Projekti / Programi
Uporaba klasičnih in modernih molekularnih metod za etiološko opredelitev gastroenteritisov
| Koda |
Veda |
Področje |
Podpodročje |
| 3.01.00 |
Medicina |
Mikrobiologija in imunologija |
|
| Koda |
Veda |
Področje |
| B230 |
Biomedicinske vede |
Mikrobiologija, bakteriologija, virologija, mikologija |
| Koda |
Veda |
Področje |
| 3.02 |
Medicinske in zdravstvene vede |
Klinična medicina |
gastroenteritis, metagenomika, enterični patogeni, molekularne metode
Raziskovalci (22)
Organizacije (5)
Povzetek
Akutni gastroenteritis je pomemben vzrok smrtnosti v državah v razvoju in predstavlja večinski delež hospitalizacij otrok do 6. leta starosti zaradi nalezljivih bolezni. Čeprav je v zadnjih tridesetih letih mikrobiološka diagnostika močno napredovala, so gastroenteritisi še vedno v pomembnem deležu nepojasnjeni. Po podatkih iz literature in statističnih podatkih iz Slovenije, je še vedno več kot 30-odstotni delež nepojasnjenih gastroenteritisov. Od gastroenteritisov s pojasnjeno etiologijo je v večinskem deležu, do 70 %, vzrok virusna okužba. V novejših raziskavah z metagenomskimi pristopi, so dokazali številne nove virusne povzročitelje bolezni, predvsem tiste, ki se izločajo z iztrebki. Z ustreznimi analizami lahko pričakujemo pojasnitev etiološko neopredeljenih gastroenteritisov, predvsem nove virusne povzročitelje, ki jih do sedaj s specifičnimi metodami nismo uspeli dokazati.
Predlog našega projekta se nanaša na pojasnjevanje gastroenteritisov, ker se te okužbe pojavljajo najpogosteje in v hujših oblikah. Za raziskovalno skupino smo izbrali hospitalizirane otroke do 6. leta starosti z akutnim gastroenteritisom, ki bodo sprejeti na Kliniko za infekcijske bolezni in vročinska stanja v Ljubljani. Odvzeli bomo iztrebek za mikrobiološke analize in vzorec krvi za pojasnjevanje okužb in dodatnih raziskav za dokazovanje viremije in imunskega odziva gostitelja. Iztrebke bomo ciljano, z uporabo molekularnih in nekaterih klasičnih metod, pregledali na vse najpogostejše bakterijske, parazitske in virusne povzročitelje gastroenteritisov. Vzporedno bomo vključili v raziskavo še kontrolno skupino otrok, brez znakov gastroenteritisa, ki bodo sprejeti na Klinični oddelek za otroško kirurgijo in intenzivno terapijo UKC zaradi elektivnega kirurškega posega.Tudi pri kontrolni skupini bomo odvzeli iztrebek in kri. Pri vzorcih otrok z gastroenteritisom pričakujemo vsaj 25-odstotni delež nepojasnjenih primerov, ki jih bomo vključili v metagenomsko analizo za dokazovanje virusnih povzročiteljev gastroenteritisov in nekaterih manj pogostih parazitskih in bakterijskih patogenov.
S sistematičnim pristopom testiranja z modernimi in klasičnimi metodami v mikrobiologiji, ter vključevanjem kontrolne skupine otrok, pričakujemo pojasnitev gastroenteritisov v večjem deležu kot običajno ter morebitni dokaz novih ali nekaterih manj pogostih virusnih povzročiteljev gastroenteritisov z njihovim natančnim opisom in pojasnitvijo vloge pri gastroenteritisih. Pojasnjevanje etiologije bolezni je ključnega pomena za uspešno zatiranje bolezni, obravnavo bolnikov in preprečevanja širjenja okužb, kar vpliva tudi na zmanjšanje bremena v javnem zdravstvu. S skupnim delom mikrobiologov, klinikov in epidemiologov bomo pregledali trenutne postopke v obravnavi otrok z gastroenteritisom in na podlagi pridobljenih podatkov ugotovili ustreznost le-teh. Predlagali bomo morebitne spremembe ali dopolnitve za racionalno klinično in laboratorijsko obravnavo primerov z akutnim gastroenteritisom pri otrocih. V predlogu projekta smo zagotovili tudi za prenos znanja, glavni cilj pa je razvoj znanosti in stroke na področju medicinske mikrobiologije.
Pomen za razvoj znanosti
Raziskava, ki smo jo izvedli je ena prvih, ki je skupaj s sindromskim pristopom obravnave otrok z drisko vključila še kontrolno skupino in z metagenomsko analizo nepojasnjenih primerov z drisko omogočila v doslej najvišjem odstotku dokazati povzročitelje bolezni. Hkrati smo uspeli dokazati, da določeni patogeni v tej starostni skupini niso pomembni kot povzročitelji drisk, čeprav se v vzorcih pojavljajo v razmeroma velikem deležu (npr. 16,2% PeV in 8,1% C. difficile). Naša raziskava je odprla tudi nova vprašanja v zvezi z mešanimi okužbami in vlogo specifičnih patogenov v sočasnih okužbah. V tej smeri bo potrebno še veliko dodatnega raziskovanja. Kot omenjeno že v nekaterih predhodnih objavah s tega področja, smo dokazali, da je pri pojasnjevanju etiologije pomemben podatek tudi ocena koncentracije posameznih virusnih patogenov, ali vsaj relativna ocena s primerjavo vrednosti Cq med posameznimi patogeni. Nakazali smo možnost posodobitve metodologije molekularne diagnostike z vpeljavo različice digitalnega PCR, s katerim bi veliko bolj zanesljivo lahko opredelili zastopanost posameznih patogenov v vzorcu iztrebka. Rezultati naše raziskave so uporabni za širše območje Evrope, saj nakazujejo pogostost določenih patogenov, ki jih je potrebno v obravnavi otroka z drisko diagnosticirati prednostno. Hkrati smo z optimizacijo nove, inovativne metode na področju predpriprave vzorcev za metagenomske analize uvedli večjo gotovost za kvalitetno metagenomsko analizo zelo kompleksnih vzorcev v katerih se nahajajo virusi.
Pomen za razvoj Slovenije
Za slovenski prostor je raziskava v našem projektu zelo pomembna, saj tovrstnih raziskav še ni bilo izvedenih. Rezultati projekta zelo jasno nakazujejo kateri so najpomembnejši patogeni, ki jih morajo infektologi upoštevati, kateri mikrobni povzročitelji so prisotni, a ne pomembni pri patogenezi in kakšna je najboljša optimalna kombinacija specifičnih mikrobov za uspešno mikrobiološko diagnostiko drisk pri hospitaliziranih otrocih. Doslej smo za tovrstno delo upoštevali zgolj sistematičen pregled objav s tega področja iz Evrope in sveta. Tokrat smo prvič pridobili te pomembne podatke, ki bi lahko vplivale na kvalitetno delo infektologov, pediatrov predvsem pa mikrobioloških diagnostičnih laboratorijev. Rezultati raziskave so lahko podlaga za razširitev pojasnjevanja etiologije drisk tudi pri otrocih, ki so v domači oskrbi in zaradi težav obiščejo (ali ne) le izbranega pediatra na primarni ravni. Pri razvoju nove metode za predpripravo vzorcev v metagenomskih analizah smo vključili kromatografsko metodo, ki jo razvija slovensko biotehnološko podjetje. Uspešna uporaba te metode je dobra promocija slovenskega znanja in bo doprinesla k boljši prepoznavnosti visokotehnoloških proizvodov iz Slovenije.
Najpomembnejši znanstveni rezultati
Letno poročilo
2011,
2012,
2013,
zaključno poročilo,
celotno poročilo na dLib.si
Najpomembnejši družbeno–ekonomsko in kulturno relevantni rezultati
Letno poročilo
2011,
2012,
2013,
zaključno poročilo,
celotno poročilo na dLib.si
