Projekti / Programi
Gentski dejavniki tveganja in farmakogenomika kronično vnetne črevesne bolezni
| Koda |
Veda |
Področje |
Podpodročje |
| 3.01.00 |
Medicina |
Mikrobiologija in imunologija |
|
| Koda |
Veda |
Področje |
| 3.01 |
Medicinske in zdravstvene vede |
Temeljna medicina |
Raziskovalci (12)
| št. |
Evidenčna št. |
Ime in priimek |
Razisk. področje |
Vloga |
Obdobje |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
33622 |
Darja Farasin |
|
Tehnični sodelavec |
2010 |
0 |
| 2. |
10065 |
dr. Ivan Ferkolj |
Metabolne in hormonske motnje |
Raziskovalec |
2009 - 2012 |
133 |
| 3. |
28039 |
dr. Silvo Koder |
Farmacija |
Raziskovalec |
2009 - 2012 |
43 |
| 4. |
02053 |
dr. Ivan Krajnc |
Mikrobiologija in imunologija |
Raziskovalec |
2009 |
615 |
| 5. |
02057 |
dr. Dušanka Mičetić-Turk |
Reprodukcija človeka |
Raziskovalec |
2009 |
1.116 |
| 6. |
30953 |
dr. Mitja Mitrovič |
Mikrobiologija in imunologija |
Mladi raziskovalec |
2009 - 2012 |
57 |
| 7. |
33390 |
Petra Perin |
Biokemija in molekularna biologija |
Raziskovalec |
2010 - 2012 |
31 |
| 8. |
16340 |
dr. Uroš Potočnik |
Mikrobiologija in imunologija |
Vodja |
2009 - 2012 |
629 |
| 9. |
28417 |
dr. Katja Repnik |
Mikrobiologija in imunologija |
Mladi raziskovalec |
2009 - 2012 |
132 |
| 10. |
18035 |
dr. Pavel Skok |
Metabolne in hormonske motnje |
Raziskovalec |
2009 - 2012 |
673 |
| 11. |
29750 |
dr. Janez Šimenc |
Mikrobiologija in imunologija |
Raziskovalec |
2009 - 2010 |
25 |
| 12. |
23192 |
mag. Darja Urlep Žužej |
Medicina |
Tehnični sodelavec |
2009 - 2010 |
183 |
Organizacije (3)
Pomen za razvoj znanosti
Skupaj s partnerji v mednarodnem konzorciju »International Inflammatory Bowel Disease Genetics Consortium - IIBDGC« smo izvedli do sedaj eno največjih asociacijskih študij v celotnem genomu (GWA), v katerem je sodelovalo 75000 bolnikov in control iz 18 različnih populacij iz Evrope, ZDA in Avstralije. Ugotovili smo do sedaj največje število genetskih lokusov (genov), ki smo jih do sedaj lahko z tako visoko statistično zanesljivostjo povezali s katerokoli kompleksno boleznijo, kar je omogočilo razvoj in uporabo bioinformatskih orodij za in silico funkcijske analize in odkrivanje bioloških poti povezanih s patogenezo KVČB. Najbolj zanimiv rezultat te bioinformatske analize je ugotovitev, da je večina genov in bioloških poti, po katerih poteka patogeneza te bolezni, enakih tistim, ki jih celice uporabljajo za odziv na okužbo z mikrobi. Ta bioinformatska orodja bodo sedaj uporabljena tudi pri ostalih kroničnih imunskih in ostalih kompleksnih bolezni. Rezultati naše študije bodo tako zdaj omogočili in pospešili nadaljnje funkcijske študije, ki bodo poskušale pojasniti sprožilce, ki aktivirajo signalne poti, da celice sprožijo avtoimunski odziv v stiku z mikrobi normalne črevesne flore.
Nadalje je naša študija pokazala, da je s pomočjo GWA študij možno razložiti le del genetskega dejavnika tveganja, do cca 20%. Rezultati genotipizacije mikromrežo iCHIP in tarčno resekvenciranjem 56 genov z uporabo tehnologije sekvenciranja naslednje generacije je odkrilo redke in najverjetneje vzročne variante v 8 genih, s čimer je bilo pokazano, da bodo redke variacije lahko razložile le en del manjkajoče dednosti pri kompleksnih boleznih in bodo verjetno potrebni dodatni pristopi, kot je npr. analize interakcij med geni in okoljem. Presenetljiva je tudi ugotovitev, da je večina, to je 82 odstotkov polimorfizmov DNK (SNP), povezanih z boleznijo, v nekodirajočih območjih gena, kar pa bo verjetno model za večino komplesnih študij. Najnovejše študije, tudi naša, pa utrjujejo novo prepričanje, da je nekodirajoči del človeškega genoma prav tako zelo pomemben pri delovanju celice, predvsem pri uravnavanju izražanja genov. V naši študiji nam je uspelo za 48 odstotkov nekodirajočih polimorfizmov, povezanih z boleznijo, dokazati povezavo s področji, ki zadevajo uravnavanje izražanja genov.
Pomen za razvoj Slovenije
Rezultati projekta so relevantni in pomembni za medicinski, družbeni in gospodarski razvoj v Sloveniji. Z analizo več kot 200 000 SNP-jev v naši post GWA študiji pri velikem številu slovenskih bolnikov in zdravih kontrolah, smo prispevali do sedaj najobširnejši opis slovenske genetske dediščine in genetske raznolikosti v slovenski populaciji. Opisi genetske raznolikosti, kot so lokacija v genomu, vrsta in frekvenca polimorfizmov, v kontrolni populaciji so neposredno uporabni za številne raziskovalne skupine v Sloveniji, ki izvajajo asociacijske študije pri različnih kompleksnih boleznih. Pridobljene izkušnje in znanje za statistične in bioinformatske analize ogromnega števila genetskih podatkov pridobljenih z mikromrežami za genotipizacijo polimorfizmov SNP lahko ponudimo številnim slovenskim raziskovalnim skupinam, ki uporabljajo asociacijske študije v celotnem genomu za ugotavljanje genetskega dejavnika tveganja pri kompleksnih boleznih in drugih kompleksnih fenotipih pri človeku in tudi ostalih organizmih
Najpomembnejši znanstveni rezultati
Letno poročilo
2009,
2010,
2011,
zaključno poročilo,
celotno poročilo na dLib.si
Najpomembnejši družbeno–ekonomsko in kulturno relevantni rezultati
Letno poročilo
2009,
2010,
2011,
zaključno poročilo,
celotno poročilo na dLib.si
