1.

Renko M., Sabotič J., Mihelič M., Brzin J., Kos J. in Turk D. (2010): Raznolike zanke pri mikocipinih inhibirajo tri različne družine proteaz.

Mikocipini so inhibitorji cisteinskih proteaz, izolirani iz gob Clitocybe nebularis in Macrolepiota procera. Kristalne strukture klitocipina, makrocipin in klitocipina v kompleksu s katepsinom V so potrdile, da je inhibicija posledica doslej še neodkritega mehanizma inhibicije. Vezava inhibitorja je povezana s spremembo konformacije peptidne vezi, ki se dogodi pred ali sočasno z vezavo inhibitorja. Mikocipini so s svojo sposobnostjo, da inhibirajo tri različne družine proteaz, dobro izhodišče, katerega bi se dalo uporabiti za pripravo transgenih rastlin.

COBISS.SI-ID: 23263527

2.

Stefin A odstrani objemno zanko katepsina B samo za toliko kot je potrebno za vezavo v aktivno mesto.

Katepsin B (EC 3.4.22.1) ima pomembno vlogo pri znotraj celični proteinski razgradnji, vključen pa je tudi v vrsto patoloških procesov. Da bi pojasnili strukturne lastnosti objemajoče zanke pri vezavi na stefine, smo določili strukturo kompleksa stefina A in katepsina B v kristalu pri 2.6A resolucije. Primerjava struktur prostega katepsina Bs strukturami proencima, kompleksov katepsina B z šagasinom in stefinom A je pokazala, da je velikost pomika objemne zanke sorazmerna z velikostjo vezalne regije na ligandu.

COBISS.SI-ID: 24643111

3.

Vpogled v tvorbe amiloidnih fibril človeških stefinov: struktura, mehanizem in predvidena funkcija

Ta pregledni članek povzema študije tvorbe amiloidnih fibril in intermediatov na primeru človeških stefinov A in B. Študije so dale vpogled v oligomerne strukture kot so domain/swapped dimere in tetramere, odvisnost nastanka fibril od izomerizacije prolinov in energetskih barier med vmesnimi stanji. Uporaba celičnih modelov pa je pokazala toksičnost predfibrilarnih orligomer na celica preko interakcij s kislimi fosfolipidi.

COBISS.SI-ID: 23646247

4.

Fragmenti enoverižnega Fv protitelesa ohranijo vezalne lastnosti monoklonalnega protitelesa na P1 peptid človeškega prion proteina.

Pripravili smo rekombinantni enoverižni fragment protitelesa (scFv), ki specifično prepozna potološko izoobliko priona. Za osnovo smo vzeli monoklonsko protitelo V5B2 proti peptidu s C-konca prionskega proteina. Ugotovili smo, da sta različni orientaciji imunoglobulinskih domen lahke in težke verige imunološko različno aktivni ter dokazali, da scFv ohranja specifičnost izvornega protitelesa. Rekombinantni scFv so primerni za diagnostične analize in ga je mogoče pridobiti v bakterijskih celicah na preprost način.

COBISS.SI-ID: 30601477

5.

Paraleni pristopi k strukturni biologiji imunskega odziva - ozka grla v proizvodnji zahtevnih proteinov

Preverili smo ustreznost ekspresijskih sistemov (bakterije, kvasovke, insektne in sesalske celice) in ugotovili, da se človeški in mišjij lisozomalni proteini izražajo uspešno le v insektnih in sesalskih celicah.

COBISS.SI-ID: 24159015