Projekti / Programi
Razvoj bioinformacijskih orodij za odkrivanje genetskih biooznačevalcev za nalaganje maščobe pri sesalcih
| Koda |
Veda |
Področje |
Podpodročje |
| 4.02.00 |
Biotehnika |
Živalska produkcija in predelava |
|
| Koda |
Veda |
Področje |
| B220 |
Biomedicinske vede |
Genetika, citogenetika |
| Koda |
Veda |
Področje |
| 4.02 |
Kmetijske vede in veterina |
Znanost o živalih in mlekarstvu |
bioinformatika, biooznačevalci, debelost, genomika, mikro RNA, nalaganje maščobe, polimorfizmi
Raziskovalci (1)
| št. |
Evidenčna št. |
Ime in priimek |
Razisk. področje |
Vloga |
Obdobje |
Štev. publikacijŠtev. publikacij |
| 1. |
32581 |
dr. Minja Zorc |
Računalništvo in informatika |
Vodja |
2014 - 2016 |
182 |
Organizacije (1)
Povzetek
Debelost je večgenska bolezen, ki predstavlja pereč zdravstveni problem. Za debelostjo zbolevajo ljudje vseh starosti, pojavlja pa se tudi pri domačih živalih, kjer pogosteje govorimo o zamaščenosti. Odkritje genetskih osnov nalaganja maščobe lahko pripomore k razumevanju pojava in terapiji debelosti. Količina razpoložljivih genomskih podatkov narašča, hkrati pa se povečujejo zahteve po metodah za njihovo analizo. Pri raziskavah kompleksnih fenotipov pridobivajo vse večjo vlogo sistemski pristopi.
V okviru osrednjega spletnega mesta za raziskave nalaganja maščobe (http://www.integratomics-time.com/fat_deposition) smo objavili najobsežnejšo zbirko ročno pregledanih kandidatnih lokusov za nalaganje maščobe pri sesalcih Obesity Gene Atlas. Namen raziskovalnega projekta je posodobiti in razširiti obstoječo zbirko ter razviti bioinformatska orodja za razvoj biooznačevalcev za nalaganje maščobe. Število novih objav s področja genetskih osnov nalaganja maščobe hitro narašča, zato bomo obstoječo zbirko posodobili in v ta namen razvili orodje za avtomatizirano iskanje kandidatnih genov iz literature, ki bo omogočalo redno posodabljanje zbirke. Pri dosedanjih analizah na osnovi podatkov iz zbirke Obesity Gene Atlas se je izkazalo, da bi bilo treba zbirko razširiti in dopolniti s podatki, ki se nanašajo na plast genomske raziskave (proteomika, transkriptomika, epigenomika), znotraj katere je bil kandidatni lokus povezan s fenotipom. Takšna razširitev zbirke bo omogočila analize s pristopi sistemske biologije.
Za razvrščanje kandidatnih lokusov po prioritetah in razvoj biooznačevalcev smo razvili bioinformatski orodji miRNA SNiPer in miRNA Viewer, ki ju bomo v okviru raziskovalnega projekta razširili, posodobili in povezali z zbirko kandidatnih genov za nalaganje maščobe. S pomočjo orodja miRNA SNiPer bomo identificirali polimorfizme znotraj različnih regij miRNA, z orodjem miRNA Viewer pa bomo grafično prikazovali prekrivanja kandidatnih lokusov za nalaganje maščobe.
Orodji miRNA Viewer in miRNA SNiPer sta se do sedaj že izkazali kot uporabni bioinforamtski orodji za raziskave na področju miRNA, zato ju nameravamo še naprej posodabljati in razvijati. Zbirka Obesity Gene Atlas predstavlja pomemben vir informacij za nadaljnje raziskave genetskih osnov nalaganja maščobe, zato je posodobitev zbirke nujna. Razvili bomo avtomatiziran postopek za zbiranje kandidatnih lokusov in določili zgradbo zbirke kandidatnih lokusov za nalaganje maščobe, razčlenjeno na različne plasti genomskih raziskav (-omike), da bo omogočala analize kompleksnega fenotipa s pristopi sistemske biologije.
Rezultati raziskovalnega projekta bodo omogočili pristop sistemske biologije k reševanju pomembnega zdravstvenega vprašanja pri ljudeh in odprli pot za nove aplikacije pri živalih. Hkrati bo razvit pristop v okviru projekta možno uporabiti tudi za raziskave ostalih kompleksnih fenotipov. Zbirko genov za nalaganje maščobe bo s pomočjo računalniških programov, razvitih v okviru projekta, možno razširiti v centralno zbirko kandidatnih genov kompleksnih fenotipov.
Pomen za razvoj znanosti
Rezultati raziskovalnega projekta bodo omogočili pristop sistemske biologije k reševanju pomembnega zdravstvenega problema pri ljudeh in odprli poti za nove aplikacije pri živalih. Hkrati bo razvit pristop v okviru projekta možno uporabiti tudi za raziskave ostalih kompleksnih fenotipov. Zbirko genov za nalaganje maščobe je s pomočjo računalniških programov, razvitih v okviru projekta, možno razširiti v centralno zbirko kandidatnih genov kompleksnih fenotipov.
Pomen za razvoj Slovenije
Bioinformatika in sistemska biologija predstavljata novi interdiciplinarni raziskovalni področji. Z integracijo prosto dostopnih virov informacij in razvojem bioinformacijskih metod lahko na področju biologije izboljšamo raziskave in zmanjšamo stroške. Izvedba interdisciplinarnih projektov, kot je pričujoči, vodi do pridobivanja znanj na hitro spreminjajočem in razvijajočem se področju.
Najpomembnejši znanstveni rezultati
Letno poročilo
2014,
2015,
zaključno poročilo
Najpomembnejši družbeno–ekonomsko in kulturno relevantni rezultati
Zaključno poročilo
