Nalaganje ...
Projekti / Programi vir: ARIS

Tehnologije znanj za odkrivanje novih zdravilnih učinkovin: analiza in načrtovnje eksperimentov v visokozmogljivostni genetiki

Raziskovalna dejavnost

Koda Veda Področje Podpodročje
2.07.00  Tehnika  Računalništvo in informatika   

Koda Veda Področje
B110  Biomedicinske vede  Bioinformatika, medicinska informatika, biomatematika, biometrija 
Ključne besede
umetna inteligenca bioinformatika odkrivanje znanj iz podatkov načrtovanje eksperimentov kemijska genomika razvoj zdravil
Vrednotenje (pravilnik)
vir: COBISS
Raziskovalci (14)
št. Evidenčna št. Ime in priimek Razisk. področje Vloga Obdobje Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  02275  dr. Ivan Bratko  Računalništvo in informatika  Raziskovalec  2008 - 2011  745 
2.  23399  dr. Tomaž Curk  Računalništvo in informatika  Raziskovalec  2008 - 2011  254 
3.  23940  dr. Boštjan Japelj  Fizika  Raziskovalec  2008  38 
4.  29992  Petra Kaferle  Biokemija in molekularna biologija  Raziskovalec  2008 - 2011  21 
5.  00412  dr. Igor Križaj  Biokemija in molekularna biologija  Raziskovalec  2008 - 2011  736 
6.  18355  dr. Drago Kuzman  Fizika  Raziskovalec  2008  64 
7.  26460  dr. Mojca Mattiazzi Ušaj  Biokemija in molekularna biologija  Raziskovalec  2008 - 2011  62 
8.  25792  dr. Minca Mramor  Reprodukcija človeka  Raziskovalec  2008 - 2011  62 
9.  24465  dr. Luka Peternel  Srce in ožilje  Raziskovalec  2008  49 
10.  20653  dr. Uroš Petrovič  Biokemija in molekularna biologija  Raziskovalec  2008 - 2011  294 
11.  30142  dr. Marko Toplak  Računalništvo in informatika  Raziskovalec  2008 - 2011  27 
12.  28519  dr. Lan Umek  Upravne in organizacijske vede  Mladi raziskovalec  2008 - 2011  209 
13.  01878  dr. Uroš Urleb  Farmacija  Raziskovalec  2008  381 
14.  12536  dr. Blaž Zupan  Računalništvo in informatika  Vodja  2008 - 2011  533 
Organizacije (3)
št. Evidenčna št. Razisk. organizacija Kraj Matična številka Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  0106  Institut "Jožef Stefan"  Ljubljana  5051606000  92.005 
2.  0258  Lek farmacevtska družba d.d.  Ljubljana  1732811  8.026 
3.  1539  Univerza v Ljubljani, Fakulteta za računalništvo in informatiko  Ljubljana  1627023  16.713 
Povzetek
V zadnjih letih so se z razvojem visokozmogljivostnih tehnologij za pridobivanje podatkov na genomski ravni pri velikem številu eksperimentalnih pogojev biomedicinske raziskave spremenile iz delovno intenzivne v računsko intenzivno znanstveno disciplino. V projektu bomo razvili in uporabili nabor računskih metod za določanje mehanizma delovanja farmakološko aktivnih molekul na modelnem organizmu S. cerevisiae. Orodja bomo uporabili na podatkih o kemijsko-genomskih profilih, ki so najbolj informativen vir podatkov o funkcijski povezanosti med zdravili in geni. S tehnikami umetne inteligence in metodami za odkrivanje znanja in podatkov bomo odkrivali mehanizme delovanja zdravil. Analizo podatkov bomo uporabili v kombinaciji z in silico tehnikami za načrtovanje eksperimentov, tako predlagane eksperimente pa izvedli na robotizirani eksperimentalni platformi, ki omogoča visoko stopnjo ponovljivosti rezultatov ter zanesljivost predlaganih hipotez. Glavni pričakovani rezultati projekta so A) zbirka orodij bioinformatike (analiza podatkov z razvrščanjem v skupine ter klasifikacijo kompleksnih profilov na ravni celotnega genoma, načrtovanje eksperimentov z aktivnim učenjem), B) identifikacija nabora označevalnih genov/mutant, ki nosijo največ informacije za napovedovanje mehanizma delovanja zdravil, in C) prototipska visokozmogljivostna eksperimentalna platforma, ki bo z uporabo najnovejših tehnologij s področij genetike, laboratorijske robotike in računske analize omogočala hitro razvrščanje molekul glede na njihove kemijsko-genetske interakcije. Kemijska genomika je zelo mlado in obetavno področje funkcijske genomike, ki pa za svojo izvedbo zahteva posebna računska orodja. Glede na to, da so primeri praktične uporabe takšnega pristopa zaenkrat še zelo redki, bo projekt lahko pomembno prispeval k razvoju izvirnih metod in tehnologij na tem področju.
Pomen za razvoj znanosti
V projektu smo razvili v svetovnem merilu najbolj natančno analizo rasti celic kvasovke v kolonijah na majhni površini, preko česar lahko določimo fenotipsko zmogljivost posameznih sevov. Ta razvoj je pomemben s stališča povečevanja natančnosti nekaterih tehnik, ki se uporabljajo v visokozmogljivostni genetiki, kakor tudi za razvoj biosenzorjev z živimi celicami mikroorganizmov.
Pomen za razvoj Slovenije
V projektu smo v Sloveniji vpeljali nove metode visokozmogljivostne genetike in preko njih omogočili razvoj znanj za povečevanje konkurenčnosti farmacevtske industrije. Projekt je pomemben tudi s stališča izobraževanja podiplomskih in dodiplomskih na hitro spreminjajočem in razvijajočem se področju funkcijske genomike.
Najpomembnejši znanstveni rezultati Letno poročilo 2008, 2009, zaključno poročilo, celotno poročilo na dLib.si
Najpomembnejši družbeno–ekonomsko in kulturno relevantni rezultati Letno poročilo 2008, 2009, zaključno poročilo, celotno poročilo na dLib.si
Zgodovina ogledov
Priljubljeno