Opisan je pristop ProBiS H2O MD za identifikacijo ohranjenih vod in vodnih območij zanimivih za makromolekularni sistem, ki postaja tipičen korak v strukturirani zasnovi zdravil ali makromolekularni študiji na splošno. To delo predstavlja razširitev našega prejšnjega ProBiS H2O pristopa. Dejansko so molekule vode ključni akterji v mehanizmih interakcij makromolekul in majhnih molekul in igrajo pomembno strukturno vlogo. Tu smo razmišljali o posplošitvi ideje z dopolnjevanjem eksperimentalnih podatkov s podatki, pridobljenimi iz molekularne dinamike, da bi olajšali delo na manj znanih sistemih. To je nov pristop, ki uporablja eksperimentalne podatke in silico za prepoznavanje zanimivih vodnih mest.
COBISS.SI-ID: 23077142
Z uporabo inverznega molekularnega pristopa smo želeli najti nove možne tarče resveratrola. Preučili smo povezovanje resveratrola na vsako ProBiS predvideno mesto vezave) 38 000 beljakovinskih struktur iz Protein Data Bank in najdenih je bilo več novih možnih tarč, v katere je bil resveratrol uspešno sidran. Naši rezultati razkrivajo prej neznane potencialne humane beljakovine, katerih povezava s srčno-žilnimi in nevrološkimi motnjami bi lahko privedla do novih možnih načinov zdravljenja najrazličnejših bolezni. Verjamemo, da bodo naše raziskave lahko pomagale v prihodnjih eksperimentalnih raziskavah bioaktivnosti revestratola pri ljudeh.
COBISS.SI-ID: 22207510
Celični receptorji (TLR) so obetavna tarča za zdravljenje virusnih okužb, avtoimunskih bolezni in rakavih obolenj. Tu sta opisani dve novi seriji selektivnih majhnih molekulskih agonistov TLR7 z novimi ogrodji in dobro selektivnostjo nad TLR8, nekateri z potenci v nizkem mikromolarnem območju. 8-hidroksi-1-izobutilkromeno [3,4-d] imidazol-4 (1H)-ena iz prve serije je bil zasnovan in sintetiziran na podlagi predhodno opisanega antagonista TLR7 2 in se pokaže, da je selektiven TLR7 agonist (EC50, 1,8 uM). Druga serija je temeljila na 2-(trifluorometil) kinolin-4-aminu in 2-(trifluorometil) kinazolin-4-aminskih ogrodjih, ki sta bila določena v skladu z našim lastnim protokolom za virtualno rešetanje na osnovi ligandov. Nadaljnja sinteza fokusirane knjižnice analogov, biološka ocena in docking študije so omogočile sistematično raziskovanje razmerja med strukturo in aktivnostjo, ki kažejo, da je sekundarni ali terciarni amin z manjšimi fleksibilnimi alkilnimi substituenti v dolžini do treh atomov ogljika ali so potrebni so obsežnejši togi alifatski v položaju 4 na 2-(trifluorometil)kinolin / kinazolinska ogrodja za močno delovanje agonista TLR7. Poročamo tudi o vplivu izbranih agonistov TLR7 na proizvodnjo citokinov, kar kaže, da lahko N-ciklopropil-2-(trifluorometil) kinazolin-4-amin povzroči zvišane ravni IL-6 in IL-8. Ti podatki kažejo uspešno in-siliko opredelitev novih TLR7 v primerjavi s TLR8-selektivnimi spojinami kot obetajočimi kemičnimi sondami za nadaljnji razvoj močnih molekulskih imunomodulatorjev.
COBISS.SI-ID: 34389209