Cistatini, družina strukturno sorodnih inhibitorjev cisteinskih proteinaz, so pomemben model pri študiju amiloidogeneze. Dosedanje študije tvorbe amiloidnih fibril s človeškim Stefinom B smo razširili in predlagali izboljšani model. Kinetika sledi nukleacijskem in rastnem vedenju, opaženem pri drugih amiloidogenih proteinih. Minimalna kinetična shema vključuje nukleacijo, tvorbo fibril in ne reproduktivno oligomerizacijo, ki jih najbolje razložimo z "off-pathway"stanjem in "rate-limiting escape rate".
COBISS.SI-ID: 21880103
Cisteinski katepsini primarno cepijo substrat v reducirajočih in kislih pogojih v endolizosomih. Hkrati jih povezujejo tudi z zunajcelično proteolizo. Tako smo razvili test za proteolitsko procesiranje naravnih substratov cisteinskih katepsinov v zunajceličnem prostoru. V naši študiji smo pokazali, da proteolitsko delovanje cisteinskih katepsinov v ščitnici ni vezano na endolizosome in vključuje pomembno vlogo v uporabi zunajceličnih substratov. Razumevanje proteazne mreže in vivo je lažje s simulacijo fizioloških pogojev v testih proteazne aktivnosti.
COBISS.SI-ID: 23357479
Izpovprečene brcnjene (IB) mape se izračunajo iz molekularnih modelov, ki so pri vsaki mapi različno naključno premaknjeni v prostoru. Končne mape so nato seštete in normalizirane. Kot take so numerični analog map maksimalne verjetnosti. IB mape smo primerjali z uveljavljenimi računi map. Analiza je pokazala, da najbolj podobne mapam iz končnih modelov. Metodo so izzvali na težavnem primeru iz validacije struktur, kjer smo s pomočjo IB map razjasnili problematično regijo brez potrebe po prilagajanju atomarnega modela. Pokazali smo, da so mape lahko uporabne v vseh fazah določevanja struktur.
COBISS.SI-ID: 22793511
Mutanta stefina B P74S ne tvori fibril pri 25°C in ima podaljšano lag fazo pri 30 in 37°C. Peptidilna prolil cis/trans izomeraza ciklofilina A podaljša lag fazo in poveča dolžino fibril. Dodajanje neaktivne mutante ciklofilina A R55A še vedno vodi v podaljšano lag fazo, toda ne poveča se število končnih fibril. Rezultati kažejo na to, da je peptidil prolilna cis/trans izomeraza omejujoč faktor pri tvorbi fibril stefina B.
COBISS.SI-ID: 22481191
Katepsin B in druge cisteinske proteaze so sintetizirane kot zimogeni. Za aktivacijo so podvržene autokatalizi ali katalizi z drugimi proteazami. Proces iniciacije avtokatalize še ni razjasnjen. Predlagali smo model aktivacije avtokatalize cisteinskih katepsinov, ki vključuje disociacijo propeptida z aktivnega mesta, čemur sledi bimolekularna proteolitska odstranitev propeptida. Taka aktivacija bi lahko imela pomembne fiziološke posledice, saj so bili zimogeni katepsinov pogosto najdeni v sekretu celic različnih patoloških stanj.
COBISS.SI-ID: 22392615