Antioksidanti so pomembni za vzdrževanje ravnotežja med oksidativnimi in reduktivnimi zvrstmi v telesu ter posledično za preprečevanje oksidativnega stresa. Dandanes se preverja antioksidativna aktivnost številnih naravnih spojin. Ugotovljeno je bilo, da ima gobji pigment norbadion A, ki je derivat pulvinske kisline, antioksidativno aktivnost; ta je bila potrjena tudi za druge derivate pulvinske kisline in strukturno sorodne kumarine. Na podlagi rezultatov in vitro študij, ki so bile na teh spojinah opravljene v sklopu tega raziskovalnega dela, so bili izgrajeni napovedni modeli kvantitativnih razmerij med strukturo in aktivnostjo (QSAR) z uporabo metod večkratne linearne regresije, protitočnih umetnih nevronskih mrež ter regresijske metode podpornih vektorjev (SVR). Modeli so bili razviti v skladu s trenutnimi QSAR smernicami, vključno z oceno domene uporabnosti modelov. Predlagan je nov pristop za grafično oceno domene uporabnosti SVR modelov. Razviti modeli izkazujejo zadostno napovedno moč za rešetanje virtualnih knjižnic v iskanju novih potencialnih antioksidantov.
COBISS.SI-ID: 5662490
V obsežnem preglednem članku "Grafične predstavitve proteinov" je podan pregled sodobnih metod predstavitev proteinov. Navezuje pa se tudi na grafični prikaz DNK in sekundarne strukture RNK, o čemer je vključenih dovolj uvodnih razlag, da bralcu omogoča razumeti vlogo DNK in RNK pri študiju in razumevanju proteinov. V delu so obravnavane grafične, spektrompodobne, črkovne in numerične predstavitve na osnovi invariant grafov. Pri vseh diskutiranih metodah so predstavljeni tudi kratki primeri na različnih proteinih ali delih sekvenc DNK in RNK. Delo je od objave dobro opaženo, prejelo je že več kot 40 citacij.
COBISS.SI-ID: 4616218
Transportno aktivnost membranskega proteina bilitranslokaze (TC # 2.A.65.1.1), ki ima vlogo prenašalca bilirubina iz krvi do jetrnih celic, smo eksperimentalno določili za različne endogene spojine, zdravila, purinske in pirimidinske derivate. Na osnovi eksperimentalnih podatkov smo na podlagi OECD pravil za QSAR modele zgradili modele, ki opisujejo povezavo med strukturo in aktivnostjo, ter ocenili njihovo napovedno zmogljivost za nove spojine. Domena uporabnosti modelov je bila ocenjena na osnovi evklidskih razdalj s pravili, ki se nanašajo na uporabljene metode modeliranja. Izbor vplivnih strukturnih spremenljivk je bil pomemben korak pri omenjeni metodologiji modeliranja. Interpretacijo izbranih spremenljivk smo naredili z namenom dobiti vpogled v mehanizem prenosa skozi celično membrano preko bilitranslokaze. Validacija modelov je bila izvedena s predhodno določenim napovednim nizom. Klasifikacijski model je bil zgrajen za ločevanje aktivnih od neaktivnih spojin. Doseženi statistični parametri kot so točnost, občutljivost in specifičnost so 0,73, 0,89 in 0,64. Samo aktivne spojine so bile uporabljene za izgradnjo modela za napoved inhibicijskih konstant bilitranslokaze. Dobljen model ima dobro napovedno zmogljivost; kvadratni koren povprečne kvadratne napake napovednega niza (RMSV) je 0,29 logaritemskih enot.
COBISS.SI-ID: 4723994
Predstavljena študija uvaja novo, preprosto in učinkovito metodo za razpoznavanje domene uporabnosti (AD) razvito na validiranih modelih umetne protitočne nevronske mreže (CP ANN) na osnovi metrike Evklidskih razdalj (ED). Uspešnost metode je ocenjena in pojasnjena na primeru že zgrajenega in validiranega CP ANN modela za napovedovanje transportne aktivnosti transmembranskega proteina bilitranslokaze. Metoda je bila preizkušena še na dveh dodatnih nizih, s katerima smo potrdili zmogljivost metode za razpoznavanje AD v CP ANN modelih. Za primerjavo smo naredili še oceno AD z metodo »vzvodnega« pristopa (leverage approach).
COBISS.SI-ID: 5132058
BPA smo zaznali v 98% (n = 146) vzorcev z metodo GC/MS in z LOD 0,1 ng/ml. Geometrično povprečje koncentracije BPA je 1,55 ng/ml. Po prilagoditvi podatkov in izključitvi ubežnikov smo s pomočjo linearne regresije ob uporabi naravnega logaritma koncentracij BPA ugotovili korelacijo med koncentracijo BPA v urinu in manjšim številom spermijev (b = 0,241 95% interval zaupanja (CI) za 0,470 do 0,012 ), koncentracijo spermijev (b = 0,219, 95% IZ od 0,436 do 0,003) in vitalnostjo semenčic (b = 2,660, 95% IZ od 4,991 do 0,329). Zaradi izpostavljenosti BPA razvoj zarodka od očitne oploditve do stopnje blastocist ni bil prizadet. Koncentracija BPA v urinu moških s težavami s plodnostjo lahko vpliva na kakovost semenčic, vendar po oploditvi z biomedicinsko pomočjo ne vpliva na razvoj embrija do stopnje blastocist.
COBISS.SI-ID: 4809023