Projekti / Programi
Strukturne osnove stabilnosti ravnotežnih in prehodnih intermediatov v foldingu proteinov
| Koda |
Veda |
Področje |
Podpodročje |
| 1.05.00 |
Naravoslovje |
Biokemija in molekularna biologija |
|
| Koda |
Veda |
Področje |
| P004 |
Naravoslovno-matematične vede |
Biokemija, presnova |
| P003 |
Naravoslovno-matematične vede |
Kemija |
inhibitorji cisteinskih proteinaz, stefini, stefin B, cistatini, stabilnost proteinov, zvitje-folding proteinov, kinetika zvitja-foldinga, mehanizem zvitja-foldinga proteinov, intermediati v zvitju-foldingu proteinov, dimerizacija in agregacija, hibridne mutante, homologni proteini, termodinamika , bolezni ''''napačnega zvitja ''''
Raziskovalci (1)
| št. |
Evidenčna št. |
Ime in priimek |
Razisk. področje |
Vloga |
Obdobje |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
03368 |
dr. Eva Žerovnik |
Biokemija in molekularna biologija |
Vodja |
1998 - 1999 |
389 |
Organizacije (1)
| št. |
Evidenčna št. |
Razisk. organizacija |
Kraj |
Matična številka |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
0106 |
Institut "Jožef Stefan" |
Ljubljana |
5051606000 |
88.487 |
Povzetek
Raziskujemo dva homologna proteina : človeški stefin A in B, ki sta pripravljena v rekombinantni obliki (na IJS). Stefina spadata v širšo družino cistatinov in delujeta kot inhibitorja cisteinskih proteinaz. Sta fiziološko pomembna proteina, ne dolgo tega so odkrili povezavo stefina A in B z apoptozo in vlogo stefina B v nekaterih boleznih centralnega živčnega sistema. Zanima nas vzrok za razliko v stabilnosti, hitrosti in mehanizmu zvitja. Namreč, stefin A se večinoma obnaša ''''2-state'''', to je kooperativno prehaja od nativnega stanja v denaturirano , bolj ali manj odvito stanje (N---U). Stefin B pa , nasprotno, tvori intermediate pri pH in kemični denaturaciji. Tudi kinetika zvitja pri stefinu A ustreza 1 stopenjskemu prehodu (N---U) brez intermediatov, medtem ko se pri stefinu B pojavijo le-ti. Te razlike nameravamo osvetliti s študijem hibridnih in točkovnih mutant in vplivom perturbantov (pH, organska topila). Druga zanimivost pri stefinih (in cistatinih) pa je, da v pogojih delne denaturacije tvorijo dimere, ki ostanejo ujete tudi pri sobni temperaturi. Tekom projekta smo začeli študirati dimerizacijo stefina A s CD, NMR (projekt dr.R.Jerala) in SEC. Podobne študije mislimo opraviti tudi za stefin B in izbrane mutante. Pri stefinu B poleg ireverzibilnih mutant nastopajo tudi reverzibilne kot funkcija soli, pH-ja in koncentracije proteina. Vednost o tem, kako preprečiti dimerizacijo bi lahko pripomogla tudi k bolj aplikativnim ciljem, npr. odsotnost agregacije. Takšna lastnost stefina B bi bila zaželjena po eni strani za NMR študije po drugi strani pa za morebitno uporabo ''''in vivo''''.
