Nalaganje ...
Projekti / Programi vir: ARIS

Mehanizmi zvitja in agregacije proteinov

Raziskovalna dejavnost

Koda Veda Področje Podpodročje
1.04.02  Naravoslovje  Kemija  Strukturna kemija 

Koda Veda Področje
1.04  Naravoslovne vede  Kemija 
Vrednotenje (pravilnik)
vir: COBISS
Raziskovalci (8)
št. Evidenčna št. Ime in priimek Razisk. področje Vloga Obdobje Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  09899  dr. Franc Avbelj  Kemija  Vodja  2009 - 2012  72 
2.  16104  dr. Apolonija Bedina Zavec  Biotehnologija  Raziskovalec  2009 - 2012  154 
3.  08329  dr. Simona Golič Grdadolnik  Kemija  Raziskovalec  2009 - 2012  323 
4.  08523  dr. Jože Grdadolnik  Kemija  Raziskovalec  2009 - 2012  258 
5.  09905  dr. Darko Kocjan  Kemija  Raziskovalec  2009 - 2012  167 
6.  21241  dr. Ana Lenassi Zupan  Biotehnologija  Raziskovalec  2010  16 
7.  06033  Silva Zagorc    Tehnični sodelavec  2009 - 2010 
8.  26516  dr. Jernej Zidar  Računalniško intenzivne metode in aplikacije  Raziskovalec  2010 - 2012  26 
Organizacije (1)
št. Evidenčna št. Razisk. organizacija Kraj Matična številka Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  0104  Kemijski inštitut  Ljubljana  5051592000  21.271 
Pomen za razvoj znanosti
V zadnjih letih so bili odkriti genomi številnih organizmov, od virusov do človeka. Iz zaporedja baznih parov DNA so bili s pomočjo genske kode odkriti številni novi proteini, ki so temeljni gradniki žive celice in imajo pomembno sporočilno vlogo. Žal pa za večino teh proteinov ne poznamo tridimenzionalnih struktur in bioloških funkcij. Za razumevanje delovanja celic je potrebno poznati tridimenzionalne strukture in funkcije vseh proteinov, ki so zapisani v DNA. Določanje struktur proteinov z eksperimenti je izjemno drag in dolgotrajen postopek. Veliko hitreje in ceneje bi bilo napovedovati tridimenzionalne strukture proteinov s pomočjo računalniških algoritmov. Iz znanih tridimenzionalnih struktur je pogosto mogoče sklepati na biološke funkcije in druge lastnostih proteinov. Pričakuje se, da bo imela rešitev problema zvitja proteinov izjemno močan vpliv na razvoj različnih področij znanosti, predvsem kemije, biologije in medicine. Za rešitev problema zvitja proteinov je ključno, da razvijemo tako potencialno polje, ki bo pravilno opisalo strukturo in dinamiko proteinov. To je glavni cilj tega raziskovalnega projekta. Razumevanje zvitja proteinov na molekularnem nivoju bo imelo pomembno vlogo pri odkrivanju vzrokov za bolezni, ki nastanejo zaradi napačnega zvitja določenih proteinov ter pri odkrivanju bolj uspešnih metod zdravljenja le teh (Alzheimerjeva in Parkinsonova bolezen, nekatere vrste raka, diabetes tipa II, cistična fibroza, prionske bolezni ter mnoge druge bolezni). Uspešne metode za napovedovanje tridimenzionalnih struktur proteinov bodo postale nepogrešljivo orodje za modeliranje kompleksov ligand-receptor, encim-substrat in drugih proteinskih interakcij, kar bo omogočilo načrtovanje novih učinkovin.
Pomen za razvoj Slovenije
Uspešne teoretske metode za napovedovanje tridimenzionalnih struktur proteinov bodo izjemno pospešile razvoj znanosti in vplivale na razvoj novih aplikacij v Sloveniji (predvsem v farmacevtskih firmah Lek in Krka). Teoretska rešitev problema zvitja proteinov bo imela največji vpliv na načrtovanje novih zdravil. Načrtovanje novih učinkovin je pogosto neuspešno zato, ker je za mnoge biomolekularne sisteme model delovanja učinkovin “ključ - ključavnica” preveč poenostavljen. Ob vezavi liganda na receptor se namreč poleg konformacije liganda pogosto spremeni tudi konformacija proteinskega receptorja. Z rešitvijo problema zvitja proteinov bomo lahko take spremembe napovedali z računalnikom, kar bo pocenilo razvoj in s tem proizvodnjo novih zdravil. Rezultate raziskav biomolekul objavljamo v uglednih mednarodnih revijah. Na osnovi teh rezultatov smo pridobili industrijske projekte. Za farmacevtsko firmo Lek in Krka izvajamo vrsto projektov, kjer sodelujemo pri raziskavah novih biološko aktivnih učinkovin, kar zahteva uporabo najsodobnejših metodologij in instrumentalne opreme. Z razvojem in uporabo NMR in vibracijske spektroskopije rešujemo konkretne probleme s katerimi se pri proizvodnji in analizi produktov soočajo v farmacevtskih družbah Lek in Krka, kar ima direkten vpliv na razvojne projekte naših partnerjev iz farmacevtske industrije. Projekt je izviren in temelji na naših dosedanjih raziskavah. Rezultati raziskav so bili objavljeni v najuglednejših mednarodnih znanstvenih revijah (tudi Proc. Natl. Acad. Sci. USA), kar dokazuje, da so naše raziskave v svetovnem vrhu. S temi rezultati promoviramo Slovenijo v svetovnih znanstvenih krogih. Obvladovanje najzahtevnejših metod biomolekularnega modeliranja, NMR in vibracijske spektroskopije je pomembno za utrjevanje nacionalne identitete. Z razvojem novih metod pa prispevamo k povečanju znanja na tistih področjih znanosti, ki so trenutno ključna za tehnološki napredek v svetu in s tem tudi v Sloveniji (proizvodnja novih zdravil, medicina, biotehnologija). Pri raziskavah sodelujejo mladi raziskovalci. Mladi raziskovalci pridobivajo znanje, ki je potrebno za izpeljavo temeljnih raziskovalnih projektov kot tudi razvojnih projektov v farmacevtski industriji. Naša skupina sodeluje pri mednarodnih eksperimentih CASP, kjer z raziskovalci s vsega sveta postopno izboljšujemo metode napovedovanja tridimenzionalnih struktur proteinov.
Najpomembnejši znanstveni rezultati Letno poročilo 2009, 2010, 2011, zaključno poročilo, celotno poročilo na dLib.si
Najpomembnejši družbeno–ekonomsko in kulturno relevantni rezultati Letno poročilo 2009, 2010, 2011, zaključno poročilo, celotno poročilo na dLib.si
Zgodovina ogledov
Priljubljeno