Nalaganje ...
Projekti / Programi vir: ARIS

Specifičnost interakcij nekaterih citolitičnih beljakovin z membranskimi lipidnimi domenami

Raziskovalna dejavnost

Koda Veda Področje Podpodročje
1.05.00  Naravoslovje  Biokemija in molekularna biologija   

Koda Veda Področje
P310  Naravoslovno-matematične vede  Beljakovine, encimologija 
P340  Naravoslovno-matematične vede  Lipidi, steroidi, membrane 
Ključne besede
Citolitični protein; toksin-tvorec por; lipidna membrana; lipidna domena; liposom; lipidni monosloj; lipidni dvosloj; unilamelarni vezikel; toksin; SPR; EPR; epifluorescence microscopy.
Vrednotenje (pravilnik)
vir: COBISS
Raziskovalci (14)
št. Evidenčna št. Ime in priimek Razisk. področje Vloga Obdobje Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  15686  dr. Gregor Anderluh  Biokemija in molekularna biologija  Raziskovalec  2004 - 2007  968 
2.  27539  dr. Biserka Bakrač Bremec  Biokemija in molekularna biologija  Mladi raziskovalec  2006 - 2007  29 
3.  21407  dr. Sabina Berne  Biotehnologija  Raziskovalec  2004  165 
4.  23477  dr. Mojca Beseničar  Biokemija in molekularna biologija  Mladi raziskovalec  2004 - 2007  40 
5.  22470  dr. Katarina Črnigoj Kristan  Biokemija in molekularna biologija  Mladi raziskovalec  2004 - 2005  35 
6.  06994  dr. Peter Maček  Biokemija in molekularna biologija  Vodja  2004 - 2007  523 
7.  12001  dr. Janja Majhenc  Fizika  Tehnični sodelavec  2004 - 2007  73 
8.  17422  Irena Pavešič    Tehnični sodelavec  2004 - 2007 
9.  27541  dr. Andrej Razpotnik  Naravoslovje  Mladi raziskovalec  2006 - 2007  18 
10.  24291  dr. Katja Rebolj  Nevrobiologija  Mladi raziskovalec  2004 - 2007  57 
11.  12278  dr. Maja Rupnik  Mikrobiologija in imunologija  Raziskovalec  2004 - 2007  684 
12.  15328  dr. Kristina Sepčić  Biokemija in molekularna biologija  Raziskovalec  2004 - 2007  728 
13.  01119  dr. Marjeta Šentjurc  Biokemija in molekularna biologija  Mentor mlademu raziskovalcu  2004 - 2007  511 
14.  06905  dr. Tom Turk  Biokemija in molekularna biologija  Raziskovalec  2004 - 2007  619 
Organizacije (3)
št. Evidenčna št. Razisk. organizacija Kraj Matična številka Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  0106  Institut "Jožef Stefan"  Ljubljana  5051606000  90.600 
2.  0381  Univerza v Ljubljani, Medicinska fakulteta  Ljubljana  1627066  48.182 
3.  0481  Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta  Ljubljana  1626914  66.215 
Povzetek
Vezava in tvorba por s citolitičnima proteinoma ekvinatoksinom II (EqtII), ki je predstavnik aktinoporinov, in ostreolizinom (Oly) iz egerolizinske proteinske družine, sta odvisni od posebne lipidne sestave tarčne membrane. EqtII se veže in oligomerizira v membranah, ki vsebujejo sfingomielin, medtem ko ima Oly preferenco za zmes sfingomielina in holesterola. Ker je znano, da ta lipida tvorita posebne membranske domene, napr. lipidne rafte, bomo preučili vezavo in tvorbo por EqtII oz. Oly na lipidnih monoslojih in malih, velikih ter orjaških unilamelarnih veziklih (SUV, LUV, GUV) v odvisnosti od pojavljanja lipidnih domen v teh modelnih membranah. Za primerjavo bomo uporabili tudi heteronemertinski citolizin parborlizin in čebelji melitin, za katera je znano, da imata manjšo specifičnost za lipide. Ugotavljali bomo tudi, ali se citotoksin iz patogene bakterije Clostridium difficile, ki tudi tvori pore, specifično veže v katero od domen. Lipidne domene v SUV in LUV bomo zasledili in ovrednotili z analizo spektrov elektronske paramagnetne resonance (EPR) spinskih označevalcev, vgrajenih v membrane veziklov, iz katerih bomo določili ureditveni parameter in deleže posameznih membranskih domen. Uporabili bomo tudi fluorescentne lipidne označevalce za specifične lipidne domene v lipidnih monoslojih in GUV iz binarnih oz. trojnih lipidnih zmesi sfingomielina, holesterola, palmitoil-oleilfosfatidil-holina (POPC), ali dioleil-fosfatidilholina (DOPC). Dodatno bomo pripravili rekombinantne oblike EqtII in Oly za vezavo fluorescenčnih označevalcev na osnovi tiolne kemije. Po vezavi označenih citolizinov (aktivnih ali z zmanjšano aktivnostjo) na monosloje in GUV bomo zasledovali njihovo lateralno razporeditev s pomočjo epifluorescenčne mikroskopije ter to vzporejali z vzorci fluorescenčno označenih lipidnih domen. Dodatno bomo v primeru GUV analizirali njihovo obliko v povezavi s pojavljanjem lipidnih domen ter lateralno distribucijo označenih proteinov v ravnini membrane. Glede na to, da se tako sfingomielin kot holesterol značilno koncentrirata v tekoči urejeni lipidni fazi, nameravamo tudi razviti postopek za pripravo fluorescenčno označenih EqtII oz. Oly, ki bi specifično zaznavala tekočo urejeno ali druge lipidne faze v umetnih lipidnih in bioloških membranah.
Zgodovina ogledov
Priljubljeno