Poznavanje vezavnih mest na proteinih je predpogoj za ravoj novih inhibitorjev proteinskih interakcij. Kot prvi smo prvi pokazali, da so proteinska vezavna mesta strukturno ohranjena. Razvili smo nov algoritem za napovedovanje vezavnih mest na proteinih, ki išče ohranjenost površinskih struktur in fizikalno-kemijskih lastnosti v strukturno sorodnih proteinih. Našli smo dobro ujemanje napovedanih vezavnih mest z dejanskimi. Naš algoritem za iskanje strukturne ohranjenosti v množici sorodnih proteinov je uporaben za napovedovanje vezavnih mest na proteinih.
COBISS.SI-ID: 4395802
Razvili smo tudi spletni strežnik, dostopen na http://probis.cmm.ki.si, na voljo širokemu krogu uporabnikov, v katerem so združene metode, opisane v zgoraj navedeni publikaciji.
COBISS.SI-ID: 4404506
Razvili smo nove algoritme za napovedovanje proteinskih vezavnih mest na osnovi lokalnih strukturnih podobnosti proteinskih struktur. Za strukturne sosede smo uporabili več kot 60 000 struktur iz PDB baze oziroma več kot 300 000 verig nevezanih proteinskih struktur. Rezultirajoče strukturne podobnosti smo uporabili za napovedovanje proteinskih vezavnih mest. Pokazali smo, da je s pomočjo lokalnih strukturnih podobnosti mogoče napovedati proteinsko vezavno mesto neodvisno od njegovega zvitja.
COBISS.SI-ID: 4491290
Študija strutkure in reakcijskih mehanizmov diaryliodidov, ki vežejo aktiven fluor, je pomembna za načrtovanje novih aktivnih snovi pri tomografiji možganov s pozitronsko emisijo (PET skeni). V članku smo študirali strukturo in energetiko za tvorbo dimerov diarylnih iodidov.
COBISS.SI-ID: 4487706
Vpeljali smo razsiritev metode AdResS, ki omogoča spremembo krajevne resolucije med samim potekom molekulske dinamike. Razširitev, ki je osnovana na termodinamskih argumentih, omogoča termodinamsko ravnovesje med molekulami razlicnih reprezentacij. Robustnost algoritma smo testirali na dveh primerih, t.j., tekočini tetraedričnih molekul in binarni zmesi tetraedričnih in sferičnih molekul.
COBISS.SI-ID: 4379162