Genomika eritrocitoz

V sklopu projekta Genetska osnova eritrocitoze v Sloveniji (GenEry) bomo odgovorili na trenutno nepopolne diagnostične potrebe za redko podedovano hematološko bolezen, prirojeno eritrocitozo. Več kot 30% bolnikov v EU ni opredeljenih, tudi v Sloveniji, pri ostalih pa je stanje še vedno označeno kot idiopatsko. Eritrocitoza je hematološko stanje s povečano maso eritrocitov in posledično povečano ravnjo hematokrita in hemoglobina. Vzrok bolezni je posledica dednih ali pridobljenih mutacij ali kompenzacijski mehanizem pri nekaterih kroničnih boleznih (srce, pljuča, ledvice itd.). Klinični znaki bolezni pogosto ostanejo spregledani, dokler se ne pojavijo trombotični zapleti ali smrt. Hitra in natančna diagnoza je zato ključnega pomena. Genetski vzrok eritrocitoze je lahko policitemija vera ali prirojena (družinska) eritrocitoza. Policitemija vera je najpogostejša pridobljena eritrocitoza, analizo mutacij JAK2 v Sloveniji opravljamo rutinsko. Prirojena eritrocitoza ima heterogeno gensko ozadje, zaradi česar je diagnoza težavna. Vzrok je lahko mutacija v genih vključenih v zaznavanje ravni kisika v krvi (VHL, EGLN1, EPAS1, EPO), prenos signala eritropoetina (EPOR, JAK2) ali uravnavanje afinitete hemoglobina na kisik (HBA1, HBA2, HBB, BPGM, PKLR). V okviru Evropskega konzorcija za prirojeno eritrocitozo genetsko diagnosticirajo le sedem od 21 genov trenutno povezanih s prirojeno boleznijo. Uporabljajo klasično vendar dolgotrajno analizo zaporedja po Sangerju. Zaradi slabe diagnostične opredelitve bolezni je otežena opredelitev zdravljenje, zato zdravniki nimajo enotnih smernic glede izbire zdravljenja (nizki odmerek aspirina, venepunkcija, JAK2 zaviralci, ipd.). V okviru projekta bomo uporabili holistične NGS diagnostične rešitve, s katerimi bomo posodobili diagnostični algoritem in se osredotočili na odkrivanje novih mehanizmov bolezni. Razvoj NGS za diagnozo prirojene eritrocitoze bo omogočil hitrejšo in cenejšo analizo bolnikov in sočasno analizo vseh ciljnih regij / genov v enem testu. Projekt vključuje 5 delovnih sklopov (DS), ki se osredotočajo na diagnostični kot tudi klinični vidik bolezni. V okviru DS1 bomo opredelili etiološke podatke o bolezni v slovenski populaciji ter posodobili trenutni diagnostični algoritem. DS2 se bo osredotočil na razvoj klasične analize zaporedja po Sangerju ter novega NGS diagnostičnega pristopa. Analizirali bomo ciljno izbrane gene predhodno povezane z boleznijo ter nov določene gene, vključno z eksonskimi, intronskimi in regulatornimi regijami. DS3 je namenjen razumevanju funkcionalnega vpliva in molekularnega mehanizma novo odkritih genskih variant in pripravo posodobljenega modela bolezni. V okviru DS4 bomo zasnovali in potrdili uporabo NGS za raziskovanje eritrocitoze. Poleg tega bomo razvili dodatne preproste in hitre genetske teste za potrditev najpogosteje odkritih genetskih variant. Namen DS5 je vodenje in diseminacija projekta. Izboljšana, cenejša in hitrejša diagnoza, razvita v okviru našega projekta, bo omogočila boljše razumevanje mehanizmov bolezni ter hitrejšo opredelitev bolnikov. S tem bo omogočen izbor najboljšega zdravljenja za posamezne podskupine bolnikov (personalizirana medicina).