Članek vsebuje računsko študijo primarnega in sekundarnega (13C) izotopnega efekta ob zamenjavi vodikovo vezanega protona z devteronom.
COBISS.SI-ID: 3008282
Načrtovali in sintetizirali smo serijo novih 4-substituiranih trinemov, ki so pokazali pomembno zaviralno aktivnost na beta laktamaze razredov C in A. Spojina vodnica Lk-157 deluje kot inaktivator, zasnovan na mehanizmu. V kristalnih strukturah dveh kompleksov inhibitor-AmpC encim iz E. cloacae smo opazili acilacijo amino kisline Ser 64 v aktivnem mestu te beta-laktamaze razreda C. Relacije struktura-aktivnost v tej seriji kažejo na ključni pomen trinemskega skeleta za zaviralno aktivnost in zanimiv potencial te serije za nadaljnji razvoj.
COBISS.SI-ID: 3759642
V tem delu smo predstavili enostaven model enega bolj pogostih mutacijskih mehanizmov, ki se izražajo v obliki daljšanja in krajšanja kratkih tandemskih ponovitev in je njihov izvor v zdrsu polimeraze v fazi replikacije genetskega materiala. Uporabili smo formalizem hitrostnih enačb, ki nam je omogočil, da smo z uporabo matrične algebre in numeričnih simulacij določili parametre modela, ki opisuje mutacijsko dinamiko tandemskih ponovitev. Delo je pomembno, saj prispevajo spremembe dolžin tandemskih ponovitev približno polovico vseh mutacijskih dogodkov.
COBISS.SI-ID: 3238170
V tem prispevku smo uporabili mikroskopske simulacijske metode in raziskali reakcijo z uporabo reakcijske površine na nivoju empirične valenčne vezi, modela dispergiranega polarona, "path" integracije in približka vibronske formule, ki je ekstenzija Marcusovega modela, ki vključuje vibracijska stanja. Naši pristopi so mikroskopski in ne fenomenološki in pomembno je, da reakcijo primerjamo z reakcijo v vodni raztopini. V glavnem smo se osredotočili na lipoksigenazo in v manjši meri še na druge encime. Reproducirali smo velik kinetični izotopski efekt.
COBISS.SI-ID: 3521050
Kloroetilen oksid – končni karcinogen vinil klorida – reagira z DNA in s skoraj popolnim izkoristkom vodi do nastanka 7-(2-oksietil)gvaninskega adukta. Hkrati smo iz prvih principov izvedli serijo računalniških simulacij. Efekte hidratacije smo upoštevali z uporabo modelov Langevinovih dipolov in reakcijskega polja topila. Dobljene aktivacijske proste energije so se dobro ujemale z eksperimentalno vrednostjo.
COBISS.SI-ID: 3464218