Projekti / Programi
Identifikacija novih mehanizmov bolezni s pristopom sekveniranja nove generacije
| Koda |
Veda |
Področje |
Podpodročje |
| 3.05.00 |
Medicina |
Reprodukcija človeka |
|
| Koda |
Veda |
Področje |
| B007 |
Biomedicinske vede |
Medicina (človek in vretenčarji) |
| Koda |
Veda |
Področje |
| 3.02 |
Medicinske in zdravstvene vede |
Klinična medicina |
Sekvenciranje naslednje generacije, eksomsko sekvenciranje, monogenski sindromi, multifaktorske bolezni
Raziskovalci (15)
| št. |
Evidenčna št. |
Ime in priimek |
Razisk. področje |
Vloga |
Obdobje |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
20078 |
Barbara Dolničar |
|
Tehnični sodelavec |
2013 - 2016 |
4 |
| 2. |
00814 |
dr. Ksenija Geršak |
Reprodukcija človeka |
Raziskovalec |
2013 - 2016 |
531 |
| 3. |
26061 |
dr. Helena Jaklič |
Reprodukcija človeka |
Raziskovalec |
2013 - 2016 |
37 |
| 4. |
37651 |
Esada Kerić |
|
Tehnični sodelavec |
2015 - 2016 |
0 |
| 5. |
34579 |
dr. Aleš Maver |
Reprodukcija človeka |
Mladi raziskovalec |
2013 - 2016 |
205 |
| 6. |
31217 |
Iryna Nikolayeva |
|
Tehnični sodelavec |
2013 - 2016 |
0 |
| 7. |
10458 |
dr. Borut Peterlin |
Reprodukcija človeka |
Vodja |
2013 - 2016 |
854 |
| 8. |
28621 |
Bernarda Prosenc |
Reprodukcija človeka |
Tehnični sodelavec |
2013 - 2016 |
0 |
| 9. |
21133 |
mag. Gorazd Rudolf |
Reprodukcija človeka |
Raziskovalec |
2013 - 2016 |
52 |
| 10. |
23076 |
Andrej Stegnar |
|
Tehnični sodelavec |
2013 - 2016 |
0 |
| 11. |
15149 |
dr. Nataša Teran |
Reprodukcija človeka |
Raziskovalec |
2013 - 2016 |
97 |
| 12. |
12245 |
Alenka Veble |
Reprodukcija človeka |
Raziskovalec |
2013 - 2016 |
71 |
| 13. |
26331 |
Marija Volk |
Reprodukcija človeka |
Raziskovalec |
2013 - 2016 |
87 |
| 14. |
32544 |
Irena Vrečar |
Javno zdravstvo (varstvo pri delu) |
Raziskovalec |
2013 - 2016 |
10 |
| 15. |
20257 |
dr. Karin Writzl |
Reprodukcija človeka |
Raziskovalec |
2013 - 2016 |
211 |
Organizacije (1)
Povzetek
Metode nove generacije sekvenciranja (NGS) omogočajo pristop k sekvenciranju celotnega človeškega eksoma ali genoma po dostopni ceni. Predstavljajo nove možnosti odkrivanja genov za monogenske bolezni, pri katerih nimamo dostopa do večih prizadetih družinskih članov, saj lahko v nekaterih primerih zadošča že en sam bolnik za odkritje nove povezave med mutacijo v genu in boleznijo. Pri multifaktorskih boleznih imajo metode NGS potencial, da odkrivajo redke, bolj penetrantne genetske variante, posebej pri družinskih primerih bolezni.
Pri uporabi metod NGS se soočamo z dvema izzivoma: 1) Identificirati posameznike in družine z monogenskimi boleznimi, pri katerih genetska etiologija še ni bila odkrita, oziroma družine s pogostimi kroničnimi boleznimi, pri katerih je mutacija v enem ali majhnem številu še nepoznanih genov vzrok za bolezen in 2) izpopolniti metode interpretacije eksomskih/genomskih analiz za identifikacijo patogene mutacije med vsemi genetskimi variantami, ki jih odkrijemo pri vsaki eksomski/genomski analizi.
V okviru kliničnega in raziskovalnega dela smo na Kliničnem inštitutu za medicinsko genetiko UKCL identificirali nov sindrom multipla skleroza - maligni melanom, družinsko obliko prezgodnje odpovedi jajčnikov z znaki maskulinizacije, primera prezgodnjega staranja z neznano genetsko etiologijo in nekatere druge zelo redke etiološko nepojasnjene sindrome, kakor tudi redke družinske primere multiple skleroze pri kateri je razumevanje etiologije še zelo omejeno.
Cilj predlaganega projekta je analizirati eksome pri že zajetih bolnikih z redkimi sindromi in družinsko obliko multiple skleroze ter identificirati nove gene ter patološke mehanizme za multiplo sklerozo, maligni melanom, prezgodnjo odpoved jajčnikov, prezgodnje staranje in druge redke sindrome, pri katerih smo bolnike smo že zajeli ali jih bomo morebitno še zajeli med potekom raziskave. Razviti želimo tudi bioinformatske pristope za učinkovito identifikacijo patogenih genetskih variant pri eksomski/genomski analizi - predvsem z integracijo orodja BITOLA in integratomskega pristopa v algoritem odkrivanja.
Pomen za razvoj znanosti
V projektu smo razvili bioinformatska orodja za interpretacijo rezultatov eksomskih rezultatov in prosto dostopno spletno aplikacijo Phenotype Panel Generator (http://www.kimg.eu/generator/). Z razvitimi orodji smo identificirali 4 nove gene za genetsko pogojene bolezni pri človeku: sindrom prezgodnjega staranja Fontaine Petty, epilepsije in za multiplo sklerozo in s tem odkrili nove patogenetske mehanizme pri teh boleznih. Odkritje novih mehanizmov bolezni prispeva k razvoju novih pristopov k zdravljenju.
Pomen za razvoj Slovenije
Razvoj inovativnih diagnostičnih orodij za prepoznavanje genetsko pogojenih bolezni in njihova translacija v slovenski zdravstveni sistem je pomemben za izboljšanje dostopnosti slovenskih bolnikov do pravočasne diagnoze. S tem je projekt podprl uresničevanje Načrta dela na področju redkih bolezni, Ministrstva za zdravja. Prav tako pripspeva k večji konkurenčnosti Slovenije saj je Klinični inštitut za medicinsko genetiko postal referenčna ustanova za diagnostiko s pomočjo nove generacije sekvenciranja v regiji.
Najpomembnejši znanstveni rezultati
Letno poročilo
2013,
2014,
2015,
zaključno poročilo
Najpomembnejši družbeno–ekonomsko in kulturno relevantni rezultati
Letno poročilo
2013,
2014,
2015,
zaključno poročilo
