Pomemben dejavnik tveganja za razvoj okužbe s Clostridium difficile (CDI) pri ljudeh in živalih je povezan z uporabo protimikrobnih zdravil. Pogosto so domnevali, da so lahko domače živali vir C. difficile (CD) za humane infekcije. Družinske mlečne kmetije so v EU prevladujoča oblika kmetij. V študiji smo z mikrodilucijsko metodo testirali protimikrobno odpornost 159 izolatov CD iz 20 družinskih kmetij za proizvodnjo mleka. Za testiranje smo izbrali 19 protimikrobnih agensov. Agensi, ki se uporabljajo za zdravljenje CDI pri ljudeh (metronidazol, vankomicin, fusidna kislina, tigeciklin, linezolid), so zavirali in vitro rast CD. Večina izolatov CD je bila odporna na eritromicin (93,1%), daptomicin (69,2%) in klindamicin (46,5%). Visoko stopnjo večkratne odpornosti smo našli pri ribotipu CD 012 (n=5; 100%), nekaterih CD SLO 060 (n=4; 25%) in enemu CD 033 (n=1; 1,1%), ki izkazujejo nizko prevalenco (10/159; 6,3%). Visoka stopnja večkratne odpornosti je bila povezana z ribotipi in ne z izvorom CD. Nizka prevalenca omenjenih ribotipov kaže, da so družinske kmetije za proizvodnjo mleka malo verjeten vir CD z večkratno odpornostjo na protimikrobna zdravila.
COBISS.SI-ID: 4178810
Namen študije je bil raziskati prisotnost, porazdelitev in dinamiko bakterij Escherichia coli, ki proizvajajo razširjeni spekter beta-laktamaz (ESBL) in plazmidno kodiranih AmpC beta-laktamaz (AmpC) pri perutnini za proizvodnjo mesa in v njihovem okolju. V longitudinalno študijo so bile vključene tri jate rejnih pitovnih piščancev, štiri jate pitovnih piščancev, ki so izvirale iz teh rej, ter štiri jate puranov za proizvodnjo mesa. Skupno smo testirali 349 vzorcev. Vsi okoljski vzorci, zbrani pred namestitvijo perutnine na kmetije, so bili negativni na ESBL in E. coli, ki proizvaja AmpC. V opazovanem obdobju pa so E. coli, ki proizvaja ESBL, odkrili v 41/186 vzorcih (22,0%), izolate, ki proizvajajo AmpC, pa v 10,8% vzorcev. Odporni sevi so večinoma pripadali E. coli filogenetski skupini A1 (36,2%), sledile pa so D1 (24,1%), B1 (22,4%) in D2 (10,3%). Edini odkriti geni so bili blaSHV-12, blaCMY-2 in blaCTX-M. Nismo opazili nobenih značilnih razlik glede stopnje pojavljanja odpornih sevov v blatu (18,8%), vzorcih zraka (31,4%) ali organih mrtvih ptic (20,7%). To kaže, da se vzorci zraka lahko uspešno uporabljajo kot indikator za identifikacijo pozitivnih jat, da bi preprečili ali zmanjšali navzkrižne kontaminacije v klavnicah.
COBISS.SI-ID: 4552314
Antibiotiki smo vedno imeli za čudežna zdravila, ki rešijo mnogo življenj. Vendar pa je nesmiselna uporaba protimikrobnih zdravil povzročila nastanek odpornih bakterij. Namen te študije je bil oceniti protimikrobno odpornost bakterij Escherichia coli (n=160), izoliranih iz živil živalskega izvora, zlasti E. coli, ki proizvajajo beta-laktamaze razširjenega spektra (ESBL). E. coli smo izbrali, ker predstavljajo del normalne mikrobiote pri sesalcih ter vstopajo v prehranjevalno verigo med zakolom in rokovanjem s hrano. Posledično se lahko njihovi geni za odpornost prenesejo na patogene bakterije in mikrobioto človeka. Izvedli smo fenotipske in genotipske analize izbranih protimikrobnih odpornosti ter molekularno analizo genov za virulenco. Izolate E. coli iz živil živalskega izvora smo primerjali s kliničnimi sevi E. coli, pridobljenimi iz črevesja ljudi. E. coli ESBL smo našli pri 9,4% izolatov iz hrane in 1,8% izolatov iz črevesja. Večina izolatov iz hrane (86,3%) in črevesja (58,1%) je pripadala komenzalnima filogenetskima skupinama A in B1. Porazdelitev štirih izmed 14 analiziranih dejavnikov virulence je bila pri izolatih iz hrane in črevesja podobna. Sevi, ki so bili izolirani iz hrane v Sloveniji, so imeli geni za odpornost in dejavnike virulence, ki lahko v primeru nepravilnega ravnanja predstavljajo problem za zagotavljanje varne hrane.
COBISS.SI-ID: 4255610
Število jat brojlerjev, pri katerih je bila ugotovljena bakterija Salmonella enterica subspecies enterica serovar Infantis, v zadnjem letu v Sloveniji nepretrgoma narašča. Ker so večkratno odporni izolati S. Infantis močno razširjeni v perutninski industriji in zaradi prenosa preko prehranske verige lahko predstavljajo nevarnost za javno zdravje, smo pri 87 izolatih S. Infantis iz slovenskih jat brojlerjev preiskovali občutljivost proti protimikrobnim zdravilom, genetsko raznolikost in sposobnost tvorbe biofilma. Zgolj 8,0% izolatov je bilo občutljivih na vsa testirana protimikrobna zdravila, kar 88,5% izolatov je bilo večkratno odpornih, najpogostejši vzorec odpornosti je bil CipNxSSuT. Na podlagi elektroforeze v pulzirajočem električnem polju smo ugotovili veliko genetsko homogenost izolatov, saj si je bila velika večina izolatov podobna v več kot 90% profila PFGE. Izolate smo razvrstili v pet genetskih skupin in 16 različnih profilov PFGE. Večina izolatov je bil zbrana v dveh genetskih skupinah. Izolati so imeli po večini majhno sposobnost tvorbe biofilma. Povprečna sposobnost tvorbe biofilma je bila večja pri perzistentnih sevih kot pri domnevno neperzistentnih sevih, vendar razlika ni bila statistično značilna. Sklepamo, da je perzistenca bakterije S. Infantis na farmah brojlerjev bolj povezana s široko razširjenostjo bakterije v perutninski proizvodnji in z neučinkovitimi postopki razkuževanja kot pa s sposobnostjo tvorbe biofilma.
COBISS.SI-ID: 4756602
Salmonella Typhimurium je pomembna povzročiteljica zoonoz, pri kateri se pojavlja visok odstotek proti protimikrobnim zdravilom odpornih sevov. V raziskavi smo primerjali restrikcijske vzorce, pridobljene z metodo elektroforeze v pulzirajočem električnem polju (PFGE) in vzorce odpornosti 275 izolatov S. Typhimurium izoliranih med letoma 2000 in 2012 iz ljudi, živali in vzorcev hrane. Dokazali smo visok odstotek odpornih sevov (71,6 %). Večkratno odpornost smo ugotovili pri več kot polovici izolatov, in sicer največ pri živalih, sledita hrana in ljudje. Med 27 fenotipskimi vzorci odpornosti so bili najpogostejši trije: ACNaSuT, ACSuT in ASuT. Prva dva vzorca sta bila najpogostejša pri živalih, medtem ko so bili izolati z vzorcem ASuT najpogosteje dokazani pri ljudeh. Na podlagi makrorestrikcije z encimom XbaI smo ugotovili 72 vzorcev PFGE, razvrščenih v devet genetskih skupin, in 19 edinstvenih vzorcev. Največja je bila genetska skupina je vključevala 29 vzorcev PFGE in 58,2 % vseh izolatov; med njimi sta bili dve tretjini izolatov večkratno odporni. V raziskavi smo pridobili dragocene podatke o odpornosti in vzorcih PFGE bakterije S. Typhimurium na nacionalni ravni, ki predstavljajo pomemben prispevek k nacionalnemu in mednarodnemu preiskovanju izbruhov.
COBISS.SI-ID: 4716922