Prikazana je prvič strukturna proteinska mreža kot orodje za razumevanje kompleksnih bioloških sistemov. Koncept smo razvili na sistemu kalikrein-kinin in renin-angiotenzin (KKS-RAS), ki tesno sodelujeta v mnogih fizioloških ter patoloških procesih. V teh procesih so udeleženi med drugim lizosomalni katepsini med njimi katepsin F, ki spadajo v družino peptidaz C1. Dobljene so bile vse komponente do 4.nivoja, kar kaže na bolj kompleksno sestavo strukturne mreže biološkega sistema na nivoju atomske resolucije.
COBISS.SI-ID: 23522087
V tem delu smo pri različnih celičnih modelih predpostavili mehanizem delovanja lizosomskih cisteinskih katepsinov po razbitju lizosomov s pomočjo agensa LeuLeuOMe. Permeabilizaciji lizosomske membrane in sprostitvi katepsinov v citosol sledi cepitev proteina Bid, ter razgradnja antiapoptotskih članov Bcl-2, Bcl-xL ali Mcl-1, kot posledica poškodbe mitohondrijev. Poleg tega smo ugotovili, da je inhibitor apoptoze XIAP tarča cisteinskih katepsinov. Rezultati kažejo, da cisteinski katepsini uravnavajo apoptozo odvisno od kazpaz po permeabilizaciji mitohondrijske membrane.
COBISS.SI-ID: 21719335
Lizosomske proteaze sodelujejo tudi v signalnih poteh celične smrti, ki v primeru apoptoze pomenijo samomor celice. Vendar pa so v zadnjih letih ugotovili, da imajo endosomi/lizosomi tudi druge funkcije, med njimi tudi takšne, ki izboljšajo preživetvene možnosti celic. V tem delu sta avtorja predstavila trenutno razumevanje vloge lizosomov v signalnih poteh celične smrti in izpostavila njihovo vključenost v preživetvene mehanizme.
COBISS.SI-ID: 22640935
V tem delu smo proučevali apoptozo, izzvano z dejavnikom tumorske nekroze (TNF)-alfa pri dveh tumorskih celičnih linijah, U937 in T98G. Ugotovili smo, da med apotozo pride do destabilizacije lizosomov in sproščanja cisteinskih katepsinov v citosol. Inhibicija cisteinskih katepsinov z E64d in CA-074Me, ni vplivala na potek apoptoze pri obeh linijah. Zaključili smo, da apoptoza, izzvana s TNF-alfa, ni kritično odvisna od cisteinskih katepsinov v teh dveh celičnih modelih. Delo je sestavni del doktorske disertacije Martine Klarić, ki je delala na tem projektu (eksperimentalni del zaključen).
COBISS.SI-ID: 22717479
Pomembni skupino cisteinskih proteaz predstavljajo lizosomalni cisteinski katepsini. V človeškem genomu je prisotno 11 encimov in sicer katepsini B, H, L, S, C, F, K, O, V, W in X. V tem preglednem članku so opisane nekatere lastnosti, struktura, specifičnost in mehanizem inhibicije z njihovimi endogenimi inhibitorji cistatini in tiropini. Prav tako je prikazan njihovo pomen v normalnih in patoloških stanjih.
COBISS.SI-ID: 22321703