Nalaganje ...
Projekti / Programi vir: ARIS

Vloga okolja in gostitelja pri pojavu in razvoju okužbe s Clostridium difficile

Raziskovalna dejavnost

Koda Veda Področje Podpodročje
3.01.00  Medicina  Mikrobiologija in imunologija   

Koda Veda Področje
B230  Biomedicinske vede  Mikrobiologija, bakteriologija, virologija, mikologija 

Koda Veda Področje
3.05  Medicinske in zdravstvene vede  Druge medicinske vede 
Ključne besede
Clostridium difficile, zoonoze, črevesna mikrobiota, patogeneza, javno zdravje
Vrednotenje (pravilnik)
vir: COBISS
Raziskovalci (21)
št. Evidenčna št. Ime in priimek Razisk. področje Vloga Obdobje Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  28448  dr. Jana Avberšek  Veterina  Raziskovalec začetnik  2011 - 2014  121 
2.  32190  Sara Beigot Glaser  Mikrobiologija in imunologija  Raziskovalec  2011 - 2013 
3.  08280  dr. Marina Dermastia  Biologija  Raziskovalec  2011 - 2014  872 
4.  23611  dr. Tanja Dreo  Biotehnologija  Raziskovalec  2011 - 2014  507 
5.  21334  dr. Darja Duh  Medicina  Raziskovalec  2012 - 2013  149 
6.  20529  mag. Eva Grilc  Javno zdravstvo (varstvo pri delu)  Raziskovalec  2011 - 2014  335 
7.  30755  dr. Sandra Janežič  Mikrobiologija in imunologija  Raziskovalec  2011 - 2014  155 
8.  24094  dr. Tadeja Kotar  Mikrobiologija in imunologija  Raziskovalec  2011 - 2014  134 
9.  22300  dr. Božena Kotnik Kevorkijan  Mikrobiologija in imunologija  Raziskovalec  2011 - 2014  217 
10.  11330  dr. Tatjana Lejko-Zupanc  Mikrobiologija in imunologija  Raziskovalec  2011 - 2014  369 
11.  11879  dr. Jasna Mičunovič  Veterina  Tehnični sodelavec  2011 - 2014  87 
12.  11133  dr. Matjaž Ocepek  Veterina  Raziskovalec  2011 - 2014  469 
13.  24598  Tina Pirš  Veterina  Tehnični sodelavec  2011 - 2014  86 
14.  05229  dr. Maja Ravnikar  Biotehnologija  Raziskovalec  2011 - 2014  1.369 
15.  10478  Jelka Helena Reberšek-Gorišek  Mikrobiologija in imunologija  Raziskovalec  2011 - 2014  405 
16.  12278  dr. Maja Rupnik  Mikrobiologija in imunologija  Vodja  2011 - 2014  684 
17.  11329  dr. Maja Sočan  Javno zdravstvo (varstvo pri delu)  Raziskovalec  2011 - 2014  610 
18.  33511  dr. Valerija Tkalec  Mikrobiologija in imunologija  Mladi raziskovalec  2011 - 2014  53 
19.  33447  Urška Zajc  Veterina  Tehnični sodelavec  2011 - 2014  79 
20.  12682  dr. Irena Zdovc  Veterina  Raziskovalec  2011 - 2014  465 
21.  03765  dr. Jana Žel  Biotehnologija  Raziskovalec  2011  619 
Organizacije (6)
št. Evidenčna št. Razisk. organizacija Kraj Matična številka Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  0105  Nacionalni inštitut za biologijo  Ljubljana  5055784  13.251 
2.  0312  Univerzitetni klinični center Ljubljana  Ljubljana  5057272000  77.381 
3.  0334  Univerzitetni klinični center Maribor  Maribor  5054150000  22.743 
4.  0406  Univerza v Ljubljani, Veterinarska fakulteta  Ljubljana  1627139  10.756 
5.  3333  NACIONALNI INŠTITUT ZA JAVNO ZDRAVJE  Ljubljana  6462642  18.429 
6.  3334  NACIONALNI LABORATORIJ ZA ZDRAVJE, OKOLJE IN HRANO  Maribor  6489087  4.599 
Povzetek
Clostridium difficile povzroča drisko, kolitis in psevdomembranozni kolitis pri osebah s porušeno črevesno mikrobioto, kar je običajo posledica zdravljenja z antibiotiki, in/ali različnimi kroničnimi boleznimi. Okužba s C. difficile (OCD) je v svetu trenutno med najpogostejšimi bolnišničnimi okužbami. Prav tako naraščajo doma pridobljeni primeri in okužbe pri živalih. Ta sprememba v epidemiologiji kaže na spremembo v biologiji bakterije, ki lahko vključuje i) razširjanje genotipov s povišano virulenco in ii) večje prekrivanje med možnimi rezervoarji (človek, živali, okolje). V prvem delu projekta bomo zato proučevali prisotnost različnih genotipov C. difficile v različnih okoljih: hospitalizirani bolniki in bolniki z doma pridobljeno okužbo, domače živali, živali in okolje na majhnih kmetijah (kjer predvidevamo tesnejši kontakt med ljudmi in živalmi), reke, prst in hrana. Optimizirali bomo gojitvene in molekularne metode za detekcijo tako, da bo izboljšana meja detekcije. Izolirane seve bomo tipizirali z metodami, ki imajo različno diskriminatorno moč (toksinotipizacija, ribotipizacija, PFGE, MLVA, MLST) in omogočajo različne nivoje primerjave podobnosti med genotipi v različnih rezervoarjih. Razlike v bakterijskem fitnesu bomo ugotavljali z uporabo nevretenčarskega živalskega modela (Porcellio scaber), ki do sedaj za C. difficile še ni bil opisan. Glavna dejavnika virulence, toksina A in B, sta dobro poznana. Zelo malo pa je znanega o drugih možnih dejavnikih virulence ter o vlogi gostitelja. Drug del projekta se bo tako nanašal na dejavnike gostitelja, ki so pomembni pri razvoju OCD – imunski odgovor in črevesno mikrobioto. Šibek protitelesni odziv proti toksinoma A in B ter verjetno tudi proti proteinom celične stene je pri ljudeh povezan z razvojem bolezni in predvsem z ponovitvami bolezni. Ugotavljali bomo reaktivnost humanih in živalskih serumov s proteini celične stene in spor. Razen tega bomo z dvofotonsko konfokalno mikroskopijo spremljali interakcije makrofagov z fluorescentno označenimi vegetativnimi celicami in sporami bakterije C. difficile. Spremenjena črevesna mikrobiota je običajno pogoj za uspešno kolonizacijo črevesa s C. difficile. V projektu bomo uporabljali molekularno metodo visokotlačne kromatografije v denaturizirajočih pogojih (DHPLC) za analizo sprememb v bakterijski/arhejski/glivni črevesni mikrobioti pri koloniziranih ali obolelih ljudeh in živalih. Na ta način bomo definirali mikrobne skupine z možno zaščitno vlogo. Te bomo nato izolirali in ugotavljali njihovo in vitro in in vivo inhibitorno delovanje na C. difficile. Pričakovani rezultati bodo pomembni za razumevanje razporeditve in pomena prisotnosti različnih genotipov bakterije C. difficile v določenem rezervoarju in s tem za poznavanje možnih poti prenosov ter za razumevanje interakcij med gostiteljem in bakterijo C. difficile.
Pomen za razvoj znanosti
Bolniki z razvito okužbo s C. difficile, asimptomatski klicenosci, živali in okolje so lahko potencialni vir okužbe s sporami C. difficile. Ujemanje genotipov, ki prevladujejo v teh rezervoarjih pa pokaže na pomen vsakega od njih. V tem projektu smo prvič sploh opisali obsežno, dobro karakterizirano zbirko sevov izoliranih pri ljudeh, živalih in iz okolja ter tako na primeru Slovenije opisali 1) da so nekateri ribotipi splošno razširjeni v vseh treh rezervoarjih (npr. 014/020) ter 2) da so trenutno živali pomembnejši vir okužbe kot okolje. Najpomembnejši rezultat dela raziskav, ki se je nanašal na dejavnike gostitelja, je povezan s spremembami v črevesni mikrobioti. Objavili smo analizo sprememb črevesne mikrobiote v povezavi z bakterijo C. difficile pri perutnini, kar je bila prva objava o mikrobioti in C. difficile pri živalih. Pri analizi črevesne mikrobiote pri ljudeh je naša študija ena redkih, ki vključuje razen bakterijske tudi analizo glivne in arhejske populacije. Prav tako smo prvič opisali uporabo metod strojnega učenja za analizo podatkov in pomen vzorcev sestave mikrobiote in ne le prisotnost ali odsotnost posamezne skupine.
Pomen za razvoj Slovenije
V okviru projekta smo prvič ugotovili stanje na področju okužb s C. difficile v študiji, ki je vključevala vse laboratorije, ki izvajajo diagnostiko za C. difficile. Pridobljeni podatki so pomembni tako za primerjavo s številom javljenih primerov v okviru obveznega javljanja povzročiteljev črevesnih okužb kot tudi za poznavanje prisotnih genotipov in njihove geografske razporeditve. Projekt je okrepil sodelovanje vseh pomembnih deležnikov, ki sodelujejo pri spremljanju in obvladovanju okužb s C. difficile. V delo so bili vključeni tako doktorandi, kot univerzitetni diplomanti in srednješolci. Organizirana so bila nacionalna izobraževalna srečanja na temo projekta. Prav tako so bili rezultati predstavljeni širši javnosti v televizijskih oddajah (npr. Preverjeno) in v dnevnem in tedenskem tisku (Jana, Zdravje). Rezultati so bili in bodo objavljeni v kvalitetnih revijah in nekateri med njimi so bili v dveh letih že dobro citirani (Janežič et al, 2012, BMC Micro; št. citatov (TC): 34, čistih citatov (CI): 24), kar prispeva k prepoznavnosti slovenske znanosti.
Najpomembnejši znanstveni rezultati Letno poročilo 2011, 2012, 2013, zaključno poročilo, celotno poročilo na dLib.si
Najpomembnejši družbeno–ekonomsko in kulturno relevantni rezultati Letno poročilo 2011, 2012, 2013, zaključno poročilo, celotno poročilo na dLib.si
Zgodovina ogledov
Priljubljeno