Nalaganje ...
Projekti / Programi vir: ARIS

Uporaba klasičnih in modernih molekularnih metod za etiološko opredelitev gastroenteritisov

Raziskovalna dejavnost

Koda Veda Področje Podpodročje
3.01.00  Medicina  Mikrobiologija in imunologija   

Koda Veda Področje
B230  Biomedicinske vede  Mikrobiologija, bakteriologija, virologija, mikologija 

Koda Veda Področje
3.02  Medicinske in zdravstvene vede  Klinična medicina 
Ključne besede
gastroenteritis, metagenomika, enterični patogeni, molekularne metode
Vrednotenje (pravilnik)
vir: COBISS
Raziskovalci (22)
št. Evidenčna št. Ime in priimek Razisk. področje Vloga Obdobje Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  07674  dr. Darja Barlič Maganja  Mikrobiologija in imunologija  Raziskovalec  2011 - 2012  434 
2.  14488  dr. Avrelija Cencič  Biotehnologija  Raziskovalec  2011 - 2012  458 
3.  24350  dr. Tjaša Cerar Kišek  Mikrobiologija in imunologija  Raziskovalec  2011 - 2014  208 
4.  28449  dr. Adela Fratnik Steyer  Medicina  Raziskovalec  2011  42 
5.  25129  dr. Aleš Goropevšek  Mikrobiologija in imunologija  Raziskovalec  2011 - 2014  56 
6.  20420  dr. Lidija Gradišnik  Nevrobiologija  Tehnični sodelavec  2011 - 2012  294 
7.  06756  dr. Štefan Grosek  Reprodukcija človeka  Raziskovalec  2011 - 2014  640 
8.  14633  Ada Hočevar Grom  Javno zdravstvo (varstvo pri delu)  Raziskovalec  2011 - 2013  426 
9.  23430  dr. Boštjan Kocjan  Mikrobiologija in imunologija  Raziskovalec  2011 - 2013  231 
10.  32819  Marko Kolenc    Tehnični sodelavec  2011 - 2014  41 
11.  02053  dr. Ivan Krajnc  Mikrobiologija in imunologija  Raziskovalec  2013 - 2014  615 
12.  23574  dr. Tomaž Langerholc  Biotehnologija  Raziskovalec  2011 - 2014  289 
13.  24051  Tatjana Mrvič  Mikrobiologija in imunologija  Raziskovalec  2011 - 2014  200 
14.  15902  dr. Miroslav Petrovec  Mikrobiologija in imunologija  Raziskovalec  2011 - 2014  450 
15.  15476  dr. Marko Pokorn  Mikrobiologija in imunologija  Raziskovalec  2011 - 2014  307 
16.  08755  dr. Mateja Poljšak-Prijatelj  Mikrobiologija in imunologija  Raziskovalec  2011 - 2014  234 
17.  23519  dr. Andrej Steyer  Mikrobiologija in imunologija  Vodja  2011 - 2014  214 
18.  13301  dr. Franc Strle  Mikrobiologija in imunologija  Raziskovalec  2011 - 2014  846 
19.  19143  Irena Šest    Tehnični sodelavec  2012 - 2014  10 
20.  28078  Vesna Šubelj  Mikrobiologija in imunologija  Raziskovalec  2011 - 2013  28 
21.  14762  dr. Marija Trkov  Biotehnologija  Raziskovalec  2012 - 2014  108 
22.  25433  dr. Tina Uršič  Mikrobiologija in imunologija  Raziskovalec  2012 - 2014  71 
Organizacije (5)
št. Evidenčna št. Razisk. organizacija Kraj Matična številka Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  0312  Univerzitetni klinični center Ljubljana  Ljubljana  5057272000  77.953 
2.  0381  Univerza v Ljubljani, Medicinska fakulteta  Ljubljana  1627066  48.742 
3.  0482  Univerza v Mariboru, Fakulteta za kmetijstvo in biosistemske vede  Hoče  5089638004  9.966 
4.  2334  Univerza v Mariboru, Medicinska fakulteta  Maribor  5089638048  15.954 
5.  3334  NACIONALNI LABORATORIJ ZA ZDRAVJE, OKOLJE IN HRANO  Maribor  6489087  4.662 
Povzetek
Akutni gastroenteritis je pomemben vzrok smrtnosti v državah v razvoju in predstavlja večinski delež hospitalizacij otrok do 6. leta starosti zaradi nalezljivih bolezni. Čeprav je v zadnjih tridesetih letih mikrobiološka diagnostika močno napredovala, so gastroenteritisi še vedno v pomembnem deležu nepojasnjeni. Po podatkih iz literature in statističnih podatkih iz Slovenije, je še vedno več kot 30-odstotni delež nepojasnjenih gastroenteritisov. Od gastroenteritisov s pojasnjeno etiologijo je v večinskem deležu, do 70 %, vzrok virusna okužba. V novejših raziskavah z metagenomskimi pristopi, so dokazali številne nove virusne povzročitelje bolezni, predvsem tiste, ki se izločajo z iztrebki. Z ustreznimi analizami lahko pričakujemo pojasnitev etiološko neopredeljenih gastroenteritisov, predvsem nove virusne povzročitelje, ki jih do sedaj s specifičnimi metodami nismo uspeli dokazati. Predlog našega projekta se nanaša na pojasnjevanje gastroenteritisov, ker se te okužbe pojavljajo najpogosteje in v hujših oblikah. Za raziskovalno skupino smo izbrali hospitalizirane otroke do 6. leta starosti z akutnim gastroenteritisom, ki bodo sprejeti na Kliniko za infekcijske bolezni in vročinska stanja v Ljubljani. Odvzeli bomo iztrebek za mikrobiološke analize in vzorec krvi za pojasnjevanje okužb in dodatnih raziskav za dokazovanje viremije in imunskega odziva gostitelja. Iztrebke bomo ciljano, z uporabo molekularnih in nekaterih klasičnih metod, pregledali na vse najpogostejše bakterijske, parazitske in virusne povzročitelje gastroenteritisov. Vzporedno bomo vključili v raziskavo še kontrolno skupino otrok, brez znakov gastroenteritisa, ki bodo sprejeti na Klinični oddelek za otroško kirurgijo in intenzivno terapijo UKC zaradi elektivnega kirurškega posega.Tudi pri kontrolni skupini bomo odvzeli iztrebek in kri. Pri vzorcih otrok z gastroenteritisom pričakujemo vsaj 25-odstotni delež nepojasnjenih primerov, ki jih bomo vključili v metagenomsko analizo za dokazovanje virusnih povzročiteljev gastroenteritisov in nekaterih manj pogostih parazitskih in bakterijskih patogenov. S sistematičnim pristopom testiranja z modernimi in klasičnimi metodami v mikrobiologiji, ter vključevanjem kontrolne skupine otrok, pričakujemo pojasnitev gastroenteritisov v večjem deležu kot običajno ter morebitni dokaz novih ali nekaterih manj pogostih virusnih povzročiteljev gastroenteritisov z njihovim natančnim opisom in pojasnitvijo vloge pri gastroenteritisih. Pojasnjevanje etiologije bolezni je ključnega pomena za uspešno zatiranje bolezni, obravnavo bolnikov in preprečevanja širjenja okužb, kar vpliva tudi na zmanjšanje bremena v javnem zdravstvu. S skupnim delom mikrobiologov, klinikov in epidemiologov bomo pregledali trenutne postopke v obravnavi otrok z gastroenteritisom in na podlagi pridobljenih podatkov ugotovili ustreznost le-teh. Predlagali bomo morebitne spremembe ali dopolnitve za racionalno klinično in laboratorijsko obravnavo primerov z akutnim gastroenteritisom pri otrocih. V predlogu projekta smo zagotovili tudi za prenos znanja, glavni cilj pa je razvoj znanosti in stroke na področju medicinske mikrobiologije.
Pomen za razvoj znanosti
Raziskava, ki smo jo izvedli je ena prvih, ki je skupaj s sindromskim pristopom obravnave otrok z drisko vključila še kontrolno skupino in z metagenomsko analizo nepojasnjenih primerov z drisko omogočila v doslej najvišjem odstotku dokazati povzročitelje bolezni. Hkrati smo uspeli dokazati, da določeni patogeni v tej starostni skupini niso pomembni kot povzročitelji drisk, čeprav se v vzorcih pojavljajo v razmeroma velikem deležu (npr. 16,2% PeV in 8,1% C. difficile). Naša raziskava je odprla tudi nova vprašanja v zvezi z mešanimi okužbami in vlogo specifičnih patogenov v sočasnih okužbah. V tej smeri bo potrebno še veliko dodatnega raziskovanja. Kot omenjeno že v nekaterih predhodnih objavah s tega področja, smo dokazali, da je pri pojasnjevanju etiologije pomemben podatek tudi ocena koncentracije posameznih virusnih patogenov, ali vsaj relativna ocena s primerjavo vrednosti Cq med posameznimi patogeni. Nakazali smo možnost posodobitve metodologije molekularne diagnostike z vpeljavo različice digitalnega PCR, s katerim bi veliko bolj zanesljivo lahko opredelili zastopanost posameznih patogenov v vzorcu iztrebka. Rezultati naše raziskave so uporabni za širše območje Evrope, saj nakazujejo pogostost določenih patogenov, ki jih je potrebno v obravnavi otroka z drisko diagnosticirati prednostno. Hkrati smo z optimizacijo nove, inovativne metode na področju predpriprave vzorcev za metagenomske analize uvedli večjo gotovost za kvalitetno metagenomsko analizo zelo kompleksnih vzorcev v katerih se nahajajo virusi.
Pomen za razvoj Slovenije
Za slovenski prostor je raziskava v našem projektu zelo pomembna, saj tovrstnih raziskav še ni bilo izvedenih. Rezultati projekta zelo jasno nakazujejo kateri so najpomembnejši patogeni, ki jih morajo infektologi upoštevati, kateri mikrobni povzročitelji so prisotni, a ne pomembni pri patogenezi in kakšna je najboljša optimalna kombinacija specifičnih mikrobov za uspešno mikrobiološko diagnostiko drisk pri hospitaliziranih otrocih. Doslej smo za tovrstno delo upoštevali zgolj sistematičen pregled objav s tega področja iz Evrope in sveta. Tokrat smo prvič pridobili te pomembne podatke, ki bi lahko vplivale na kvalitetno delo infektologov, pediatrov predvsem pa mikrobioloških diagnostičnih laboratorijev. Rezultati raziskave so lahko podlaga za razširitev pojasnjevanja etiologije drisk tudi pri otrocih, ki so v domači oskrbi in zaradi težav obiščejo (ali ne) le izbranega pediatra na primarni ravni. Pri razvoju nove metode za predpripravo vzorcev v metagenomskih analizah smo vključili kromatografsko metodo, ki jo razvija slovensko biotehnološko podjetje. Uspešna uporaba te metode je dobra promocija slovenskega znanja in bo doprinesla k boljši prepoznavnosti visokotehnoloških proizvodov iz Slovenije.
Najpomembnejši znanstveni rezultati Letno poročilo 2011, 2012, 2013, zaključno poročilo, celotno poročilo na dLib.si
Najpomembnejši družbeno–ekonomsko in kulturno relevantni rezultati Letno poročilo 2011, 2012, 2013, zaključno poročilo, celotno poročilo na dLib.si
Zgodovina ogledov
Priljubljeno