Razvili smo algoritem za napovedovanje tridimenzionalnih struktur proteinov, ki temelji na senčenju elektrostatskih interakcij. Z njim smo napovedovali strukture na štirih eksperimentih CASP (http://predictioncenter.gc.ucdavis.edu), v katerih raziskovalci s vsega sveta napovedujejo strukture proteinov. Sodelovali smo v kategoriji "ab-initio" napovedi. Na dveh eksperimentih CASP se je naš model uvrstil med najboljše, za kar smo dobili priznanja v obliki vabljenih predavanj. Naš model je eden redkih, ki za problem zvitja proteinov uporablja enostavne fizikalne zakone.
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 2818586Naš znanstveni referat je bil uvrščen v 10% prispevkov, ki jih je znanstveni komite konference izmed tisoč prijavljenih prispevkov izbral za predavanje. Predstavili smo študijo denaturiranih stanj proteinov z metodami NMR spektroskopije. Potrdili smo, da je naš elektrostatski model strukturnih preferenc aminokislinskih ostankov v denaturiranih proteinih pravilen. V kemično denaturiranem proteinu ubikvitin smo odkrili zametke ß-trakov. Pri teh pogojih v ubikvitinu ni prisotnih ß-plasti, kljub temu se odkriti ß-trakovi nahajajo na istih področjih v proteinu kot v nativnem stanju.
B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci
COBISS.SI-ID: 3344410V obdobju 2004-2007 je dr. Simona Golič Grdadolnik izvedla štiri industrijske projekte za farmacevtsko družbo Lek. Projekti zajemajo raziskave konformacijskih in dinamičnih lastnosti novih biološko aktivnih učinkovin, ki so jih razvili v Leku. Uporabila je sodobne pristope NMR spektroskopije. Dr. Jože Grdadolnik je izvedel dva industrijska projekta za Lek farmacevtsko družbo in en industrijski projekt za farmacevtsko družbo Krka. Projekti zajemajo študije struktur novih farmacevtsko aktivnih molekul z vibracijsko spektroskopijo.
F.17 Prenos obstoječih tehnologij, znanj, metod in postopkov v prakso
COBISS.SI-ID: 1111111V letu 2006 je bila dodeljena Fakultetna Prešernova nagrada Fakultete za matematiko in fiziko Univerze v Ljubljani za diplomsko delo z naslovom: Izračun optičnih konstant v infrardečem območju z metodo oslabljenega popolnega odboja. Diplomsko delo je potekalo pod vodstvom delovnega metorja dr. Jožeta Grdadolnika. V delu so poleg meritev infrardečih spektrov z metodo oslabljene refleksije vode in raztopin nekaterih aminokislin podani natančni izračuni napak, ki se pojavijo pri merjenju in izračunu optičnih konstant.
E.01 Domače nagrade
COBISS.SI-ID: 1917796Članek z naslovom: Protein Chemical Shifts Arising form ?-Helices and ß-Sheets Depend on Solvent Exposure (F. Avbelj, D. Kocjan, R.L. Baldwin, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 101, 17394-17397, 2004) je bil v novembru 2006 na 6. mestu najbolj branih člankov te zelo ugledne revije (faktor vpliva več kot 10). V članku opisujemo vpliv elektrostatskega senčenja na NMR kemijske premike.
B.06 Drugo
COBISS.SI-ID: 1111111V obdobju 2004-2007 je dr. Simona Golič Grdadolnik izvedla štiri industrijske projekte za farmacevtsko družbo Lek. Projekti zajemajo raziskave konformacijskih in dinamičnih lastnosti novih biološko aktivnih učinkovin, ki so jih razvili v Leku. Uporabila je sodobne pristope NMR spektroskopije. Dr. Jože Grdadolnik je izvedel dva industrijska projekta za Lek farmacevtsko družbo in en industrijski projekt za farmacevtsko družbo Krka. Projekti zajemajo študije struktur novih farmacevtsko aktivnih molekul z vibracijsko spektroskopijo.
F.17 Prenos obstoječih tehnologij, znanj, metod in postopkov v prakso
Članek z naslovom: Protein Chemical Shifts Arising form ?-Helices and ß-Sheets Depend on Solvent Exposure (F. Avbelj, D. Kocjan, R.L. Baldwin, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 101, 17394-17397, 2004) je bil v novembru 2006 na 6. mestu najbolj branih člankov te zelo ugledne revije (faktor vpliva več kot 10). V članku opisujemo vpliv elektrostatskega senčenja na NMR kemijske premike.
B.06 Drugo