V zadnjem desetletju se je mikrobiologija razvijala na številnih področjih z izjemno hitrostjo in veterinarska fakulteta je skupaj z Nacionalnim veterinarskim inštitutom v okviru finančnih zmožnostih sledila temu razvoju. Razvoj molekularnih metod in uvedba novih tehnologij, kot sta sekvenciranje naslednje generacije (NGS) in MALDI-TOF, omogočata izvedbo preiskav, o katerih so naši predhodniki lahko le sanjali. Tesna povezanost in sodelovanje z drugimi raziskovalnimi inštitucijami po Evropi in svetu ter nenehno izpopolnjevanje naših strokovnjakov daje zagotovilo, da bomo tudi v prihodnje kos izzivom, ki bodo postavljeni pred našo stroko in državo. Stroka pa se razvija in dviguje na višjo raven predvsem z zagnanostjo raziskovalcev in mladih, zato jim moramo tudi v prihodnje omogočiti, da dobijo svoje priložnosti pri reševanju sodobnih problemov.
D.04 Pobuda za uvedbo novega raziskovalnega področja v Sloveniji
COBISS.SI-ID: 4921722Na Veterinarski fakulteti uporabljamo tehnologijo NGS, in sicer tehnologijo Ion Torrent, na platformi Ion PGM. Preizkusili smo različne načine priprave vzorcev, izolacije nukleinskih kislin in priprave knjižnic. Pridobljene odčitke smo analizirali glede na njihovo kakovost in odstranili odčitke ali dele odčitkov s slabo kakovostjo z orodji Torrent Suite (Ion Torrent). Za de novo sestavljanje odčitkov v soseske (angl. contigs) smo uporabili programe Newbler in SPAdes. Za prileganje odčitkov na referenčne genome (angl. reference mapping) smo uporabili programe Newbler in Geneious. Z algoritmoma BLASTN in BLASTX smo nukleotidna zaporedja odčitkov ali sosesk primerjali z zaporedji v podatkovni zbirki NCBI GenBank. Z NGS smo testirali klinične vzorce različnih živalskih vrst in vzorce virusnih izolatov namnoženih na celičnih kulturah in embrionalnih kokošjih jajcih. Uspešno smo določili celotne genome različnih virusov z RNA in DNA genomom. V dveh vzorcih blata srn smo določili celotna genoma rotavirusov. V rektalnem brisu dihurja z drisko smo določili celotni genom enteričnega koronavirusa, medtem ko smo pri dihurju s kliničnimi znaki sistemskega obolenja določili celotni genom koronavirusa. Tudi v vzorcu kloakalnega brisa prepelice smo določili celotni genom novega koronavirusa.
F.18 Posredovanje novih znanj neposrednim uporabnikom (seminarji, forumi, konference)
COBISS.SI-ID: 4387194Sekvenciranje naslednje generacije (NGS) temelji na vzporednem določanju zaporedja velikega števila kratkih sekvenc, ki jih kasneje sestavimo na podlagi prekrivajočih odčitkov. V okviru projekta "Ugotavljanje in karakterizacija povzročiteljev kužnih bolezni z metodo naslednje generacije sekvenciranja" uporabljamo več strategij: identifikacija posameznih patogenov ali njihovih mešanih populacij v odbranih vzorcih in metagenomski pristop. Za nekatere bolezni virusne etiologije smo že določili zaporedja celotnih genomov virusov prašičje epidemične diareje, goveje virusne diareje, stekline, klasične prašičje kuge, vozličastega dermatitisa, prašičjega reprodukcijskega in respiratornega sindroma, sapelovirusa, enterovirusov, respiratornega sincicialnega virusa, virusa ptičje gripe in čebelje viruse) iz izolatov ali neposredno iz kliničnih vzorcev. Pri bakterijah smo določali determinante virulence in odpornosti v živalskih vzorcih in proučevali možno vlogo živalskih ali okoljskih izolatov pri okužbah ljudi. Določili smo celotne genome proti meticilinu odpornim sevom Staphylococcus aureus (MRSA), Staphylococcus pseudintermedius (MRSP) in študirali prenose Clostridium difficile. Za testiranje in ugotavljanje uporabnosti te nove tehnologije zbiramo vzorce od obolelih živali s kliničnim znaki črevesnih in respiratornih bolezni ali vzorce obolelih živali z neznano etiologijo. Predstavili smo najpomembnejše rezultate izvajanega projekta J4-8224.
F.02 Pridobitev novih znanstvenih spoznanj
COBISS.SI-ID: 4818554Tradicionalne mikrobiološke metode, ki se rutinsko uporabljajo v kliničnih laboratorijih za identifikacijo in karakterizacijo patogenov, imajo več pomembnih omejitev, saj temeljijo na gojenosti mikrobov. Pogosto so zamudne in omejene na omejeno število izbranih ciljnih vrst. Molekularne metode so bistveno izboljšale diagnostiko kužnih bolezni, vendar jih je mogoče uporabiti le za določanje znanih patogenov. Naslednja generacija sekvenciranja (NGS) temelji na vzporednem določanju zaporedja velikega števila kratkih zaporedij, ki se kasneje sestavijo na podlagi prekrivajočih se odčitkov. V okviru projekta '' Identifikacija in karakterizacija patogenov nalezljivih bolezni z metodo zaporedja naslednje generacije '' je bilo uporabljenih več strategij: identifikacija posameznih patogenov ali njihovih mešanih populacij v izbranih vzorcih in metagenomski pristop. Pri nekaterih boleznih virusne etiologije so celotna virusna genska zaporedja gospodarsko pomembnih virusov, kot so prašičja epidemična driska, goveja virusna diareja, steklina, klasična prašičja kuga, vozličasti dermatitis, prašičji reprodukcijski in respiratorni sindrom, sapelovirusi, enterovirusi, goveji respiratorni sincicijski virus, virusi aviarne influence in čebeljih virusov bila določena iz izolatov ali neposredno iz vzorcev s klinično manifestacijo bolezni. Za nekatere bakterije smo prvič raziskali determinante virulence in odpornosti proti antibiotikom v živalskih vzorcih, poleg tega pa smo ugotavljali tudi možno vlogo živalskih ali okoljskih izolatov z okužbami pri ljudeh. Določena in preučena so bila bakterijska zaporedja celotnih genomov pri na meticilin odpornih Staphylococcus aureus (MRSA), Staphylococcus pseudintermedius (MRSP) in Clostridium difficile. Za testiranje in ugotavljanje uporabnosti te nove tehnologije so bili zbrani vzorci živali s kliničnimi manifestacijami črevesnih in dihalnih bolezni ali neznano etiologijo. Predstavljeni smo glavne rezultate projekta J4-8224.
B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci
COBISS.SI-ID: 34150659Nadzor nad živalskimi in človeškimi virusi z določitvijo sestave in deleža virusov, ki krožijo pri določenih vrstah komarjev v izbrani regiji je nujen izziv za oblikovanje strategij za napovedovanje, pripravljenost, preprečevanje in morebitni nadzor nad nastajajočimi in porajajočimi virusnimi boleznimi. Za določanje viroma v enem izbranem skupnem vzorcu komarjev (Culex pipiens) smo uporabili tehnologija visokozmogljivega sekvenciranja naslednje generacije Ion Torrent (NGS). Naši rezultati so pokazali, da smo v vzorcu komarjev določili 15.526 odčitkov (1,9% vseh odčitkov), ki pripadajo virusom. Ugotovljena so bila zaporedja virusov iz šestih različnih družin virusov in dveh nerazvrščenih virusov. Tehnologija NGS je lahko zaznala odčitke virusa Usutu (USUV) z 99,26 do 100% identičnostjo zaporedja nukleotidov s sevi USUV, odkritih v Avstriji (MF063042), na Madžarskem (MF063043) in v Italiji (KU573074), medtem ko virus Zahodnega Nila (WNV) nismo dokazali v testiranem vzorcu komarjev. To je prvi poskus določitve viroma v vzorcu komarjev s pomočjo NGS na naši državi.
B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci
COBISS.SI-ID: 4831610