Namen prispevka je predstaviti monogene lastnosti in prisotnost le-teh pri črno-beli pasmi v Sloveniji na osnovi genotipiziranih moških in ženskih živali. Genotipizacija živali nam omogoča vpogled v genom živali, pri čemer lahko najdemo nosilce bolezni kot tudi nosilce zaželenih lastnostih. V analizo je bilo vključenih 546 živali črno-bele pasme. Vzorce so v laboratoriju genotipizirali in nam posredovali rezultate, s katerih smo izluščili SNPe v povezavi z monogenimi lastnostmi. Delež prenašalcev v analiziranem vzorcu za kompleksno nepravilnost vretenc je 3,3 %, za odsotnost sposobnosti obrambe levkocitov 0,5 %, za Holštajn haplotip 1 3,1 %, za Holštajn haplotip 3 in 4 3,7 %, za pomankanje encima uridin monofosfat sintaze 0,7 % in za sindaktilijo 0,2 %. Na osnovi genotipa prepoznamo nosilce gena za brezrožnost, kjer je delež prenašalcev 0,7 % in gena za rdečo barvo, kjer je 5,9 % recesivnih homozigotov in 15,8 % prenašalcev recesivnega alela. Zaželeni genotip A2A2 za beta kazein je prisoten pri 34,6 % živalih, medtem ko ima zaželen genotip BB za kapa kazein 7,3 % živali.
COBISS.SI-ID: 3991944
Poznavanje obnašanja goveda je ključni parameter, ki je vplival na udomačitev govedi. Poleg tega obnašanje goveda vpliva na produktivnost goveda, dobro počutje in prilagoditev. Cilj te študije je bil natančneje spoznati genetske in genomske mehanizme, ki so prispevali k naravnemu obnašanju kombiniranih pasem goveda v pašnih sistemih. V zvezi s tem smo genotipizirali krave petih kombiniranih pasem s high density čipom iz štirih evropskih držav. Vse krave v okviru naše študije so bile opremljene z istimi elektronskimi senzorji. V zvezi s tem smo analizirali 97.049 opazovanj iz senzorjev od 319 krav kombiniranih pasem z namenom ugotoviti aktivnosti vezane na prežvekovanje, hranjenje, osnovno aktivnost, visoko aktivno, neaktivnost in temperaturo izmerjeno s senzorjem na ušesu. Glede na specifično obnašanje živali izmerjeno s pomočjo senzorjev in po protokolu dobrega počutja smo izračunali dva različna indeksa blaginje. Za poznavanje genoma teh živali in povezav genomoma z meritvami obnašanja iz senzorjev in poznavanja proizvodnih rezultatov smo uporabili 35.826 markerjev (SNP) na kravo. Za oceno komponent variance smo uporabili matriko rodovnika in kombinirano matriko sorodstva, ki hkrati vključujeta rodovnik in genotipe. Dopustnost za hranjenje, visoko aktivnost in neaktivnost je bila v zmernem območju od 0,16 do 0,20. Ocene so bile iz obeh pristopov matričnega modeliranja odnosov zelo podobne in so imele precej majhne standardne napake. Uporabnost za preostale lastnosti senzorja (hranjenje, osnovna aktivnost, temperatura izmerjena na ušesu) in indeksi počutja so bili nižji od 0,09. Pet pomembnih SNP na kromosomih 11, 17, 27 in 29 je bilo povezanih z prežvekovanjem, dva različna markerja (SNP) pa sta občutno vplivala na lastnosti senzorja "niso aktivni" (kromosom 13) in "hranjenje" (kromosom 23). Annotacija genov analizira 22 možnih genov, ki imajo lažno odkritje manj kot 20%, večinoma povezane prežvekovanjem (13 genov) in hranjenjem (8 genov). Mendelovska randomizacija na podlagi genskih različic (tj. Instrumentalnih spremenljivk) je bila uporabljena za sklepanje o vzročni sklepnosti med izpostavljenostjo in rezultatom. Pomembni regresijski koeficienti med lastnosti obnašanja kažejo, da vsi specifični vedenjskie mehanizmi prispevajo k podobnim fiziološkim procesom. Regresijska koeficienta za prežvekovanje in hranjenje v povezavi s količino mleka sta bila 0,10 kg /% oziroma 0,12 kg /%, kar kaže na njihov pozitiven vpliv na produktivnost kombiniranih pasem krav.
COBISS.SI-ID: 4331656
V tem prispevku razširimo večplastni iterativni piling, da zagotovimo računalniško učinkovito metodo za zbiranje in vnašanje podatkov o zaporedju katerega koli pokritja v majhnih ali velikih rodovniških populacijah. Naša metoda, imenovana hibridni piling, uporablja multi-lokus iterativni piling, da oceni skupne segmente kromosomov med starši in njihovimi potomci v podskupini lokusov, nato pa uporabi en-lokus iterativni piling za združevanje genomske informacije v več generacijah na preostalih lokusih.
COBISS.SI-ID: 4174728