Projekti / Programi
Nmr študij strukture nukleinskih kislin in njihovih interakcij s kovinskimi inoni
| Koda |
Veda |
Področje |
Podpodročje |
| 1.05.00 |
Naravoslovje |
Biokemija in molekularna biologija |
|
| Koda |
Veda |
Področje |
| P320 |
Naravoslovno-matematične vede |
Nukleinske kisline, sinteza beljakovin |
nukleinske kisline, NMR spektroskopija, interakcije s kovinskimi ioni, G-kvartet, konformacijska analiza
Raziskovalci (4)
| št. |
Evidenčna št. |
Ime in priimek |
Razisk. področje |
Vloga |
Obdobje |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
19789 |
dr. Martin Črnugelj |
Kemija |
Raziskovalec |
2002 - 2004 |
39 |
| 2. |
10082 |
dr. Janez Plavec |
Kemija |
Vodja |
2002 - 2004 |
1.255 |
| 3. |
21425 |
dr. Miha Plevnik |
Farmacija |
Raziskovalec |
2002 - 2004 |
39 |
| 4. |
17918 |
dr. Matjaž Polak |
Biokemija in molekularna biologija |
Raziskovalec |
2002 - 2004 |
56 |
Organizacije (1)
| št. |
Evidenčna št. |
Razisk. organizacija |
Kraj |
Matična številka |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
0104 |
Kemijski inštitut |
Ljubljana |
5051592000 |
20.957 |
Povzetek
V projektu predlagamo študij interakcij kovinskih ionov z nukleinskimi kislinami. Kovinski ioni definirajo 3D strukturo DNK in RNK in posledično njihovo vlogo in funkcijo. Prisotnost kovinskih kationov je nujno potrebna pri mnogih, če ne vseh biokemijskih procesih v celici. Tvorba struktur nukleinskih kislin z več vijačnicami kot so Gvanin-kvarteti zahteva prisotnost kationov. Naše glavno orodje bo NMR spektroskopija. Predlagamo študij sekvenčno specifične vezave 15N izotopsko označenih amonijevih sond z multinuklearno NMR spektroskopijo. Naš model bodo oligonukleotidi DNK z zaporedjem gvaninskih enot za katere pričakujemo, da bodo tvorili G-kvadrupleksne strukture. Strukture z G-kvarteti so posebno zanimive s stališča kationske vezave, ker tvorijo stabilne strukture, ki dopuščajo mnogo sprememb v nadrobnostih skeleta nukleinskih kislin vključno z orientacijo verig, konformacijo okoli glikozidne vezi in dolžino vezalnih zank. Nadalje G-kvarteti predstavljajo idealno ogrodje za sestavljanje mnogih različnih struktur vključno z apatameri zelo različnih specifičnosti, ki lahko vežejo željeno molekularno tarčo. Naši rezultati bodo pomagali razložiti kaj kontrolira vezavo kationov na nukleinske kisline in kako je interakcija odvisna od sondine velikosti in gostote naboja. Razvoj strukturnih sond za lokalizacijo kationov, ki se vežejo na DNK v raztopini bo prispeval potrebne strukturne informacije in nadalje pomagal pri načrtovanju novih kationskih sond. Globlje razumevanje funkcionalne vloge G-kvartetov v bioloških procesih kot je vloga telomernih koncev DNK v celici, pri staranju in pri rakastih boleznih bo pomagalo pri razvoju protirakavih in protitumornih zdravil.
