Nalaganje ...
Projekti / Programi vir: ARRS

Molekulski mehanizem sprožitve proteazne aktivnosti bakterijskega represorja LexA

Raziskovalna dejavnost

Koda Veda Področje Podpodročje
4.06.04  Biotehnika  Biotehnologija  Mikrobna biotehnologija 

Koda Veda Področje
2.11  Tehniške in tehnološke vede  Druge tehniške in tehnološke vede 
Vrednotenje (pravilnik)
vir: COBISS
Raziskovalci (14)
št. Evidenčna št. Ime in priimek Razisk. področje Vloga Obdobje Štev. publikacij
1.  13654  dr. Jerneja Ambrožič Avguštin  Biokemija in molekularna biologija  Raziskovalec  2010 - 2012  233 
2.  15686  dr. Gregor Anderluh  Biokemija in molekularna biologija  Raziskovalec  2009 - 2011  935 
3.  30435  Gregor Bajc    Tehnični sodelavec  2009 - 2012  31 
4.  26491  dr. Maruška Budič  Biokemija in molekularna biologija  Raziskovalec  2010 - 2011  24 
5.  24290  dr. Matej Butala  Biokemija in molekularna biologija  Raziskovalec  2011  224 
6.  25518  dr. Miha Črnigoj  Farmacija  Raziskovalec  2011 - 2012  42 
7.  09836  dr. Blagajana Herzog-Velikonja  Biokemija in molekularna biologija  Raziskovalec  2009 - 2012  121 
8.  30736  dr. Simona Kamenšek  Medicina  Mladi raziskovalec  2009 - 2012  15 
9.  20788  dr. Lejla Pašić  Biokemija in molekularna biologija  Raziskovalec  2009 - 2012  87 
10.  29420  dr. Živa Petkovšek  Mikrobiologija in imunologija  Mladi raziskovalec  2009 - 2012  26 
11.  15328  dr. Kristina Sepčić  Biokemija in molekularna biologija  Raziskovalec  2009 - 2011  696 
12.  23963  dr. Silva Sonjak  Biotehnologija  Raziskovalec  2009 - 2011  58 
13.  16064  dr. Marjanca Starčič Erjavec  Biokemija in molekularna biologija  Raziskovalec  2009 - 2012  419 
14.  07042  dr. Darja Žgur Bertok  Biokemija in molekularna biologija  Vodja projekta  2009 - 2012  439 
Organizacije (1)
št. Evidenčna št. Razisk. organizacija Kraj Matična številka Štev. publikacij
1.  0481  Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta  Ljubljana  1626914  64.118 
Pomen za razvoj znanosti
Odziv SOS je v bakterijah induciran kot odziv na stres, ki ga izzovejo poškodbe DNA oz. zastoj v podvojevanju genoma. Kljub temu, da je bil odziv SOS odkrit že leta 1974 ostaja mnogo nejasnosti v zvezi z molekularnimi mehanizmi njegove indukcije. Novejše raziskave razkrivajo, da odziv SOS ne nadzira samo popravljanje poškodovane DNA bakterij temveč tudi razvoj in širjenje odpornosti bakterij proti antibiotikom. Med najbolj problematičnimi so Enterobakterije, sevi vrste Staphylococcus aureus in C. difficile. Slednja, v medijih poimenovana "superbakterija", danes po umrljivosti že presega zloglasne seve za metilicin odporne S. aureus (MRSA). Poglavitna regulatorja odziva SOS sta aktivator, protein RecA in represor, protein LexA. Razkrili smo strukturo na DNA vezanega proteina LexA in strukturo LexA, ki omogoča samocepitev ter indukcijo sistema SOS. Nadgradili smo model indukcije sistema SOS. V sodelovanju z dr. Majo Rupnik, smo prvi pričeli z raziskavami SOS odziva bakterije C. difficile. Slednja sodi med najpogostejše povzročitelje bolnišničnih črevesnih okužb. Ker smo dokazali, da protein RecA* bakterije E. coli, sproži samo-cepitev proteinov LexA ali DinR (homolog LexA bakterije C. difficile), naši izsledki nakazujejo širšo ohranjenost odziva SOS med bakterijami. Prvi smo z in silico analizo ugotovili 15 potencialnih operatorskih mest DinR v genomu C. difficile, jih z SPR vezavo DinR potrdili in izdelali DNA vezavni motiv DinR za bakterijo C. difficile.
Pomen za razvoj Slovenije
Uspešno zdravljenje bakterijskih okužb in omejevanje širjenja odpornosti proti antibiotikom zahteva uporabo učinkovitih protimikrobnih učinkovin. Zaradi prevalence determinant odpornosti proti antibiotikom je, tudi v Sloveniji, pogosto potrebno zaporedno zdravljenje z več antibiotiki ali s kombinacijami več antibiotikov. Bolj pogosto poteka zdravljenje v bolnišnicah kar izrazito poveča stroške zdravljenja, vpliva na kvaliteto življenja in še dodatno ogroža druge bolnike, saj so zdravstvene ustanove že sedaj prava legla determinant odpornosti proti antibiotikom. Povečuje se in se bo še povečevala umrljivost zaradi infektivnih bolezni. Izrazito tudi narašča umrljivost zaradi okužb z bakterijo Clostridium difficile, ki povzroča psevdomembranozni kolitis. Nujno potrebni so novi pristopi in nove tarče protimikrobnih spojin. Sistemi, ki izzovejo mutagenezo kot je sistem SOS, so nove tarče. Odkritje in uporaba spojin, ki inhibirajo mehanizme razvoja odpornosti, kot je odziv SOS, bo omogočilo bolj učinkovito zdravljenje s tradicionalnimi antibiotiki. Novi pristopi npr. kristalizacija in modeliranje tarčnega proteina skrajšajo pot iskanja primerne tarče in njegovega inhibitorja. Izsledki raziskave razjasnjujejo molekularne mehanizme samo-cepitve proteina LexA in sprožitve odziva SOS. Na podlagi naših izsledkov se že, v sodelovanju s Fakulteto za Farmacijo, pripravljajo in testirajo učinkovine, ki zavirajo odziv SOS. Hkrati, ker so bili naši izsledki objavljeni v vrhunski reviji področja (Nucleic Acids Research, IF=8,026), postavljajo slovensko znanost ob bok svetovni.
Najpomembnejši znanstveni rezultati Letno poročilo 2009, 2010, 2011, zaključno poročilo, celotno poročilo na dLib.si
Najpomembnejši družbeno–ekonomsko in kulturno relevantni rezultati Letno poročilo 2009, 2010, 2011, zaključno poročilo, celotno poročilo na dLib.si
Zgodovina ogledov
Priljubljeno