. Kljub napredku medicine, vzrok vnetja osrednjega živčevja ugotovijo v manj kot 40 % vseh primerov, saj je nabor možnih povzročiteljev prevelik, da bi jih lahko vse preskusili. Pravočasna mikrobiološka prepoznava povzročitelja okužbe osrednjega živčevja je ključnega pomena za obravnavo bolnika, saj poveča možnosti za ugoden potek in izid bolezni. Sodobni univerzalni pristopi, kot je sekveniranje nove generacije (NGS), zato predstavljajo uporabno orodje za odkrivanje novih/nepričakovanih povzročiteljev. Osnova metagenomskega pristopa (mNGS) pri odkrivanju povzročiteljev okužb je nepristranska analiza milijonov nukleotidnih zaporedij, ki smo jih pridobili iz nukleinske kisline osamljene iz kliničnega vzorca, s katerimi lahko odkrijemo zaporedja, ki ustrezajo kandidatnim patogenom. Zaradi praviloma nizke koncentracije mikroorganizmov v kliničnih vzorcih in relativno visokega deleža nukleotidnih zaporedij, ki pripadajo gostitelju, je tak diagnostični pristop še vedno drag in časovno zamuden. Za razvoj mNGS v medicini moramo razrešiti več tehničnih in analitičnih težav, optimizirati potek obdelave kliničnih vzorcev ter oceniti uporabnost rezultatov, za obravnavo in zdravljenje bolnikov. Cilj predlaganega projekta je z metagenomskim pristopom odkriti neznane ali redke povzročitelje okužb osrednjega živčevja v Sloveniji in tako osvetlili patogenezo meningitisa, encefalitisa ali meningoencefalitisa. Raziskava bo doprinesla k razvoju novih smernic za diagnostiko okužb osrednjega živčevja na svetovni ravni, saj bomo razvili protokol za pripravo, izvedbo in analizo podatkov mNGS v kliničnih vzorcih pri življenjsko ogrožajočih okužbah. Predvidevamo, da bomo z rezultati predlaganega projekta povečali odstotek bolnikov pri katerih odkrijemo povzročitelja okužbe osrednjega živčevja in skrajšali čas do ugotovitve vzroka bolezni ter tako prispevali k usmerjenemu zdravljenju in zmanjšanju smrtnosti bolnikov.
