Projekti / Programi
Razumevanje vloge obokanih riboproteinskih delcev pri virusnih infekcijah
| Koda |
Veda |
Področje |
Podpodročje |
| 1.05.00 |
Naravoslovje |
Biokemija in molekularna biologija |
|
| Koda |
Veda |
Področje |
| 1.06 |
Naravoslovne vede |
Biologija |
Riboproteini, obokani riboproteinski delec, protein MVP, virusna infekcija, HPV, HCV, imunski sistem, protivirusni odziv, proteinski predelki.
Raziskovalci (1)
| št. |
Evidenčna št. |
Ime in priimek |
Razisk. področje |
Vloga |
Obdobje |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
37987 |
dr. Fabio Lapenta |
Biokemija in molekularna biologija |
Vodja |
2021 - 2023 |
53 |
Organizacije (1)
| št. |
Evidenčna št. |
Razisk. organizacija |
Kraj |
Matična številka |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
1540 |
Univerza v Novi Gorici |
Nova Gorica |
5920884000 |
14.070 |
Povzetek
Nalezljive virusne bolezni predstavljajo stalno grožnjo svetovnemu zdravstvu, zato je temeljito poznavanje gostiteljskega protivirusnega odziva in njegovih celičnih mehanizmov ključnega pomena. Obokani ribonukleoproteinski (RNP) delci so veliki in dobro ohranjeni makromolekularni kompleksi, ki so bili nedavno povezani z imunskim odzivom na okužbo pri več človeških virusih. Obokani delci so nanostrukture, ki sodelujejo v različnih celičnih procesih: v jedrno-citoplazemskem transportu, pri rezistenci na različna zdravila, apoptozi in prirojenem imunskem odzivu. Kljub temu njihova natančna vloga v celičnem okolju še ni pojasnjena. S predlaganim projektom želimo proučiti delovanje obokanih kompleksov v kontekstu virusne okužbe. Kot modelna virusa smo izbrali dva človeška onkogena virusa, virus hepatitisa B (HBV) in humani virus papiloma (HPV). Projekt bo potekal v dveh sklopih, in sicer bo vključeval i) raziskave celične vloge obokanega kompleksa, njegove regulacije in mreže interakcij z drugimi celičnimi komponentami v okviru virusne okužbe; ii) ter celovito strukturno in biofizikalno karakterizacijo obokanih ribonukleoproteinskih delcev. Izražanje, lokalizacijo in celično vlogo obokanih kompleksov bomo proučevali pred, med in kot odziv na okužbo humanih celičnih linij s HBV in HPV, pri čemer bomo uporabili varne replikacijsko onesposobljene psevdovirusne delce. Podatke o biologiji obokanih kompleksov in njihovi znotrajcelični lokalizaciji bomo dobili z reporterskimi molekulami in fluorescenčno mikroskopijo. S pomočjo pretočne citometrije in imunokemije bomo ugotovili časovni potek izražanja gena in proteina glavnega sestavnega dela obokanega kompleksa – proteina MVP, kot odziv na virusno okužbo. Ovrednotili bomo tudi celične linije z utišanimi geni za komponente obokanega kompleksa. Sledila bo proteomska analiza interaktoma obokanega kompleksa, pri čemer bomo primerjali interakcijske mreže vezavnih partnerjev v fizioloških pogojih in med virusno okužbo. Mehanizem delovanja, vezavna mesta in strukturne lastnosti obokanega kompleksa bomo proučevali s pomočjo rekombinantnega proteina MVP. Z mestno specifično mutagenezo proteina MVP bomo določili aminokisline, ki sodelujejo v molekularnih interakcijah obokanega kompleksa. Analizo vezavnih mest bomo naredili na proteinih, pripravljenih v kvasovkah in bakterijah. Očiščene proteine bomo uporabili za strukturne študije z metodami ozkokotnega rentgenskega sipanja in elektronske mikroskopije. Verjamemo, da bo predlagani raziskovalni projekt bistveno izboljšal razumevanje vloge obokanih RNP kompleksov v celici, zlasti med virusnimi okužbami in pri aktivaciji imunskega odziva gostitelja. To bo v pomoč tudi drugim raziskovalcem, ki delujejo na področjih virologije, protivirusnih učinkovin in proteinskih celičnih struktur.
