Nalaganje ...
Projekti / Programi vir: ARIS

Vpliv RNA variant na fenotipsko raznolikost pri živalskih modelih

Raziskovalna dejavnost

Koda Veda Področje Podpodročje
4.06.03  Biotehnika  Biotehnologija  Animalna biotehnologija 

Koda Veda Področje
4.04  Kmetijske vede in veterina  Kmetijska biotehnologija 
Ključne besede
alternativna poliadenilacija (APA), alternativna uporaba promotorjev, fenotipska raznolikost, model miši, debelost, WTSS-seq, WTTS-seq, živalski modeli
Vrednotenje (pravilnik)
vir: COBISS
Raziskovalci (9)
št. Evidenčna št. Ime in priimek Razisk. področje Vloga Obdobje Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  33148  dr. Maša Čater  Biotehnologija  Tehnični sodelavec  2022  110 
2.  05098  dr. Peter Dovč  Biotehnologija  Raziskovalec  2020 - 2023  936 
3.  10412  dr. Simon Horvat  Biotehnika  Raziskovalec  2020 - 2023  567 
4.  56162  Vito Jurić    Tehnični sodelavec  2021 - 2022 
5.  25435  dr. Janez Konc  Računalniško intenzivne metode in aplikacije  Raziskovalec  2020 - 2023  236 
6.  16361  dr. Tanja Kunej  Živalska produkcija in predelava  Vodja  2020 - 2023  932 
7.  53633  Špela Mikec  Biotehnologija  Mladi raziskovalec  2020 - 2023  32 
8.  38858  Katja Skulj    Tehnični sodelavec  2020 - 2021  15 
9.  55504  Martin Šimon  Živalska produkcija in predelava  Tehnični sodelavec  2021 - 2023  40 
Organizacije (2)
št. Evidenčna št. Razisk. organizacija Kraj Matična številka Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  0481  Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta  Ljubljana  1626914  67.254 
2.  0104  Kemijski inštitut  Ljubljana  5051592000  21.261 
Povzetek
Ozadje problema: Človeški organizem se razvije iz ene vrste celic v več kot 250 tipov; iz enega oplojenega jajčeca v 1012 - 1016 celic. Med temi procesi ostaja genom v somatskih celicah v večji meri nespremenjen. Vendar se fenom, kot je oblika telesa, razvija in napreduje. Končni genom se razvije v neskončen fenom. Velik del genetskih vzrokov za fenotip in kompleksne bolezni, kot je debelost, še vedno ni znan; “manjkajoči delež dednosti”. Domneva se, da so alternativni prepisi ali različice RNA ključnega pomena za prenos informacij z genoma v fenom kot odziv na vplive okolja. Za določitev raznovrstnosti transkriptoma sta bili razviti metodi sekvenciranje mest začetka prepisovanja na ravni celotnega transkriptoma (WTSS-seq) in sekvenciranje terminalnih mest prepisovanja na ravni celotnega transkriptoma (WTTS-seq) za analizo 5-in 3'-koncev prepisov. Metodi WTTS-seq in WTSS-seq sta pokazali potencial za prepoznavanje povezav med genomom in fenomom pri različnih vrstah in izkazali prednosti za preučevanje RNA variant v primerjavi z RNA-seq. Namen študije: Cilj raziskave je uporabiti metodi WTSS-seq in WTTS-seq za analizo vpliva alternativne uporabe promotorjev in alternativne poliadenilacije na razlike v nalaganju maščob pri miši. Uporabljene bodo edinstvene linije miši za debelost / vitkost, ki so bile razvite po 60 generacijah divergentne selekcije glede na vsebnost maščobe. Ta dva modela predstavljata v svetovnem merilu edinstvena živalska modela primerna za identifikacijo genov in mehanizmov zdrave vitkosti in debelosti pri človeku. Glavni cilj bo preučiti, kako je dolgotrajna divergentna selekcija glede na visoko in nizko vsebnost telesne maščobe spremenila mehanizme v genomu in alternativno uporabo promotorjev ali alternativne poliadenilacije. Materiali in metode: Za analizo bodo uporabljene linije miši, selekcionirane glede na vsebnost maščobe v več kot 60 generacijah. Živali bodo razdeljene na štiri skupine: 1. vsebnost maščobe (debela/vitka linija), 2. krma (visoka/nizka vrednost maščob, 3. starost (mlade/odrasle), 4. spol (moški/ženski). RNA bo izolirana iz bele maščobe. Alternativne uporaba začetka prepisovanja na 5’ mestu in uporaba mest poli(A) bo analizirana z metodama WTSS-seq in WTTS-seq. Sledila bo validacija z uporabo in silico (podatkovne zbirke) in laboratorijskih (qPCR) metod. Sekvenciranje bo izvedeno z uporabo aparature Ion Torrent Personal Genome Machine. Posodobitev zbirke kandidatnih genov za debelost pri miši bo izvedena z uporabo podatkovnih zbirk in bioinformacijskih orodij. Povezave med genetskimi variantami, različicami RNA, pridobitvijo/izgubo mest za vezavo miRNA in pridobitvijo/izgubo proteinskih interakcij bo izvedeno s sintezo več-omskih podatkov. Komplementarnost raziskovalne skupine: Raziskovalci z WSU so razvili metodi WTSS-seq in WTTS-seq in jih uporabili pri raziskovanju genoma s fenomom pri različnih živalskih vrstah. Raziskovalci z UL so edini na svetu, ki razpolagajo s selekcijskima linijama F (fat,) in L (lean), ki se razlikujeta v vsebnosti maščevja za več kot 4-krat. Ta model je edinstven in primeren za identifikacijo genov in mehanizmov debelosti in zdrave vitkosti. Raziskovalci z UL imajo tudi ekspertizo na področju bioinformatike, razvoja podatkovnih zbirk in več-omskih študij. Pričakovani rezultati in načrti za prihodnje raziskave: Pričakujemo identifikacijo novih kandidatnih lokusov; RNA variant, povezanih z vsebnostjo maščob pri miši. V laboratorij na UL bom uvedli WTSS-seq in WTTS-seq za preučevanje lastnosti, npr. barve dlake in vsebnost proteinov v mleku. Novi kandidatni lokusi bodo združeni z drugimi genomskimi lokusi, ki so bili z obravnavanimi lastnostmi povezani že predhodno. Rezultati bodo prispevali k identifikaciji genov in mehanizmov za vitkost in debelost in določanju novih tarč za terapijo. Izvedljivost projekta: Projekt je izvedljiv, saj sta metodi WTSS-seq in WTTS-seq dobro optimizirani in preučeni in opisani v objavah v uveljavljenih revijah. Vzorci iz modelov mi
Zgodovina ogledov
Priljubljeno