Nalaganje ...
Projekti / Programi vir: ARIS

Funkcijska genomika kompleksne regulatore mreže homeostaze holesterola

Raziskovalna dejavnost

Koda Veda Področje Podpodročje
1.05.00  Naravoslovje  Biokemija in molekularna biologija   

Koda Veda Področje
P004  Naravoslovno-matematične vede  Biokemija, presnova 
P340  Naravoslovno-matematične vede  Lipidi, steroidi, membrane 
P170  Naravoslovno-matematične vede  Računalništvo, numerična analiza, sistemi, kontrola 
P176  Naravoslovno-matematične vede  Umetna inteligenca 
B110  Biomedicinske vede  Bioinformatika, medicinska informatika, biomatematika, biometrija 
Ključne besede
Homeostaza holesterola, presnova zdravil, cirkadično uravnavanje, DNA mikromreže, genske regulatorne mreže. bioinformatika
Vrednotenje (pravilnik)
vir: COBISS
Raziskovalci (11)
št. Evidenčna št. Ime in priimek Razisk. področje Vloga Obdobje Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  15395  dr. Aleš Belič  Sistemi in kibernetika  Raziskovalec  2007 - 2009  323 
2.  28452  dr. Juan Antonio Contreras  Biokemija in molekularna biologija  Raziskovalec  2007 - 2009  58 
3.  18992  dr. Martina Fink  Biokemija in molekularna biologija  Raziskovalec  2007 - 2009  128 
4.  20347  dr. Klementina Fon Tacer  Metabolne in hormonske motnje  Raziskovalec  2008 - 2009  127 
5.  30692  dr. Mateja Hafner  Biokemija in molekularna biologija  Mladi raziskovalec  2009  25 
6.  21352  dr. Peter Juvan  Reprodukcija človeka  Raziskovalec  2007 - 2009  163 
7.  29321  dr. Rok Košir  Srce in ožilje  Mladi raziskovalec  2008 - 2009  90 
8.  28382  dr. Uršula Prosenc Zmrzljak  Javno zdravstvo (varstvo pri delu)  Mladi raziskovalec  2007 - 2009  91 
9.  22459  dr. Tadeja Režen  Nevrobiologija  Raziskovalec  2007 - 2009  246 
10.  06013  dr. Damjana Rozman  Biokemija in molekularna biologija  Vodja  2007 - 2009  896 
11.  24289  dr. Matej Seliškar  Biokemija in molekularna biologija  Raziskovalec  2007 - 2009  25 
Organizacije (2)
št. Evidenčna št. Razisk. organizacija Kraj Matična številka Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  0381  Univerza v Ljubljani, Medicinska fakulteta  Ljubljana  1627066  48.724 
2.  1538  Univerza v Ljubljani, Fakulteta za elektrotehniko  Ljubljana  1626965  28.004 
Povzetek
V okviru FP6 EU projekta Steroltalk (No. 512096) smo v juliju 2006 dokončali razvoj STEROLTALK v2 mikromreže, ki vsebuje preko 300 mišjih in človeških genov, vključenih v sintezo in presnovo holesterola, z jedrnimi receptorji-posredovane signalne poti, cirkadično uravnavanje in presnovo zdravil. To mikromrežo bomo, skupaj z drugimi Steroltalk orodji, uporabili za dešifriranje kompleksne transkripcijske regulatorne mreže homeostaze holesterola, presnove zdravil in cirkadičnega uravnavanja v predloženem projektu z akronimom CHOLNET. Uporabili bomo model mišk (z zdravili tretirane normalne in hiperlipidemične miške in miške z izničenim genom CREM), skupaj z modelom človeških primarnih hepatocit (izvor RNA iz sodelujočega Madžarskega laboratorija) in pristopi strojnega učenja ter računalniškega modeliranja in simulacije. Za cirkadične eksperimente bomo vzorce mišjih jeter odvzeli v 4-urnih intervalih preko 1-2 dni. S pomočjo analize transkriptoma z mikromrežami Steroltalk bomo zgradili transkripcijske regulatorne mreže in jih nadgradili z dostopnimi informacijami o odgovarjajočih proteinih in metabolitih. Z integracijo transkriptoma, proteoma in metaboloma bomo zgradili model z visoko napovedno močjo. Predlagani pristopi bodo prispevali k dešifriranju večnivojskega odgovora homeostaze holesterola na znana in nova zdravila ter osvetlili prispevek cirkadičnega uravnavanja metaboličnih procesov. Predloženi projekt bo pomembno prispeval k naporom EU projekta Steroltalk pri odkrivanju interakcij med homeostazo holesterola, presnovo zdravil in cirkadičnim uravnavanjem, s čimer bo v pomoč pri razumevanji in zdravljenju obolenj, povezanih s hiperlipidemijo.
Pomen za razvoj znanosti
Odkritje novih znanstvenih spoznanj. Motnje homeostaze holesterola so eden od ključnih dejavnikov za nastanek hiperlipidemij in pojavnosti kardiovaskularnih obolenj. Z uporabo globalnih pristopov (tehnologija DNA čipov) bomo raziskali molekularne mehanizme in interakcije, kar bo pomembno prispevalo k celostnemu razumevanju homeostaze holesterola. Naše bazične raziskave so mednarodno odmevne, kar je razvidno iz spiska publikacij in citiranosti. Izpopolnitev oziroma razširitev metodološkega instrumentarija. V slovenski prostor smo uvedli tehnologijo DNA čipov in skupaj s partnerji Slovenskega konzorija za bio-čipe tudi proskrbeli ustrezno infrastrukturo. Razvoj svojega temeljnega raziskovanja. Zgoraj omenjena znanstvena spoznanja spadajo v kategorijo temeljnih znanstvenih spoznanj s področja biokemije in molekularne biologije in funkcijske genomike. Publikacije zadnjih let predhodnih projektov so plod lastnega temeljnega raziskovanja v sodelovanju z mednarodnimi partnerji. Razvoj drugih temeljnih znanosti. Predloženi projekt je izrazito interdisciplinarne narave. Uporablja nova orodja funkcijske genomike. Poleg novih osnovnih spoznanj s področja biokemije in molekularne bioogije, se vklaplja v domeno bioinformatike in matematičnega modeliranja. Pričakujemo, da bodo imele v tem projektu načrtovane raziskave tudi vpliv na vsa tri omenjena področja. Razvoj aplikativnega raziskovanja. Iskanje novih hipolipidemikov s ciljem zniževanja ravni holesterola ostaja tržno zanimivo področje farmacevtke industrije. Predhodni projekt je privedel do trajnega sodelovanja s farmacevtsko družbo Lek, ki temeljna spoznanja naših raziskav uporablja pri testiranju novih učinkovin. Lek je tudi partner predlaganega projekta. Razvoj novih tehnologij. Predložene raziskave bodo pripomogle k širši uporabi in razvoju tehnologije DNA čipov v Sloveniji.
Pomen za razvoj Slovenije
Mnoga obolenja pri človeku so rezultat porušenih homeostatskih mehanizmov. Projekt »Funkcijska genomika kompleksne regulatorne mreže homeostaze holesterola« (CHOLNET) izvaja po-genomske raziskave ravnovesja holesterola in presnove zdravil, ki vključujejo tudi cirkadični aspekt uravnavanja metaboličnih procesov. Raziskava povezuje področje funkcijske genomike z biomedicino in biotehnologijo, s končnim ciljem prispevati k izboljšanju človekovega zdravja v Sloveniji kot tudi v svetu. Projekt CHOLNET se izvaja v okviru Centra za funkcijsko genomiko in bio-čipe (CFGBC). CFGBC je konzorcijsko osnovana raziskovalna in učna baza slovenskega nacionalnega pomena, ki deluje na Medicinski fakulteti UL v okviru Mreže infrastrukturnih raziskovalnih centrov Univerze v Ljubljani. Raziskovalci projekta CHOLNET , ki izvajajo študije analize transkriptoma, informatične obdelave podatkov ter rudarjenja v podatkovnih zbirkah za omenjeni projekt, delujejo tudi kot svetovalci in tutorji šna številnih drugih projektih, ki se izvajajo v okviru CFGBC. Preko te dejavnosti projekt CHOLNET pomembno prispeva k izobraževanju slovenskih strokovnjakov na področju funkcijske genomike in tehnologije mikromrež, d abi zadostili potrebam farmacevtske industrije in kliničnih ustanov.
Najpomembnejši znanstveni rezultati Letno poročilo 2008, zaključno poročilo, celotno poročilo na dLib.si
Najpomembnejši družbeno–ekonomsko in kulturno relevantni rezultati Letno poročilo 2008, zaključno poročilo, celotno poročilo na dLib.si
Zgodovina ogledov
Priljubljeno