S kombinacijo NMR študij in računalniških simulacij molekularne dinamike novih ligand-MurD kompleksov smo dobili vpogled v dinamične lastnosti kompleksov, ki lahko bistveno nadgradi racionalno načrtovanje novih protibakterijskih učinkovin osnovano le na študijah rigidne kristalne strukture. Prepoznali smo konformacijsko fleksibilnost novih ligandov v vezavnem mestu in določili njen vpliv na posamezne ligand-receptor interakcije. Ugotovili smo, da je stopnja fleksibilnosti povezana s specifičnimi elementi molekularne strukture ligandov in z razlikami v njihovi inhibitorni aktivnosti.
COBISS.SI-ID: 4121626
Načrtovali in sintetizirali smo novo vrsto AT1 antagonistov z znatnim antihipertenzivim učinkom, ki imajo drugačne strukturne latnosti kot znani ne-peptidni AT1 antagonisti. S kombinacijo eksperimentalnih in teoretičnih metod smo določili interakcije učinkovina-membrana in učinkovina-aktivno mesto receptorja za novo vrsto AT1 antagonista. Pokazali smo, da aktivnost novih antagonistov lahko izboljšamo z upoštovenjem termodinamskih efektov na lipidne dvosloje in s prilagajanjem steroelektronskim lastnostim aktivnega mesta receptorja.
COBISS.SI-ID: 4385050
Postavili smo robustno metodo za določanje možne bioaktivne konformacije linearnih peptidnih analogov mielinskega proteina, ki inducirajo EAE (experimental autoimmune encephalomyelitis) eksperimentalni sistem za študij skleroze multipleks ter njihove konformacijske in vezavne lastnosti primerjali z lastnostmi EAE antagonistov. Pokazali smo specifične strukturne lastnosti EAE agonistov in antagonistov, ki določajo razlike v njihovih interakcijah s T-celičnim receptorjem.
COBISS.SI-ID: 3843610
Z NMR metodami smo pokazali, da se novi rodaninski inhibitorji MurD vežejo le v vezavno mesto substrata UDP in ugotovili, da so locirani v uracilnem delu vezavnega mesta. Na podlagi študij tridimenzionalne strukture vezavnih mest UDP in ATP ter molekularne strukture rodaninskih derivatov je bila predvidena možnost vezave v obe vezavni mesti. S primerjalnimi študijami sprememb kemijskih premikov metilnih skupin encima MurD ob vezavi poznanih inhibitorjev, substrata in AMPPCP smo ovrgli možnost vezave novih inhibitorjev v vezavno mesto ATP.
COBISS.SI-ID: 2743921
NMR konformacijskimi študijami valsartana v topilu in simulacijami molekularne dinamike valsartan - AT1 receptor kompleksa v prisotnosti lipidnih dvoslojev smo raziskali vezavne interakcije valsartana z AT1 receptorjem. Valsartan preko inhibicije AT1 receptorja učinkovito deluje proti visokemu krvnemu pritisku. Ugotovili smo, da membransko okolje poveča vezavne interakcije valsartana z AT1 receptorjem in stabilizira ligand v aktivnem mestu receptorja ter pokazali na pomembno vlogo membranskega okolja v mehanizmu delovanja AT1 antagonistov.
COBISS.SI-ID: 4115994