Primeri uporabe sekvenciranja celotnega genoma (WGS) za preučevanje epidemiologije bakterije P. larvae so redki. V tem delu smo izdelali stabilno shemo za tipizacijo bakterije P. larvae na osnovi zaporedij lokusov celotnega genoma (wgMLST), ki je obsegala 5745 lokusov, za kar smo uporabili 125 genomov P. larvae. Za oceno epidemiološke uporabnosti razvite sheme wgMLST smo uporabili 51 izolatov P. larvae iz izbruhov hude gnilobe v Sloveniji. Poleg tega smo pristop wgMLST primerjali z analizo zaporedij lokusov osrednjega genoma (cgMLST) in polimorfizmi posameznega nukleotida na ravni celotnega genoma (wgSNP). Vsi trije pristopi so uspešno identificirali gruče genetsko sorodnih sevov, povezanih z izbruhi, ki so se tudi jasno ločili od epidemiološko nepovezanih izolatov. Ugotovili smo dobro primerljivost WGS-analiz s konvencionalnimi tipizacijskimi metodami (ERIC-PCR in MLST), vendar nobena od konvencionalnih metod ni imela zadostne moči razlikovanja, da bi zanesljivo opredelila gruče genetsko povezanih izolatov. Razvita shema wgMLST vodi v boljše razumevanje genetske raznovrstnosti bakterije P. larvae znotraj in med izbruhi ter predstavlja pomemben napredek na področju genomske epidemiologije tega pomembnega patogena čebel.
COBISS.SI-ID: 53310723
V tej raziskavi smo analizirali 506 izolatov P. larvae iz let 2017–2019, ki so izvirali iz medu ali zalege ter iz različnih geografskih regij v Sloveniji. V prvem delu smo izolate tipizirali z metodo ERIC-PCR, da bi ugotovili pogostnost tipov ERIC v Sloveniji. Prevladoval je tip ERIC II (70,2%), sledil je tip ERIC I (29,8%). S kapilarno elektroforezo smo ugotovili dva nekoliko spremenjena vzorca pasov ERIC I, ki se nista izkazala kot relevantna za razlikovanje med tipi ERIC. Očitnega prostorskega ali časovnega razvrščanja tipov ERIC nismo ugotovili. Za opredelitev klonalnosti izolatov P. larvae tipa ERIC I, povezanih z izbruhom hude gnilobe čebelje zalege, smo 59 izolatom ERIC I določili zaporedja celotnih genomov (WGS). Tipizacija na osnovi zaporedij lokusov celotnega genoma (wgMLST) je razkrila sedem gruč genetsko povezanih izbruhov ERIC I-ST2 (?35 razlik v alelih). V vseh gručah smo ugotovili prenos klona P. larvae znotraj okuženega območja (kužnega kroga s polmerom 3 km), kar lahko razložimo z aktivnostjo čebel. V treh gručah smo ugotovili prenos klona med geografsko oddaljenimi čebelnjaki, kar lahko razložimo z aktivnostjo čebelarjev, kot je prevoz čebel na pašo in trgovanje s čebeljimi družinami. Zbrane ugotovitve kažejo na pomen čebelarskih aktivnosti pri prenosu sevov P. larvae. Metoda WGS bi morala biti referenčna metoda za ugotavljanje poti prenosa sevov P. larvae.
COBISS.SI-ID: 60749571