Uporaba kombinacije genomskih in post-genomskih pristopov hitro spreminja število identificiranih proteinskih prenašalcev. Transmembranski protein bilitranslokaza (TCDB 2.A.65) je že dolgo vzbujal zanimanje zaradi njegove funkcije prenašalca organskih anionov. Ugotovljeno je bilo tudi, da je potencialni membranski prenašalec nekaterih zdravil v celice in prav zaradi njegove vloge pri prenosu le-teh je izjemno pomembno pridobiti nove informacije o njegovi strukturi. Trenutno je poznana le primarna struktura bilitranslokaze. Pri tej študiji so bile transmembranske podenote bilitranslokaze napovedane z že predhodno razvitim kemometrijskim modelom, stabilnost teh enot pa študirana s simulacijo molekulske dinamike (MD). V nadaljevanju so bile kot model celične membrane uporabiljene micele natrijevega dodecil sulfata (SDS). Pri tem je predstavljena 3D struktura peptida z 18 amino kislin dolgo verigo, ki pripada tretjemu transmembranskemu segmentu bilitranslokaze, pridobljena z uporabo večdimenzionalne NMR spektroskopije. Eksperimentalno je bilo potrjeno, da ima eden od transmembranskih segmentov bilitranslokaze strukturo alfa vijačnice s hidrofilnimi deli amino kislin usmerjenih v eno stran in je tako sposoben tvoriti kanal v membrani.
COBISS.SI-ID: 4993562
Opisan je nov pristop za reševanje problema ujemanja proteinskih sekvenc, ki je v primerjavi z obstoječimi metodami bolj učinkovit. Pristop je osnovan na superpoziciji matrik sosednosti aminokislin pri dveh proteinih, ki so bile spremenjene, tako da zaznamujejo zaporedni vrstni red aminokislin. Kot rezultat dobimo hkrati vse segmente obeh proteinov, ki so relativno zamaknjeni drug na drugega za enega ali več položajev v katerokoli smer. Pri tem predhodno ni potrebno opraviti izčrpno iskanje ujemanja, ki je vključevalo neproduktivne smeri in korake z nepoznanimi zamiki.
COBISS.SI-ID: 5170202
Študija kot prva v celoti poroča o toksičnosti 30 fenolnih spojin na morsko algo Dunaliella tertiolecta. Toksičnost polarnih narkotikov in "respiratornih uncoupler-jev" je bila močno korelirana s hidrofobnostjo, ki jo opisuje logaritem porazdelitvenega koeficienta med oktanolom in vodo (log P). Za spojine za katere je bilo pričakovano, da bodo delovale po bolj reaktivnih mehanizmih, predvsem hidrokinoni, je bilo pokazano, da imajo večjo toksičnost, kot je napovedana z uporabo log P. Kvantitativna povezava med strukturo in aktivnostjo (QSAR) je bila dobljena z log P in 2D autokorelacijskim deskriptorjem uteženim z atomsko polarizabilnostjo (MATS3p) šele po odstranitvi hidrokinonov iz podatkovnega niza. Pri poskusu modeliranja celotnega podatkovnega niza, vključno s hidrokinoni, so bili vključeni 3D deskriptorji pri čemer so bili dobljeni trije kvalitetni QSAR modeli z multiplo linearno regresijo (MLR). Eden najpomembnejših rezultatov študije je bila večja uspešnost konsenznega MLR modela, dobljenega s povprečenjem napovedi iz vseh individualnih linearnih modelov, ki je imel odlično točnost pri testnem nizu (Q2test=0.94). Štiri-parametrski model protitočne nevronske mreže, narejen s štirimi od šestih izbranih deskriptorjih pri linearnih modelih, je pravtako imel odlično eksterno napoved (Q2test=0.93). Napovedan zmožnost predlaganih QSAR modelov pri algah je bila nadaljnje testirana z uporabo eksternega niza narejenega iz toksikoloških podatkov za 44 kemikalij pri vodnih algah Pseudokirchneriella subcapitata. Dvo-parameterski globalni model s 3D deskriptorjem (Mor24m) in deskriptorjem vezanim na naboj (Cortho) ni imel samo visoke eksterne napovedne zmožnosti (Q2ext=0.74), ampak tudi odlično pokritost eksternega niza (97%).
COBISS.SI-ID: 5013274
V prvem delu članka je predstavljena nova grafična predstavitev proteinov, ki se prične s konstruiranjem mape ("zemljevida", "prstnega odtisa") proteina dobljenega iz matrike, katere elementi predstavljajo sosednje pare amino kislin v primarni strukturi proteina. Pri novi mapi proteina si lahko predstavljamo njene elemente kot vozlišča grafov, ki so poimenovani po istem vrstnem redu kot pri proteinski sekvenci. Najbližja vozlišča so povezana do najbližjega soseda, ki ima manjšo oznako. V drugem delu je opisano konstruiranje binarnih kod, ki lahko služijo kot deskriptorji proteinov. Primer nove grafične predstavitve proteinov je prikazan na segmentih transmembranskih proteinov vgrajenih v membrano.
COBISS.SI-ID: 4999194
Študirali smo korelacije med dinamsko vzorčenimi anharmonskimi frekvencami OH razteznega nihanja v strukturi kristaliničnega natrijevega hidrogen bis sulfata, ki je testni sistem za izjemno kratke in močne vodikove vezi. Uporabili smo shemo molekulske dinamike Car-Parrinello, kvantizirali OH gibanje in uporabili kemometrične metode. Nismo našli korelacij med geometrijskimi parametri trenutnih konformacij in frekvenco, kar kaže na izjemno kompleksnost kratkih vodikovih vezi.
COBISS.SI-ID: 4992794