Nalaganje ...
Projekti / Programi vir: ARIS

Razvoj proteinske mikromreže za raziskavo tumorskega proteoma pri raku želodca

Raziskovalna dejavnost

Koda Veda Področje Podpodročje
1.05.00  Naravoslovje  Biokemija in molekularna biologija   

Koda Veda Področje
P004  Naravoslovno-matematične vede  Biokemija, presnova 
B200  Biomedicinske vede  Citologija, onkologija, kancerologija 
Ključne besede
rak želodca, onkogeneza, proteinske mikromreže, bio-čipi, proteinski markerji, onkoproteini, proteom
Vrednotenje (pravilnik)
vir: COBISS
Raziskovalci (8)
št. Evidenčna št. Ime in priimek Razisk. področje Vloga Obdobje Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  18622  dr. Nataša Debeljak  Biokemija in molekularna biologija  Raziskovalec  2007 - 2009  241 
2.  18529  Dubravka Germ    Tehnični sodelavec  2007 - 2009 
3.  21395  dr. Petra Hudler  Medicina  Raziskovalec  2007 - 2009  152 
4.  13839  mag. Robert Juvan  Onkologija  Raziskovalec  2007 - 2009  188 
5.  28916  dr. Damjana Kastelic  Biokemija in molekularna biologija  Raziskovalec  2008 - 2009  33 
6.  24562  Helena Klavžar  Biokemija in molekularna biologija  Tehnični sodelavec  2007 - 2009 
7.  06135  dr. Radovan Komel  Biokemija in molekularna biologija  Vodja  2007 - 2009  1.054 
8.  01528  dr. Stanislav Repše  Onkologija  Raziskovalec  2007 - 2009  308 
Organizacije (2)
št. Evidenčna št. Razisk. organizacija Kraj Matična številka Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  0312  Univerzitetni klinični center Ljubljana  Ljubljana  5057272000  77.465 
2.  0381  Univerza v Ljubljani, Medicinska fakulteta  Ljubljana  1627066  48.238 
Povzetek
Incidenca in smrtnost raka želodca sta v večini razvitih držav v upadanju, vendar kljub temu ta vrsta raka ostaja pri vrhu zdravstvenih problemov kot četrti najpogostejši rak na svetu in kot drugi najpogostejši vzrok smrti zaradi rakavih obolenj. Večina primerov je zaradi oligosimptomatske narave poteka bolezni odkritih v poznih fazah njenega razvoja. Naš cilj je preučiti in združiti transkriptom s proteinskimi ekspresijskimi (izraževalnimi) vzorci v gastričnih tumorskih celicah in tako prispevati pri določanju molekularnih osnov, ki so ključne za razvoj bolezni. Namen študije je izdelati proteinsko onko-mikromrežo na osnovi fenotipskih markerjev iz tumorskih in predkanceroznih celic, ki bi lahko služila kot novo diagnostično orodje za zgodnje prepoznavanje bolezni. Uporabiti želimo nov pristop pri zaznavanju vezave proteinov, imenovan IRPS (analiza s površinsko plazmonsko resonanco, angl. analysis with surface plasmon resonance), ki omogoča odkrivanje proteinov in opazovanje proteinskih interakcij v realnem času in brez posebnega označevanja. Z namenom, da bi našli možna sovpadanja med izražanjem genov in celično proteinsko vsebnostjo oz. za ocenjevanje poskusov s proteinsko onko-mrežo, kar pomeni vzporedno preučevanje transkriptoma gastričnega raka, bomo razvili nizko-gostotno mikromrežo DNA. Pri tem bomo uporabili že znane označevalce, ki smo jih odkrili v naših predhodnih raziskavah. Upamo, da bomo na ta način odkrili skupne bio-označevalce, ki bodo omogočili boljše razumevanje molekularnih osnov in mehanizmov kancerogeneze in ki bodo morda uporabni tudi za razvoj novih molekularnih diagnostičnih metod.
Pomen za razvoj znanosti
Namen projekta je odkritje novih proteinskih označevalcev, ki so značilni za različne razvojne stopnje adenokarcinoma želodca in predrakastih lezij. Te bi v nadaljevanju, skupaj z že poznanimi označevalci, uporabili za oblikovanje proteinskega onko-čipa, uporabnega v diagnostiki za zgodnje odkrivanje vzorcev diferenčno izraženih proteinov, ki naj bi predstavljali specifičen podpis razvojne stopnje raka. Pričakujemo boljši vpogled v molekulske mehanizme onkogeneze in izboljšanje nabora molekulskih označevalcev za normalna in patološka fiziološka stanja. Razviti proteinski čip bo omogočil razvoj nadaljnjih raziskav in bo prototip za komercialne diagnostične čipe. Med analizo laminih VHH proteinskih sekvenc pa smo tudi razvili računalniški algoritem, ki temelji na ugotovljeni ko-evoluciji različnih aminokislinskih ostankov na površini protiteles z aminokislinskimi ostanki, ki so neposredno vpleteni v prepoznavanje antigenov. To odkritje lahko pomeni uvod v novo tehnologijo pridobivanja rekombinatnih protiteles, saj iz aminokislinskega zaporedja protitelesa lahko predvidimo in načrtujemo razpoznavno mesto za specifičen antigen. Visokospecifična protitelesa oz. njihove enoverižne variabilne domene sodijo med visoke prioritete raziskovanja na področju molekularne onkologije, zaradi pričakovane uporabnosti v imunoterapiji oz. zdravljenju raka kot tudi pri razvoju novih, natačnejših diagnostičnih metod.
Pomen za razvoj Slovenije
Proteomski pristop pri iskanju specifičnih označevalcev onkogeneze v slovensko medicino uvaja nove metode post-genomske znanosti. Boljši vpogled v molekulske mehanizme onkogeneze in izboljšanje nabora molekulskih označevalcev za normalna in patološka fiziološka stanja ponujata možnosti za učinkovitejše zgodnje odkrivanje raka, napovedovanje in spremljanje poteka bolezni ter izboljšane pristope k zdravljenju (osebna medicina). Razvoj proteinske mikromreže je intredisciplinaren, saj združuje pristope funkcijske genomike, medicinske molekularne biologije, nanotehnologije in bioinformatike. Proteinski čipi bodo omogočil razvoj nadaljnjih in bolj poglobljenih raziskav na področju onkologije in bodo prototip za komercialne diagnostične čipe. Projekt ustvarja možnosti za postavitev spin-off podjetij, ki bi lahko razvijala omenjena diagnostična in terapevtska orodja.
Najpomembnejši znanstveni rezultati Letno poročilo 2008, zaključno poročilo, celotno poročilo na dLib.si
Najpomembnejši družbeno–ekonomsko in kulturno relevantni rezultati Letno poročilo 2008, zaključno poročilo, celotno poročilo na dLib.si
Zgodovina ogledov
Priljubljeno