Projekti / Programi
Določitev novih biomarkerjev glioblastoma za namen neinvazivne tekočinske biopsije
| Koda |
Veda |
Področje |
Podpodročje |
| 3.03.00 |
Medicina |
Nevrobiologija |
|
| Koda |
Veda |
Področje |
| 3.01 |
Medicinske in zdravstvene vede |
Temeljna medicina |
Tekočinska biopsija, novi biomarkerji, glioblastom, mikromreža, ALYREF, DPYSL2, FREM2, TUFM, TRIM28, VIM, CRMP1, SPRY1, NAP1L1, miRNA, lncRNA
Raziskovalci (1)
| št. |
Evidenčna št. |
Ime in priimek |
Razisk. področje |
Vloga |
Obdobje |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
33735 |
dr. Neja Šamec |
Biokemija in molekularna biologija |
Vodja |
2020 - 2023 |
84 |
Organizacije (1)
Povzetek
Glioblastom je najpogostejša, najagresivnejša in najsmrtonosnejša oblika možganskega tumorja. Zaradi nespecifičnih simptomov, ki se pojavljajo med boleznijo, je diagnoza v zgodnjih razvojnih fazah malo verjetna. Prva faza diagnoze je odkrivanje tumorjev z magnetno resonanco (MRI), ki se uporablja tudi za spremljanje napredovanja bolezni ali zmanjšanje tumorja po/med zdravljenjem. Vendar pa MRI ne razlikuje med dejanskim napredovanjem tumorja in nekrotičnim tkivom po operaciji in ima omejitve ločljivosti približno 2-3 mm. Zato je tumor prisoten v možganih, še preden ga lahko makroskopsko zaznamo. Poleg tega v primerih, ko dobimo en sam vzorec biopsije, ni mogoče zajeti celotne tumorske heterogenosti. V tem projektu bomo določili spremembe izražanja bio-označevalcev v obtoku krvi iz 58. vzorcev plazme bolnikov z različnimi stopnjami gliomov v primerjavi z 38. zdravimi posamezniki. V raziskavi bomo preučili skupino bio-označevalcev ALYREF, DPYSL2, FREM2, TUFM, TRIM28, VIM, CRMP1, SPRY1 in NAP1L1, ki smo jih predhodno identificirali kot različno izražene v vzorcih tkiv gliomov v primerjavi z gliomi nižje stopnje in referenčnimi ne- tumorskimi vzorci možganov. Prvi korak projekta bo optimizacija protokolov za izolacijo zunajceličnih veziklov in RNA iz krvi. Nadaljevala bom s protokolom, kjer bo večji izkoristek in boljša kakovost izolirane RNA. Po optimizaciji protokola bom pripravila izolate RNA, miRNA in proteinov iz 58. bolnikov z gliomom. Nato bo sledila določitev in validacija na proteomski in transkriptomski ravni izbranih predhodno izraženih bio-označevalcev glioma ALYREF, DPYSL2, FREM2, TUFM, TRIM28, VIM, CRMP1, SPRY1 in NAP1L1. Ravni izražanja RNA bom določila z digitalnim kapljičnim PCR, zaradi visoke občutljivosti metode, ki je ključnega pomena za biološke vzorce, kjer so količine RNA, ki nas zanimajo, omejene. Na proteomski ravni bom preučila izražanje proteinov ALYREF, DPYSL2, FREM2, TUFM, TRIM28, VIM, CRMP1, SPRY1 in NAP1L1 s prenosom western. Za 8 bolnikov z glioblastomom, ki bodo vključeni v zdravljenje s kemoterapijo s temozolomidom, bomo sledili nivojem izražanja prej omenjenih genskih in proteinskih bio-označevalcev, da ugotovimo, ali jih lahko uporabimo kot bio-označevalce za spremljanje sprememb bolezni (napredovanje ali krčenje) med zdravljenjem. V drugem letu bomo preučili vpliv mikro (mi)RNA in dolge nekodirajoče (lnc)RNA na spremembe v izražanju bio-označevalcev v obtoku krvi pri 8. bolnikih z glioblastomom v primerjavi z 8. zdravimi posamezniki. Za prikaz različnih nivojev izražanja miRNA in lncRNA v vzorcih plazme pri bolnikih z glioblastomom v primerjavi z vzorci, ki izvirajo iz zdravih posameznikov, bomo pripravili koekspresijsko mrežo mRNA-lncRNA-miRNA. S to raziskavo bomo s pomočjo neinvazivne tekočinske biopsije pridobili dostopne bio-označevalce za zgodnje odkrivanje glioblastoma in prihodnje spremljanje uspešnosti zdravljenja.
Najpomembnejši znanstveni rezultati
Vmesno poročilo
Najpomembnejši družbeno–ekonomsko in kulturno relevantni rezultati
