Nov trik za starega psa. Aktvnost katepsina B je povezana s progresijo tumorjev, vendar navkljub ekstenzivnim raziskavam, še vedno ni na razpolaga zdravilne učinkovine, ki bi inhibirala katepsin B. V tem delu smo pokazali, da je že uveljavljena antimikrobna učinkovina nitroksilin tudi reverzibilni inhibitor katepsina B, in je zato lahko potencialna zdravilna učinkovina za zdravljenje raka in tistih bolezni, pri katerih je vključena aktivnost katepsina B.
COBISS.SI-ID: 3024241
Splošno je sprejeto, da sta kontaktni red in hitrost zvijanja korelirata pri majhnih proteinih. Hitrost zvijanja stefinov A in B pa se ločita za skoraj dva velikostna reda ne glede na to, da imata oba identično zvitje in torej tudi kontaktni red. Razčlenili smo determinante tega obnašanja in pokazali, da je moduliranje efekta kontaktnega reda rezultat prispevkov kombinacije mrežnega mehanizma, za katerega je značilno notranja stabilnost heliksov, kot tudi nenativne helikalne konformacije glavne verige in nenativnih hidrofobnih interakcij prisotnih med zvijanjem prehodnega stanja. Ti prispevki tvorijo nenativne interkacije pri prehodnem stanju, kar se nato odraža pri nasprotujočih se vplivih na hitrost zvijanja in stabilnost teh proteinov.
COBISS.SI-ID: 24679719
S pristopom prilagoditve površine variabilnih domen in na osnovi računalniškega modeliranja smo humaizirali enoverižni fragment protitelesa (scFv) V5B2, ki specifično prepoznava patogeno obliko prionskega proteina. Z metodo ELISA smo ugotovili, da se je rekombinantni humanizirani scFv vezal na antigen z enako afiniteto kot nehumanizirana oblika, s prenosom Western in imunohistokemijsko analizo pa smo dokazali, da je ohranjena tudi vezavna specifičnost. Ker je znano, da monoklonska protitelesa proti prionskemu proteinu lahko zaustavijo širjenje prionov, bi humanizirani scFv lahko postal zmogljiv terapevtski reagent.
COBISS.SI-ID: 34754053