- Ideja o povečanju efekta tuneliranja s kompresijo razdalje med donorjem in akceptorjem je v zadnjem času sprožila veliko zanimanje. Pokazali smo, da so v dokazih za take trditve resne nedoslednosti. Iz študij namreč izhaja, da se efekt tuneliranja pri kompresiji zmanjša, ter da zunanji tlak ne vodi do znatne kompresije bariere. Hkrati smo tudi pokazali, da tlačni poskusi niso dokaz za vibracijski prispevek h katalizi in da temperaturna odvisnost entropijske spremembe pri reakcijah prenosa protona kaže na enostavne elektrostatske učinke.
COBISS.SI-ID: 4420378
Ciklotialidini so zaviralci podenote bakterijske DNA giraze B (GyrB), z delovanjem na ATP vezavnem mestu. Naše in silico virtualno rešetanje smo zastavili na osnovi dosegljivih strukturnih informacij o ciklotialidinu GR122222X, pri čemer smo kombinirali molekulsko sidranje z informacijo o tridimenzionalni farmakofori. Odkrili smo nov razred 2-amino-4-(2,4-dihidroksifenil) tiazolnih zaviralcev z nizko mikromolekularno protigirazno aktivnostjo.
COBISS.SI-ID: 2731377
- Sodelovali smo pri eksperimentalni in računski DFT študiji mehanizma Diels-Alderjeve reakcije za serijo 2H-piran-2-onov z nesimetrično substituiranimi alkini. Rezultati so pokazali, da reakcija poteka v dveh korakih po polarnem asinhronem mehanizmu, ki je v skladu z lastnostmi polarne Diels-Alderjeve reakcije. S kvantno-kemijski izračuni smo razložili dva različna načina ciklizacije in prisotnost nepričakovanega produkta. Rezultati so skladni z eksperimentalnimi študijami in ključno prispevajo k znanju o sintezi funkcionaliziranih benzenov.
COBISS.SI-ID: 34399749
- Preučevali smo dinamiko prenosa protona v kratkih vodikovih vezeh kristaliničnega natrijevega hidrogenbisulfata, ki je feroelektričen vodikovo vezan sistem. Pristop je osnovan na strukturah iz CPMD trajektorije, izračunu protonskih potencialov in reševanju vibracijske Schrodingerjeve enačbe za vsakega izmed potencialov. Verjetnostna porazdelitev za proton kaže, da ima sistem širok in plitev minimum blizu centra vodikove vezi, kar je skladno z eksperimentalnimi podatki.
COBISS.SI-ID: 4420122
- Kinetične študije polarnega živčnega prenašalca histamina in njegovega ponovnega privzema v podganje neonatalne astrocite smo podprli s kvantno-kemijsko simulacijo. S simulacijo smo izračunali pKa vrednosti histamina, za solvatacijski model pa smo uporabili Langevinove dipole. Rezultati študije kažejo, da astrociti prenašajo histamin vsaj na dva načina, in sicer z olajšano difuzijo ter od natrija odvisnim aktivnim transportom. Pokazali smo tudi, da so protonacijska stanja histamina odvisna od polarnosti okolice.
COBISS.SI-ID: 4319258