Oligonukleotidi tipa GCn in GCnCG, kjer je n = (G2AG4AG2) se v prisotnosti Na+ ionov zvijejo v dobro definirane dimerne G-kvadruplekse s specialnimi topologijami, ki smo jih razkrili z jedrsko magnetno resonančno spektroskopijo. Oba G-kvadrupleksa imata edinstveno kombinacijo strukturnih elementov, med katerimi sta dva G-kvarteta, ena A(GGGG)A hexada in GCGC-kvartet. Podrobna strukturna karakterizacija je razkrila ključno vlogo 5'-GC koncev pri tvorbi GCn in GCnCG G-kvadrupleksov. Zvitje v prisotnosti ionov 15NH4+ in K+ vodi v 3-3' zlaganje končnih G-kvartetov GCn G-kvadrupleksov, medtem ko 3'-GC previsi v GCnCG preprečujejo dimerizacijo. Rezultati navede študije širijo repertoar možnih struktur G-kvadrupleksa. To znanje bo uporabno pri zasnovi zaporedja DNK za nanotehnološke aplikacije, ki pogosto zahtevajo posebne topologije zvitja in specifične lastnosti multimerizacije.
COBISS.SI-ID: 3408740
Mešanice azo-funkcionaliziranih amfifilnih derivatov gvanozina in amfifilnih derivatov drugih nukleobaz DNK so bili nanešene na mejno plast zrak-voda in obsevane s svetlobo valovnih dolžin 340 in 440 nm. Posledično je prišlo do preklapljanja med cis in trans konfiguracijami azobenzenske skupine, kar je povzročilo spremembe površinskega tlaka filma, ki smo jih analizirali v modelu, ki temelji na dvodimenzionalni Van der Waalsovi enačbi. Za mešane filme derivatov gvanozina in citidina je analiza pokazala pomembno spremembo jakosti medmolekulskih interakcij, ki jih povzroča optično obsevanje, medtem ko v mešanih filmih, ki vključujejo druge nukleobaze, takšnih sprememb nismo zaznali. Razliko pripisujemo svetlobno inducirani prekinitvi vodikove vezi, ki je vzpostavljena le med specifičnimi nukleobazami. Rezultati kažejo, da je fotoobčutljive nukleozidne derivate ??lmožno uporabiti kot učinkovita sonde za zaznavanje baznega parjenja v Langmuirovih monoplasteh.
COBISS.SI-ID: 3308132
Možnost vpliva na izražanje genov s stabilizacijo G-kvadrupleksa je razširjena na vseh področja življenja, vključno z virusi. Raziskovali smo polimorfizem in strukture G-kvadrupleksov humanega papiloma virusa tipa 52 z UV, CD in NMR spektroskopijo ter gelsko elektroforezo. Pokazali smo, da se oligonukleotid s petimi G-trakti zvije v več struktur in da imajo naravno enoznačni nukleotidni polimorfizmi (SNP) globoke učinke na strukturni polimorfizem v kontekstu nagnjenosti k konformacijski heterogenosti in stabilnosti zvitja v G-kvadruplekse. S pomočjo SNP analize smo lahko izbrali eno od prevladujočih oblik, oblikovano iz G-bogatega zaporedja d(G3TAG3CAG4ACACAG3T). Ta oligonukleotid, imenovan HPV52(1-4) tvori tri G-kvartete zavite nazaj v tip (3 + 1) s štirimi ostanki ostanki tipa sin, dvema obodnima zankama, ki segata v isti utor, V-zanko brez ostankov in zanko propelerja. Prvi ostanek gvanina je vgrajen v osrednji G kvartet, vsi ostanki štirih gvaninov iz osrednjega G4 območja pa so vključeni v jedro treh kvartetov G-kvadrupleksa. Študije modifikacije so identificirale več strukturnih elementov, ki so pomembni za stabilizacijo opisane oblike G-kvadrupleksa. Naši rezultati razširjajo nabor z G bogatih tarč v virusnih genomih in obravnavajo temeljna vprašanja glede zvitja sekvenc, bogatih z gvanozinom.
COBISS.SI-ID: 6616090