Najpomembnejša terapija težjih primerov Crohnove bolezni (CB) so biološki zaviralci tumorje nekrotizirajočega faktorja (TNF). Žal je pri ~1/3 bolnikov s CB neodzivnost na terapijo še vedno resna težava. Natančno napovedovanje odzivnosti pred začetkom terapije bi bilo zato zelo koristno, vendar pa so se klinični napovedovalci odziva izkazali za nezadostne. Na osnovi naših rezultatov in podatkov pridobljenih iz sistematičnega pregleda literature smo izvedli meta analizo v kateri smo integrirali smo genomske in ekspresijske podatke o potencialnih biomarkerjih za napovedovanje odziva na proti TNF usmerjeni terapiji. Najprej smo na osnovi sistematične analize izdelali seznam polimorfizmov SNP povezanih z odzivom na ADA in potem na osnovi primerjave genotipov in ekspresije (QTL analize) izdelali seznam genov, ki kažejo tkivno specifično (kri, črevesna sluznica) eQTL. Tako izdelan seznam genov smo primerjali s transkripcijskimi biomarkerji za odziv na ADA, pri čemer se je pokazalo, da skorajda ni prekrivanja med genomskimi (tkivno-specifični, kvantitativni podatki o ekspresiji posameznih lokusov) in transkripcijskimi (podatki na ravni RNA in proteinov) biomarkerji. Nadalje s pomočjo interakcijskih mrež pokažemo, da je med predlaganimi biomarkerji malo neposrednih interakcij, čeprav jih večina ima skupne interaktorje, kar jih povezuje v skupna omrežja. Naša analiza genskih ontologij pokaže, da ta omrežja sodelujejo pri apoptotski signalizaciji, odzivu na oksidativni stres in vnetnih signalnih poteh. Zaključujemo, da je v prihodnjih študijah potreben bolj sistematičen pristop, z iskanjem genomskih in ekspresijskih biomarkerjev po celotnem genomu pri istih bolnikih.
COBISS.SI-ID: 512899384
Na vzorcu 45 KVČB bolnikov z indikacijo adalimumaba smo analizirali že objavljen napovedni model odziva infliksimab. Obstoječ napovedni model temelji na petih genih v črevesni sluznici (geni TNFAIP6, S100A8, IL11, G0S2 in S100A9). Izražanje teh genov smo izmerili z uporabo qRT-PCR v RNA izolirani iz vzorcev vnete črevesne sluznice bolnikov s KVČB ter perifernega tkiva črevesne sluznice brez vnetja, ki so bili pridobljeni ob rutinskih endoskopijah. Napovedne modele smo še razširili z integracijo genetskih različic v TNFAIP6, S100A8, IL11, G0S2 in S100A9, ki so bili sneti s GSA čipa. Napovedno moč modelov smo določili s metodo podpornega vektorja (SVM) oz. uveljavljenim R programskim paketom e1071. Odziv na zaviralce TNF smo določili po IBDQ vprašalniku po 4, 12, 20 in 30 tednih pričetka zdravljenja z adalimumabom. Študija je pokazala, da algoritem 10 napovednih modelov po 100 ugnezdenih modelov doseže napovedno moč do 100% z integriranimi podatki izražanja genov in genetskih različic. Modeli učeni na vseh RNA vzorcih dosežejo 75,5?% napovedno moč, samo RNA iz vnetega tkiva doseže 90,5% napovedno moč, RNA iz perifernega tkiva brez vnetja pa do 100%. Napovedni modeli učeni zgolj na genetskih podatkih dosežejo povprečno napovedno moč 92,8%, kar potrjuje vpletenost genetskih dejavnikov v odzivnost na zaviralce TNF. S študijo smo tudi uspešno prenesli že objavljen model odzivnosti za infliksimab na drug zaviralec TNF (adalimumab).
COBISS.SI-ID: 6817599
Opisana sta dva pristopa, ki uporabljata restrikcijske encime za ustvarjanje čistih, lokusno-specifičnih nemetiliranih kontrol za metilacijsko metodo MS-HRM (metilacijsko-specifično taljenje z visoko ločljivostjo). Te nemetilirane standarde pripravimo iz DNA, obdelane z demetilacijskim sredstvom 5-aza-2-deoksicitidin (5-Aza-dc). Z njihovo uporabo se izognemo pomanjkljivosti, ki jo ima sama 5-Aza-dc-tretirana DNA, to je nepopolni demetilaciji na različnih genskih regijah. Če 5-Aza-dc-tretirano DNA uporabljamo direktno kot nemetiliran standard pri MS-HRM, lahko delno demetilirane regije dajo napačne metilacijske rezultate. Analiza MS-HRM namreč razlikuje med metilirano in nemetilirano bisulfitno obdelano DNA na podlagi različnih talilnih profilov PCR produktov, ki se iz teh dveh matric amplificirajo. Za določitev nivoja metilacije testnega vzorca pa primerjamo talilne profile vzorca s profili metilacijskih standardov. Z našimi optimiziranimi nemetiliranimi kontrolami lahko pripravimo ustrezne standarde z znanimi deleži metilacije za lokusno-specifični MS-HRM.
COBISS.SI-ID: 22141718