Pili tipa IV (T4P) so površinski proteinski filamenti, ki so bili temeljito proučeni v gramnegativnih patogenih bakterijah. Čeprav je sekvenciranje celih genomov postalo dostopno in rutinsko, je še vedno malo znanega o teh strukturah pri nepatogenih, anaerobnih, grampozitivnih črevesnih bakterijah. Prve študije so pokazale, da so T4P pri dveh grampozitivnih bakterijah iz prebavil prežvekovalcev povezani z rastjo na celulozi, kar kaže na možno povezavo T4P s substratno specifičnostjo bakterij. V pričujoči raziskavi smo preiskali cela genomska zaporedja 118 taksonomsko raznolikih, večinoma grampozitivnih bakterijskih sevov, izoliranih iz anaerobnih (gastrointestinalnih) okolij, za gene, povezane z biogenezo T4P, in gene, ki kodirajo encime, aktivne na ogljikovih hidratih (CAZymes). Slednje smo uporabili za napoved substratne specifičnosti sevov. Napovedno moč našega pristopa smo potrdili z eksperimentalno analizo substratne specifičnosti izbranih sevov. Naša analiza je pokazala, da so sistemi T4P z raznoliko genetsko organizacijo razširjeni med grampozitivnimi anaerobnimi nepatogenimi bakterijami iz različnih okolij, ki spadajo v dve filogenetski oddaljeni debli: Firmicutes in Actinobacteria.
COBISS.SI-ID: 43459331
Namen študije je bilo ovrednotiti mikrobioto humanega mleka (HMM) z različnimi pristopi - z uporabo gena 16S rRNA v sekvenciranju naslednje generacije (NGS) in z identifikacijo izolatov s kultivacijo ali masno spektrometrijo z ionizacijo v matriksu z lasersko desorpcijo ter analizo časa potovanja molekul (MALDI-TOF MS). Analizirali smo 31 vzorcev humanega mleka zdravih slovenskih mater. Točnost MALDI-TOF MS identifikacije pri izolatih iz najpogostejših rodov in tistih z nezanesljivo uvrstitvijo smo preverili s sekvenciranjem gena 16S rRNA po Sangerju. Pokazali smo, da sta kultivacija /MALDI-TOF MS primerni gojitveni metodi za določevanje HMM. Oba pristopa sta v HMM potrdila pretežno zastopanost z rodom Staphylococcus in Streptococcus. Zastopanost rodu Staphylococcus je bila povezana z zmanjšano mikrobno diverziteto. Izpostavili smo dejavnike, ki bi lahko vplivali na HMM. Uporaba prsne črpalke je bila povezana s sestavo HMM, višjo vsebnostjo mikrobov in nižjo zastopanostjo kultivabilnih stafilokokov. Študija je pokazala, da uporaba probiotikov pri dojenčkih lahko vpliva na HMM z zvišano vsebnostjo laktobacilov in prisotnostjo viabilnih probiotičnih bakterij v humanem mleku. Zaradi observacijske narave študije in relativno majhnega števila vzorcev predlagamo študije, ki bi bile bolj usmerjene in bi lahko proučile eventuelni prenos probiotikov preko zunanjih dejavnikov v mlečno žlezo ter izpostavile fiziološki pomen teh dogodkov.
COBISS.SI-ID: 4326792
Mlečnokislinske bakterije (MKB) in bifidobakterije, namerno vnesene v živilsko verigo lahko deluje kot rezervoar protimikrobne odpornosti (AR), kar predstavlja problem glede varnosti hrane. V tej raziskavi smo raziskali odpornost proti protimikrobnim zdravilom lastnih in komercialnih probiotičnih in starterskih kultur laktobacili in bifidobakterij (n = 20) s povezovanjem fenotipskih in in silico podatkov. Minimalne inhibitorne koncentracije (MICs) smo ugotavljali z mikrodilucijskim in/ali E-testom. Geni za odpornost proti antibiotikom (ARG), mutacije, genomski otoki (GIs), in mobilni genetski elementi (MGE) so bili napovedani v zaporedjih celih genomov (WGS) z uporabo različnih podatkovnih baz in orodij (CARD, Resfams, ResFinder, ARG-ANNOT, FARME DB, IslandViewer4, PlasmidFinder, PointFinder, BLAST, HMMER3). Poleg tega smo opravili celovito analizo o razširjenosti gena tetW in spremljajočih zaporedij (FStetWs) pri laktobacilih in bifidobakterijah (n = 1423). Številni sevi so izkazovali fenotipsko odpornost proti kanamicinu, tetraciklinu, kloramfenikolu, quinupristin-dalfopristinu, ciprofloksacinu in neomicinu. Opažene odpornosti niso vedno sovpadale s prisotnostjo ARG in obratno. V štirih probiotičnih sevih Bifidobacterium animalis subsp. lactis smo zaznali pridobljeni gen tetW, medtem ko v genomih laktobacilov nismo ugotovili nobene pridobljene ARG. Kljub temu so bili homologi beljakovin, povezanih z odpornostjo AR, prisotni v vseh 20 proteomih. Razširjenost tetW, ki jo je pogosto spremljal MGE, je bila višja pri bifidobakterijah (31,9%) kot pri laktobacilih(6,3%). Rezultati kažejo, da so FStetW lahko povezani z GI in so bili najdeni v več sevih, vključno z morebitnimi patogeni. Naše ugotovitve predstavljajo vpogled v odpornost proti antibiotikom pri probiotičnih in starterskih kulturah s poudarkom na tetraciklinu in v varnost teh sevov v kontekstu AR.
COBISS.SI-ID: 4320904
V omenjeni raziskavi, smo raziskovali učinek dodajanja visokih količin vitamina E, vitamina C in selena, pitovnim piščancem izpostavljenim oksidativnemu stresu, povzročenim z dodajanjem večkrat nenasičenih maščobnih kislin (VNMK) v krmo. V vzorcih svežega in kuhanega mesa smo spremljali markerje oksidativnega stresa ter antioksidativne obrambe. Podobno kot v prejšnji raziskavi na in vivo parametrih oksidativnega stresa, smo tudi na vseh vzorcih mesa pokazali, da je edini konstantno učinkovit antioksidant ki ščiti živali pred oksidativnim stresom povzročenim z VNMK vitamin E, vitamin C in selen pa nimata jasnih sinergističnih učinkov, čeprav se delno lahko akumulirata v tkivih.
COBISS.SI-ID: 4204936
Čeprav je rod Prevotella pogosto dominanten v zadnjem črevesu sesalcev in vampu prežvekovalcev, vemo o njegovi dejanski vlogi malo. Sicer so predvideli, da je pomemben v razgradnji topnih polisaharidov, a dejanskih podatkov skorajda ni. V tej študiji smo pregledali 23 črevesnih in vampnih vrst Prevotella in ugotovili, da v splošnem vsebujejo obsežne nabore lokusov za razgradnjo polisaharidov (PULs) in encimov, ki razgrajujejo ogljikove hidrate. Vrste se glede na te nabore jasno ločijo na generaliste in specialiste. Med generalisti smo odkrili raznolikost, tako v naboru polisaharidov, ki jih lahko razgrajujejo, kot tudi v kombinacijah PUL, ki jih za to uporabljajo. Ko smo pregledovali metagenome vampa in prašičjega zadnjega črevesa smo ugotovili, da so preučene vrste Prevotella sicer dober, a ne izčrpen vzorec vseh Prevotella v teh sistemih. Ugotovili smo tudi, da vrste, ki so bile izolirane iz človeškega ali prašičjega fecesa, občasno najdemo v presenetljivo visokih deležih v vampu goveda in to na tako oddaljenih lokacijah kot sta Škotska in Nova Zelandija. To kaže na pogost prenos vrst Prevotella med različnimi gostitelji in nizke prepreke za uspešno naselitev različnih habitatov.
COBISS.SI-ID: 4149384