V doktorski tezi Amrita Roy Choudhury najprej predstavi razvoj algoritmov za napovedovanje transmembranskih domen proteinov, kar je prvi korak na poti strukturnega pojasnjevanja transmembranskih proteinov. Algoritmi so zgrajeni na osnovi dvoplastne arhitekture. Prvo plast predstavlja program za razvrščanje objektov v razrede, zgrajen na osnovi metode podpornih vektorjev, upoštevajoč informacije iz javno odstopnih podatkov. Aminokislinski vzorci transmembranskih segmentov so matematično zapisani v obliki matrike sosednosti. V drugi plasti začetne napovedi izboljšamo s pomočjo statističnih podatkov o preferenčnih vzorcih amikokislin na robovih transmembranskih regij. Drugi del teze predstavlja strukturno pojasnjevanje bilitransklokaze, transporterja organskih anionov, katerega sekundarna struktura ni poznana. Za identifikacijo transmembranskih domen bilitranslokaze je uporabila napovedni algoritem, razvit v prvem delu doktorskega dela. Z molekulsko dinamiko je preverila stabilnost napovedanih segmentov v lipidnem okolju ter predvidela energetsko najugodnejšo razporeditev transmembranskih domen. Za potrditev 3D strukture transmembranskih segmentov, ki igrajo ključno vlogo pri transportnem mehanizmu, je pridobila podatke z NMR spektroskopijo.
D.09 Mentorstvo doktorandom
COBISS.SI-ID: 268364288Predmet izuma je bitumen z dodanim PMMA/ATH kompozitnim prahom. PMMA/ATH kompozitni prah se po izumu dodaja k bitumnu, ki se ga uporabi v asfaltnih zmeseh, za izboljšanje lastnosti asfaltnih zmesi. Izum sodi v področje asfalterstva. Modificiran bitumen po izumu vsebuje naslednje sestavine v masnih deležih: od 50% do 99,9 % (m/m) veziva, to je bitumna, in od 0,1 do 50 % (m/m) PMMA/ATH kompozitnega prahu. Lastnosti bitumna smo testirali s standardnimi preiskavami, kot so preskus zmehčišča po metodi prstan/kroglica (EN 1427), preskus penetracije (EN 1426) in preskus pretrgališča po Fraassu (EN 12593). Preskusi pri 25 % (m/m) vsebnosti PMMA/ATH kompozitnega prahu v bitumnu so pokazali za 7,4 °C povečano temperaturo zmehčišča po metodi prstan/kroglica (EN 1427) ter za 4 °C zmanjšano temperatura pretrgališča pri preskus pretrgališča po Fraassu (EN 12593) glede na osnovni bitumen. Reološke preiskave pri 60°C so pokazale tudi povečanje t.i. parametra tvorbe kolesnice G*/sin(). Osnovni bitumen je imel vrednost parametra tvorbe kolesnice 1330 Pa, pri 25 % (m/m) vsebnosti PMMA/ATH kompozitnega prahu v bitumen pa je bila izmerjena vrednost parametra tvorbe kolesnice 3650 Pa, kar pomeni skoraj tri krat večjo odpornost na tvorbo kolesnic.
F.33 Patent v Sloveniji
COBISS.SI-ID: 5121818Inhibicija katepsina K (Cat K), lizosomske cisteinske proteaze, je s terapevtskega vidika izredno zanimiva zaradi pomembne vloge katepsina pri razvoju številnih resnih boleznih. V predkliničnih in kliničnih preizkavah se bile številne spojine, vključno s balicatibom, ugotovljene kot potencialni katepsinski inhibitorji oz. zaviralci. Nadaljne raziskave balicatiba, ki se je izkazal kot močan katepsinski inhibitor, pa so se zaradi kopičenja zdravila v lizosomih človeških kožnih fibroblastov ustavile. Za iskanje povezav med molekulsko strukturo in biološko aktivnostjo (inhibicijo Cat K) ter napovedjo potencialnih novih aminonitriliskih benzamidnih inhibitorjev, ki bodo stukturno podobni klinično testiranim spojinam ter povzročali manj stranskih učinkov, smo uvedli kombinacijo kemometrije in virtualne kombinatorne knjižnice (virtualnega rešetanja). QSAR model smo zgradili z metodo protitočne nevronske mreže (CP- ANN) naučeno na nizu različno substituiranih aminonitrilov s poznano eksperimentalno vrednostjo. Interpretacijo izbranih molekulskih deskriptorjev smo naredili z oceno prekrivanja kontur različnih nivojev Kohonenove mreže z odzivno površino protitočne nevronske mreže ter gručami objektov na Kohonenovi mreži (SOM).
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 36971781Za namene zbiranja podatkov za ocenjevanje tveganja kemikalij (U.N. Globally Harmonized System for chemical labeling) ter za njihovo registarcijo (REACH) so postale QSAR metode vedno bolj priljubljene, predvsem kot alternativa poskusom na živalih. Programi za izgradnjo QSAR modelov potrebujejo niz vhodnih podatkov, molekulske deskriptorje značilne za določene toksikološke tarče (lastnosti) ter znane vrednosti tarč iz podatkovnih baz. Med najbolj poznane javno dostopne programske pakete sodijo VEGA , TEST in OECD QSAR Toolbox. Večina (Q)SAR modelov, uporabljenih za regulativne namene, je zgrajenih ter validiranih po OECD načelih. Podrobneje je predstavljen programski paket VEGA ter toksikološke lastnosti napovedne s Caesar modeli (bioakumulacijski faktor, mutagenost, rakotvornost , razvojna toksičnosti in preobčutljivosti kože). Obravnavani so trije podatkovni nizi: policiklični aromatskih oglikovodiki (PAH), konazoli in spojine dobljene iz podatkovne baze kozmetične industrije (CosIng). Med omenjenimi programskimi paketi smo ocenjevali specifičnost, občutljivost ter napovedno zmogljivost (regresijo). Naredili smo oceno domene uporabnosti ter analizo podobnost med spojinami (grupiranje) s kemometričnima metodama, kot sta metoda glavnih osi ter Kohonenove nevronske mreže.
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 5364250Predavanje v okviru delavnice "Transport preko celičnih membran", na povabilo organizatorke Prof. Sabine Passamonti, 3. december 2013, Univerza v Trstu
B.05 Gostujoči profesor na inštitutu/univerzi
COBISS.SI-ID: 5419546