J1-9186 — Vmesno poročilo
1.
Docking študija z biološko validacijo na bakterijskem encimu MurD

Odobreni antibiotiki so trenutno usmerjeni k majhnemu številu bakterijskih encimov, kljub povečanim deležem mikrobov, odpornih na antibiotike. Nove kemijske entitete, še posebej z novim načinom delovanja, se silovito iščejo. Da bi ugotovili, ali bi lahko bakterijski encim Murein ligaza D (MurD) na drug način vezal obstoječe inhibitorje, smo izvedli molekularno sidranje na ločenem mestu proteina s potencialnimi novimi inhibitornimi lastnostmi. Najvišje uvrščene spojine s programom za sidranje so bile pridobljene in pregledane za in vitro aktivnost na izolirani MurD. Ugotovili smo, da so presejane spojine izvajale le mejne zaviralne encimske aktivnosti, kar nas je pripeljalo do zaključka, da je bila naša hipoteza o potencialni novi vezavi MurD preveč optimistična. Ta članek dopolnjujemo z imeni in strukturami presejanih molekul, za nadaljnjo pomoč pa iščemo nova mesta za vezavo antibiotikov na Murskih ligazah.

D.09 Mentorstvo doktorandom

COBISS.SI-ID: 6367514
2.
Orodja ProBiS na PDB skali za odkrivanje zdravil

Predavanje na 255th ACS National Meeting & Exposition, New Orleans, LA, 18. do 22. 3. 2018 (članek: COMP 342)

B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci

COBISS.SI-ID: 6546970
3.
ProBiSdock: prožno sidranje z uporabo znanih struktur iz proteinske banke podatkov.

Predavanje na 255th ACS National Meeting & Exposition, New Orleans, LA, 18. do 22. 3. 2018 (članek: COMP 75)

B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci

COBISS.SI-ID: 6547226