Projekti / Programi
Nmr spektroskopske študije interakcij kovinskih ionov z dnk
| Koda |
Veda |
Področje |
Podpodročje |
| 1.05.00 |
Naravoslovje |
Biokemija in molekularna biologija |
|
| Koda |
Veda |
Področje |
| P320 |
Naravoslovno-matematične vede |
Nukleinske kisline, sinteza beljakovin |
| P351 |
Naravoslovno-matematične vede |
Strukturna kemija |
NMR DNA nukleotidi kovinski ioni konformacija interakcije psevdorotacijsko ravnotežje
Raziskovalci (1)
| št. |
Evidenčna št. |
Ime in priimek |
Razisk. področje |
Vloga |
Obdobje |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
10082 |
dr. Janez Plavec |
Kemija |
Vodja |
1998 - 2001 |
1.255 |
Organizacije (1)
| št. |
Evidenčna št. |
Razisk. organizacija |
Kraj |
Matična številka |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
0104 |
Kemijski inštitut |
Ljubljana |
5051592000 |
20.942 |
Povzetek
Naše raziskave so usmerjene na študij vezavnih lastnosti kationov na nukleinske kisline z namenom, da bi razumeli, kako se formirajo specifična vezavna mesta za mono- ali divalentne kovinske ione in kako vezava kationov na taka mesta stabilizira strukture višjega reda (n. pr. G-kvadrupleksov), ali pa n. pr. povzroči konformacijske spremembe, ki so pomembne za razumevanje aktivnosti kovinskih kompleksov kot zdravil (n. pr. Pt kompleksov s protirakasto aktivnostjo). Multinuklearne NMR študije interakcij kovinskih ionov z gradniki DNK omogočajo določitev vezavnih mest in kvantitativen vpogled v elektrostatsko vs. bolj koordinativno naravo interakcij preko termodinamskih podatkov o psevdorotacijskem ravnotežju Sever (okoli C3''-endo) = Jug (okoli C2''-endo) in ostalih konformacijskih ravnotežij vzdolž sladkorno-fosfatnega skeleta. Interakcija ali vezava kovinskega iona na dušikov atom heterocikla povzroči direktno prerazporeditev pi-elektronskega sistema heterociklične baze, ki se preko anomernega efekta prenese na sladkorni del nukleotidov in tako posredno vpliva na lokalno zvitje oz. strukturo nukleinske kisline. Na modelnih sistemih smo s pomočjo temperaturno-odvisnih 3JHH sklopitvenih konstant kvantitativno ovrednotili spremembe v jakosti anomernega efekta, ki določa populacijo konformer severnega tipa, pri katerih je heterociklična baza v psevdoaksialnem položaju. Ob analizi heteronuklearnih 3JHP in 3JCP sklopitvenih konstant smo opazili, da so konformacijske spremembe v položaju ravnotežja Sever = Jug zaradi interakcije s kovinskimi ioni malo povezane s spremembami vzdolž glikozidne vezi in torzijskih kotov beta, gamma in epsilon. Strukturne in konformacijske študije potencialno antitumorno in antivirusno aktivnih spojin oz. kompleksov so osnova za formuliranje povezav med njihovo strukturo in aktivostjo.
