Projekti / Programi
Razvoj računalniških algoritmov za simulacije makromolekularnih sistemov
| Koda |
Veda |
Področje |
Podpodročje |
| 1.07.00 |
Naravoslovje |
Računalniško intenzivne metode in aplikacije |
|
| Koda |
Veda |
Področje |
| P170 |
Naravoslovno-matematične vede |
Računalništvo, numerična analiza, sistemi, kontrola |
| P190 |
Naravoslovno-matematične vede |
Matematična in splošna teoretična fizika, klasična mehanika, kvantna mehanika, relativnost, gravitacija, statistična fizika, termodinamika |
Računalniške simulacije, algoritmi, molekulska dinamika, DFT metode, simplektične metode, analiza po normalnih načinih nihanja, hamiltonski sistemi, potencialna polja, makromolekule
Raziskovalci (5)
| št. |
Evidenčna št. |
Ime in priimek |
Razisk. področje |
Vloga |
Obdobje |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
23422 |
dr. Urban Borštnik |
Računalniško intenzivne metode in aplikacije |
Mladi raziskovalec |
2004 - 2007 |
36 |
| 2. |
02287 |
dr. Milan Hodošček |
Kemija |
Raziskovalec |
2004 - 2007 |
281 |
| 3. |
06734 |
dr. Dušanka Janežič |
Računalniško intenzivne metode in aplikacije |
Vodja |
2004 - 2007 |
500 |
| 4. |
13627 |
dr. Franci Merzel |
Računalniško intenzivne metode in aplikacije |
Raziskovalec |
2004 - 2007 |
209 |
| 5. |
19037 |
dr. Matej Praprotnik |
Računalniško intenzivne metode in aplikacije |
Raziskovalec |
2004 - 2007 |
323 |
Organizacije (1)
| št. |
Evidenčna št. |
Razisk. organizacija |
Kraj |
Matična številka |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
0104 |
Kemijski inštitut |
Ljubljana |
5051592000 |
20.996 |
Povzetek
Cilj predlaganega raziskovalnega projekta je povečanje natančnosti in učinkovitosti obstoječih algoritmov za simulacije molekulske dinamike makromolekularnih sistemov. Predvsem nameravamo: i) učinkovito reševati klasične in kvantne enačbe gibanja s pomočjo novo razvitih simplektičnih algoritmov, ki temeljijo na analitični obravnavi visokofrekvenčnih gibanj, ii) upoštevati kvantne efekte pri dinamiki lahkih delcev s pomočjo metod za propagacijo valovnih paketov in teorije gostotnih funkcionalov in iii) izboljšati obravnavo topila pri simulaciji molekulske dinamike z razvojem metod, kjer le hidratacijsko plast topila predstavimo eksplicitno, preostali del topila pa implicitno.
Predlagane metodološke izboljšave bodo omogočile povečanje zmogljivosti obstoječih algoritmov tako glede velikostne kot časovne skale in s tem prispevale k boljšemu vpogledu v odnos med strukturo in funkcijo obravnavanega sistema. Uporabnost novo razvitih metod in pristopov bomo pokazali na nekaterih biološko zanimivih primerih.
