V obsežnem preglednem članku Grafične predstavitve proteinov je podan pregled sodobnih metod predstavitev proteinov. Navezuje pa se tudi na grafični prikaz DNK in sekundarne strukture RNK, o čemer je vključenih dovolj uvodnih razlag, da bralcu omogoča razumeti vlogo DNK in RNK pri študiju in razumevanju proteinov. V delu so obravnavane grafične, spektrom-podobne, črkovne in numerične predstavitve na osnovi invariant grafov. Pri vseh diskutiranih metodah so predstavljeni tudi kratki primeri na različnih proteinih ali delih sekvenc DNK in RNK. Delo je od objave v manj kot enem letu prejelo že 9 citacij.
COBISS.SI-ID: 4616218
Razvili smo model za napovedovanje antioksidacijske aktivnosti, izražene z deležem zaščitenega timidina, na osnovi niza 30 derivatov pulvinske kisline. S kombinacijo "in vitro" poskusov in "in silico" modelov smo razvili metodologijo za načrt sinteze novega potencialnega antioksidanta. S poskusom na podlagi oksidacije pod pogoji Fenton in z izpostavljenostjo UV žarkom smo s povratno titracijo sledili količini nepoškodovanega timidina, kar smo uporabili za razvoj računalniškega modela za napovedovanje aktivnosti antioksidantov. Izračunali smo strukturne deskriptorje spojih iz učnega niza in z ustreznim izborom najvplivnejših deskriptorjev zgradili model na osnovi protitočnih nevronskih mrež. S tem modelom smo napovedali aktivnosti 80 testnih spojin, med katerimi smo zaznali nekaj potencialnih dobrih antioksidantov. Eno od teh spojin smo sintetizirali in izkazala se je kot dobra zaščitna spojina v "in vitro" poskusu na oksidativni in radiacijski stres. To je bil derivat kumarinske kisline, ki ga bomo v nadaljnjih raziskavah upoštevali kot novo vodilno spojino.
COBISS.SI-ID: 4862234
Predstavljen je optimizacijski postopek gradientne ločbe v ionsko izmenjalni kromatografiji z uporabo simplex metode v kombinaciji z računalniškim programom za izračun simuliranih kromatogramov. Parametre za opis gradientnega profila smo optimirali s pomočjo kriterija, pridobljenega iz izračunanih kromatogramov. Optimizacijski kriterij je odvisen od računskih parametrov simulacije, kar nam omogoča najti pogoje za optimalno ločbo analitov. Za optimizacijsko metodo smo izbrali Simpleks algoritem, ki deluje v stopnjah (korakih) za vsako novo kombinacijo parametrov, ki določajo profil gradienta. V vsakem koraku naredimo nov izračun in iz izračunanega kromatograma določimo optimizacijski kriterij. Predlagana metoda je učinkovita in lahko skrajša čas in stroške analize kompleksnih vzorcev z ionsko izmenjalno kromatografijo.
COBISS.SI-ID: 4729626