Predstavljen je nabor podatkov o kristalnih strukturah nanoteles-antigen. Nabor podatkov je sestavljen iz zbirke očiščenih pdb datotek, ki jih je mogoče uporabiti kot vhodne za večino programske opreme za samodejno analizo. Priloženi podatki vključujejo tudi aminokislinska zaporedja nanoteles z označenimi območji CDR. Podajamo podatke o lastnostih interakcij za vsak kompleks, kot so število medmolekulskih interakcij, afiniteta in spremembe površin, ki so dostopne topilu. Vključujemo tudi podatke glede sestave površin vseh molekul nanoteles in antigenov (pojavljanje vsake vrste aminokislin in njene sekundarne strukture). Podatki se lahko uporabijo za nadaljnje strukturne in bioinformatske študije nanoteles in kot referenčni podatki pri primerjavi s konvencionalnimi protitelesi.
COBISS.SI-ID: 1538192579
Z gvanini bogati oligonukleotidi DNA lahko zavzamejo strukturo G-kvadrupleksa (G4) v prisotnosti specifičnih kationov. (Ra)zvitje G4 lahko opišemo s pomočjo termodinamike, kar poda informacije o stabilnosti različnih struktur G4. Pokažemo, kako se ustrezni termodinamični in včasih kinetični parametri pridobijo z uporabo diferenčne dinamična kalorimetrije (DSC) in globalnim prilagajanjem ustreznega modela podatkom DSC. Pokažemo, da je mogoče najprimernejše vrednosti termodinamičnih parametrov prevesti v gonilne sile, ki spremljajo strukturne pretvorbe G4 in v fazne diagrame, ki omogočajo eleganten opis faznega prostora G4 v širokem območju eksperimentalnih pogojev.
COBISS.SI-ID: 1538548163
V članku je pojasnjeno, zakaj se DNA s ponavljajočim zaporedjem baz AGCGA zvije v posebno strukturno imenovano AGCGA-kvadrupleks. Ponovitve AGCGA se nahajajo v številnih človeških genih, ki sodelujejo pri regulaciji običajnih in z boleznimi povezanih celičnih procesov (nevrološke motnje, rak, nepravilnosti v razvoju kosti in hrustanca), kar nakazuje na fiziološki pomen AGCGA-kvadrupleksov. Termodinamska analiza njihovega (ra)zvitja pokaže, da so dovolj stabilni, da lahko uravnavajo izražanje genov s ponovitvami AGCGA. Termodinamski »prstni odtis« AGCGA-kvadrupleksa je različen od tistega za dvoverižno Watson-Crickovo DNA in nekanonično strukturo G-kvadrupleks. Razlike so predvsem posledica specifične vezave molekul vode in nalaganja baz, ki omogoča strukturi znatno konformacijsko fleksibilnost.
COBISS.SI-ID: 1538129603