V septembru 2011 smo organizirali mednarodno konferenco CMTPI ('Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources'), Računalniške metode v toksikologiji in farmakologiji vključno z internetnimi viri. Po Bordeauxu, Thessalonikih, Shanghaiu, Moskvi in Istanbulu je bila to šesta konferenca te vrste. Konferenca je obsegala tri tematske sklope: uporaba interneta kot vira kemijskih informacij, računalniško modeliranje (QSAR) pri razvoju zdravilnih učinkovin in računalniško modeliranje (QSAR) ekotoksikoloških lastnosti, ki so pomembne pri registraciji kemikalij (zakonodaja REACH). Predstavljeno je bilo šest plenarnih predavanj, 30 predavanj in 32 postrov. Sodelavci Laboratorija smo, skupaj s tujimi sodelavci, predstavili svoje raziskave v petih predavanj in osmih postrih. V enem od predavanj smo predstavili toksikološke podatke, dostopne v Sloveniji prek interneta. V prvem delu smo predstavili slovenske univerze in njihove študijske programe, ki se nanašajo na toksikologijo. V drugem delu smo predstavili vladne agencije, ki so odgovorne za nadzor trga, Urad za kemikalije R Slovenije in Fitosanitarno upravo R Slovenije.
B.01 Organizator znanstvenega srečanja
COBISS.SI-ID: 4777754V doktorski tezi Amrita Roy Choudhury najprej predstavi razvoj algoritmov za napovedovanje transmembranskih domen proteinov, kar je prvi korak na poti strukturnega pojasnjevanja transmembranskih proteinov. Algoritmi so zgrajeni na osnovi dvoplastne arhitekture. Prvo plast predstavlja program za razvrščanje objektov v razrede, zgrajen na osnovi metode podpornih vektorjev, upoštevajoč informacije iz javno odstopnih podatkov. Aminokislinski vzorci transmembranskih segmentov so matematično zapisani v obliki matrike sosednosti. V drugi plasti začetne napovedi izboljšamo s pomočjo statističnih podatkov o preferenčnih vzorcih amikokislin na robovih transmembranskih regij. Drugi del teze predstavlja strukturno pojasnjevanje bilitransklokaze, transporterja organskih anionov, katerega sekundarna struktura ni poznana. Za identifikacijo transmembranskih domen bilitranslokaze je uporabila napovedni algoritem, razvit v prvem delu doktorskega dela. Z molekulsko dinamiko je preverila stabilnost napovedanih segmentov v lipidnem okolju ter predvidela energetsko najugodnejšo razporeditev transmembranskih domen. Za potrditev 3D strukture transmembranskih segmentov, ki igrajo ključno vlogo pri transportnem mehanizmu, je pridobila podatke z NMR spektroskopijo.
D.09 Mentorstvo doktorandom
COBISS.SI-ID: 268364288Številka, posvečena profesorju Milanu Randiću ob njegovi 80letnici. MN, vodja programa P10017, je urejala številko (17 člankov, posvečenih prof. Milanu Randiću) in napisala uvodnik posebne številke ACSi.ta Chimica Slovenica 3rd issue, vol. 57, year 2010
C.04 Uredništvo mednarodne revije
Inhibicija katepsina K (Cat K), lizosomske cisteinske proteaze, je s terapevtskega vidika izredno zanimiva zaradi pomembne vloge katepsina pri razvoju številnih resnih boleznih. V predkliničnih in kliničnih preizkavah se bile številne spojine, vključno s balicatibom, ugotovljene kot potencialni katepsinski inhibitorji oz. zaviralci. Nadaljne raziskave balicatiba, ki se je izkazal kot močan katepsinski inhibitor, pa so se zaradi kopičenja zdravila v lizosomih človeških kožnih fibroblastov ustavile. Za iskanje povezav med molekulsko strukturo in biološko aktivnostjo (inhibicijo Cat K) ter napovedjo potencialnih novih aminonitriliskih benzamidnih inhibitorjev, ki bodo stukturno podobni klinično testiranim spojinam ter povzročali manj stranskih učinkov, smo uvedli kombinacijo kemometrije in virtualne kombinatorne knjižnice (virtualnega rešetanja). QSAR model smo zgradili z metodo protitočne nevronske mreže (CPANN) naučeno na nizu različno substituiranih aminonitrilov s poznano eksperimentalno vrednostjo. Interpretacijo izbranih molekulskih deskriptorjev smo naredili z oceno prekrivanja kontur različnih nivojev Kohonenove mreže z odzivno površino protitočne nevronske mreže ter gručami objektov na Kohonenovi mreži (SOM).
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 36971781Predmet izuma je asfalt z dodanim PMMA /ATH kompozitnim prahom, ki zamenjuje polnilo v kameni zmesi ali pa je dodatek k polnilu. PMMA /ATH kompozitni prah je po tej inovaciji dodan polnilu, z namenom izboljšanja lastnosti asfaltnih mešanic. Inovacija spada v okvir asfalta. Polnilo je najmanjša frakcija peska s standardizirano presejalno krivuljo. Asfaltna mešanica po tej inovaciji vsebuje (v utežnih odstotkih): 3 do 8% veziva, 75 do 94% kamnitega agregata z velikostjo delcev večjo od velikosti zrn polnila, 0 do 17% polnila in 0.517% PMMA /ATH kompozitnega prahu.
F.32 Mednarodni patent
COBISS.SI-ID: 4621850