Čeprav se C. difficile še vedno pretežno smatra za pomembnega povzročitelja bolnišničnih okužb, se povečuje število okužb v domačem okolju. Ker je spore bakterije C. difficile mogoče izolirati iz skoraj vseh okolij, bi te lahko služile kot vir okužbe v domačem okolju. Cilj te študije je bil oceniti prisotnost spor C. difficile na čevljih, copatih in pasjih šapah ter raziskati pomen teh površin kot vektorjev za razširjanje C. difficile v domačem okolju. Spore C. difficile so bile prisotne v 14 (70%) od 20 gospodinjstev in v 31 od 90 (34,4%) zbranih vzorcev. Čevlji in copati so imeli najvišjo stopnjo pozitivnosti, 19/44 (43,2%) oziroma 6/21 (28,6%), sledile pa so pasje šape 6/25 (24,0%). Sevi so bili urščeni v trinajst PCR ribotipov, od tega polovica v ribotip 014/020. Ta tip je tudi prevladujoči tip, ki kroži v človeški populaciji in ga v Sloveniji pogosto najdemo v okolju (npr. v tleh in vodi). V treh gospodinjstvih smo na pasjih šapah, čevljih in copatih našli enak PCR ribotip. S sekvenciranjem genomov smo preverili genetsko sorodnost teh izolatov. Pri sevih ribotipa 014/020 smo znotraj gospodinjstva ugotovili manj kot 2 SNV (posamezne mutacije), kar je kriterij za nedavni skupni vir. Sevi 014/020 med gospodinjstvi pa niso bili sorodni. Prav tako niso bili sorodni sevi riobitpa 010 znotraj enega gospodinjstva. Naši rezultati kažejo, da so podplati čevljev in pasje šape lahko način za širjenje spor C. difficile med gospodinjstvi in okoljem in tako prispevajo k viru okužb s C. difficile v domačem okolju.
COBISS.SI-ID: 512823864
Cilj te študije je bil raziskati potencialne možnosti prenosa LA-MRSA med živalmi in ljudmi na podeželju. 14 kmetij v Sloveniji je bilo izbranih na podlagi potrjenih okužb (začetni pacient) s potrjeno okužbo z LA-MRSA in rednimi stiki z živalmi. Vključena je bila epidemiološka povezava z bolnišničnimi izolati LA-MRSA za raziskovanje možnega bolnišničnega prenosa. Na petih kmetijah so LA-MRSA odkrili tako pri živalih kot pri ljudeh. Skupno 49 izolatov LA-MRSA različnega izvora je bilo podvrženih sekvenciranju celotnega genoma, testiranju protimikrobne občutljivosti in tipizaciji spa. S študijo nismo odkrili prenosnih parov med živalmi in začetnimi bolniki. Vendar pa je več izolatov, ki izvirajo iz rejnih živali in drugih članov gospodinjstva, tvorilo skupke z ( 14 nukleotidnimi polimorfizmi (SNP), kar pa kaže na nedavne prenose tega patogena.
COBISS.SI-ID: 27039235
Na celicah PK-15 smo izolirali dva visoko patogena seva virusa klasične prašičje kuge (CSFV) (SRB / CSFV / 1264/2005 in SRB / CSFV / 6168/2006), ki sta povzročila hude klinične znake obolenja in visoke pogine prašičev med izbruhi v letih 2005 in 2006 v Srbiji. Celotno zaporedje genomov smo določili s sekvenciranjem naslednje generacije (NGS). Prva popolna karakterizacija dveh celotnih genomov srbskih sevov ponuja pomembne nove podatke o sevih klasične prašičje kuge iz balkanske regije in omogoča nadaljnje podrobne filogenetske študije med različnimi sevi iz sveta.
COBISS.SI-ID: 4722298
zaporedje celotnega genoma virusa Lake Sinai 3 (LSV3) smo določili s pomočjo tehnologije sekvenciranja naslednje generacije (NGS) Ion Torrent iz arhivskega vzorca čebel, odvzetih leta 2010. Ta sev M92/2010 je prvo celotno zaporedje genoma LSV linije 3 v svetu. Od oktobra 2016 do decembra 2017 smo zbrali 56 vzorcev čebel z 32 različnih lokacij in 41 vzorcev čmrljev s 5 različnih lokacij. Vzorce smo testirali z uporabo metode reverzne transkripcije in verižne reakcije s polimerazo (RT-PCR); 75,92% vzorcev čebel in 17,07% vzorcev čmrljev je bilo z metodo RT-PCR pozitivnih na LSV. Filogenetska primerjava 557 nukleotidov, ki kodira od RNA odvisno RNA polimerazo (RdRp) je v izbranih 23 pozitivnih vzorcih čebel in 3 pozitivnih vzorcev čmrljev pokazala prisotnost treh različnih linij LSV: LSV1, LSV2 in LSV3. Virus LSV3 je bil prvič potrjen v Sloveniji leta 2010, isti sev pa smo kasneje odkrili na več lokacijah v državi.
COBISS.SI-ID: 5048698
Podtipa 1f in 1d virusa bovine virusne diareje (BVDV) smo prvič izolirali v Sloveniji leta 1999 in pozneje sta ta dva podtipa ugotovljena v večini okuženih govejih čred z BVDV v Sloveniji. S to študijo podajamo informaciji o dveh skoraj popolnih genomnih necitopatogenega seva BVDV-1f SLO/1170/2000 in citatopatogenega seva BVDV-1d SLO/2416/2002. Skoraj celotna genoma sevov BVDV SLO/1170/2000 in SLO/2416/2002 obsegata 12.259 in 12.241 nukleotidov z vsebnostjo G + C 46,8% oziroma 45,1%. Bralni okvir (ORF) je sestavljen pri obeh izolatih iz 3.898 aminokislin in med seboj kažeta 87,7% identičnosti zaporedja aminokislin. V primerjavi z dostopnimi popolnimi sekvencami BVDV v GenBank z NCBI blastn je sev SLO/1170/2000 pokazal le 80,13% nukleotidne podobnosti s sevom SLO/2407/2006 (KX577637) iz Slovenije, ki spada v podgenotip BVDV-1e, medtem ko je imel sev SLO/2416/2002 le 90,40% identičnosti zaporedja nukleotidov s sevom BVDV-1d BJ1308 iz Kitajske.
COBISS.SI-ID: 4898938