Projekti / Programi
Cinkov prst 714 kot nov potencialni bio-označevalec samomorilnega vedenja
| Koda |
Veda |
Področje |
Podpodročje |
| 3.09.00 |
Medicina |
Psihiatrija |
|
| Koda |
Veda |
Področje |
| 3.02 |
Medicinske in zdravstvene vede |
Klinična medicina |
samomorilno vedenje, biooznačevalec, psihiatrija, epigenetika, samomor z obešanjem, cinkov prst 714, kandidatni gen, sekvenciranje naslednje generacije, imunoprecipitacija kromatina, bioinformatika, izražanje proteinov
Raziskovalci (1)
| št. |
Evidenčna št. |
Ime in priimek |
Razisk. področje |
Vloga |
Obdobje |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
38237 |
dr. Katarina Kouter |
Biokemija in molekularna biologija |
Vodja |
2020 - 2023 |
84 |
Organizacije (1)
Povzetek
Samomorilno vedenje predstavlja resen javno-zdravstveni problem. Vsako leto za posledicami samomora umre skoraj milijon oseb. Kljub zmanjšanju števila samomorov se Slovenija glede na samomorilni količnik še vedno uvršča v svetovni vrh. Z našimi dosedanjimi raziskavami, v katerih smo preučevali metilacijo DNK na slovenskih samomorilskih žrtvah, smo identificirali cinkov prstni 714 (ZNF714) kot potencialni bio-označevalec. Opazili smo, da se je pri žrtvah samomora stopnja metilacije DNA znotraj gena ZNF714 statistično razlikovala od stopnje metilacije, opažene pri skupini kontrolnih preiskovancev. Prav tako smo zaznali izjemno podobnost v vzorcu metilacije DNA gena ZNF714 ob primerjavi med krvjo in štirimi možganskimi regijami. ZNF714 in njegov vzorec metilacije DNA bi se torej lahko uporabljal kot krvni bio-označevalec samomorilnega vedenja. O ZNF714 in njegovi vlogi v celičnih procesih je znanega le malo. Izrazi genske ontologije ga povezujejo z vezavo DNA in nadzoru prepisovanja. Na osnovi poznavanja strukture proteina in njegovih domen, bi ZNF714 lahko sodeloval v mehanizmu utišanja genov preko delovanja posttranslacijskih sprememb histonov. Kljub temu pa niso poznani geni, na katere bi se protein ZNF714 lahko vezal v primeru nadzora prepisovanja. Cilj našega projekta je torej s pomočjo tkivnih vzorcev žrtev samomora in skupine kontrolnih preiskovancev opisati ZNF714 na genetski, epigenetski in proteinski ravni. Predlagani projekt se bo izvajal preko petih glavnih delovnih paketov, ki vključujejo imunoprecipitacijo kromatina s sekvenciranjem (ChIP-seq), analizo izražanja proteinov in ponovno analizo že obstoječih podatkov, ki smo jih pridobili s predhodnim sekvenciranem. Z rezultati, zbranimi s predvidenimi delovnimi paketi, bomo okarakterizirali delovanja proteina ZNF714 in identificirali tarčna vezavna mesta na DNA, ter določili zastopanost proteina ZNF714 in njegovih proteinskih partnerjev. Sledila bo ponovna re-analiza že obstoječih podatkov sekvenciranja širom genoma s poudarkom na genih, povezanih z delovanjem proteina ZNF714 in samim genom ZNF714. Poleg metilacije DNA bomo analizirali prisotnost polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP) in netipično CpG-metilacijo (torej metiliranemu citozinu kot običajno ne sledi gvanin, ampak katera druga baza). Z doseženimi cilji projekta bodo opravljene dodatne potrditvene študije gena in proteina ZNF714, kar bo omogočilo lažje načrtovanje potencialnih raziskav v sodelovanju s kliniko in razvojem novih bio-označevalcev.
Najpomembnejši znanstveni rezultati
Vmesno poročilo
Najpomembnejši družbeno–ekonomsko in kulturno relevantni rezultati
