Poglavitni histokompatibilni kompleks molekul drugega razreda (MHC class II) je bistveni element adaptivnega imunskega odziva. Te kompleksi nastanejo v endoplazmatskem retikulumu in so usmerjeni v pozne endosome s pomočjo trimer invariantne verige (Ii). Trimerizacija Ii je lahko inducirana s transmembransko domeno Ii. Da bi omogočili študije mehanizmov in strukture kompleksa MHC razreda II in Ii smo kompleks izrazili v topni obliki. Pokazali smo, da Ii trimerizira tudi pri odsotnosti transmembranskega dela še preden pride do vezave alfa in beta verig. Biokemijska analiza podpira predlog, da kompleks ni nujno trimer trimera, temveč da lahko trimer Ii veže enega, dva ali pa tudi tri komplekse MHC molekul drugega razreda.
COBISS.SI-ID: 26032935
Gobe so bogat vir novih proteinov z edinstvenimi lastnostmi. Md njimi je kospin. Kospin je predstavnik enega od tipov proteinov iz gljiv, ki so vključeni v obrambo pred insekti. Kospin je specifični inhibitor proteaz tripsinskega tipa. Je toksičen za sadno mušico. Kot prvemu iz te družine smo določili 3/dimenzionalno strukturo. Le ta je pokazala, da za inhibicijo tripsina kospin uporablja drugo zanko od ostalih znanih beta-trefoil inhibitorjev tripsinu podobnih proteaz.
COBISS.SI-ID: 25428775
Lektini so proteini, ki vežejo ogljikove hidrate in preko njih udejanjajo svojo aktivnost z vezavo na specifične gliko-receptorje. V tem delu opisujemo strukturo lektina v kristalu v kompleksu z laktozo in LacdiNAc, ki pojasnjujeta interakcijo lektina s sladkorji. Lektin iz Clitocibe Nebularis (CNL) izraža biološko aktivnost, čeprav je biološko neaktivna sposobnost vezave sladkorjev in sposobnost mutantov vezati le en sladkor (mono valentne mutante). Iz tega sledi, da je sposobnost bivalentne vezave ogljikovih hidratov ključna za biološko aktivnost. Ta raziskava predlaga, da je razumevanje interakcij med lektini in glikani ter pojasnitev načinov njihove aktivnosti nujno potrebni pogoj za njihovo potencialno uporabo v medicini.
COBISS.SI-ID: 25580583
50 let je minilo od odkritja lisozoma. V obdobju, ki je sledilo, je bila hidrolitska mašinerija precej podrobno identificirana in karakterizirana. Med hidrolitskimi encimi so cisteinski katepsini, člani družine papainu podobnih proteaz. Ti katepsini imajo edinstvene lastnosti reaktivnega mesta, po tkivih pa so neenakomerno izraženi. Njihova aktivnost v živih organizmih je v občutljivem ravnovesju izražanja, usmerjanja, aktivacije proencimske oblike, inhibicije s proteinskimi inhibitorji in degradacije. Specifičnost njihovih aktivnih mest, nabor malih sintetičnih inhibitorjev in kristalnih struktur ponuja nova orodja za raziskave in razvoj. Njihove edinstveno reaktivno mesta omogoča omejiti usmerjanje substanc zgolj z uporabo reaktivnih skupin. Uporaba epoksisukcinilih inhibitorjev še prevladuje, vendar se zdi uporaba nitrilnih skupin trenutno najbolj ustrezna. Pogled na cisteinske katepsine kot lisozomalnih proteaz se menja, saj so na voljo jasni podatki o njihovi lokalizaciji tudi v drugih celičnih predelih.Poleg tega da so vključeni v presnovo proteinov, predstavljajo pomemben del endosomalne antigene prezentacije. Poleg poznavanja ne-endosomalnih vlog katepsinov narašča tudi poznavanje njihovih vlog pri boleznih kot sta na primer rak in revmatoidni artritis. Poleg tega so katepsini pomembni regulatorji in signalne molekule pri nepredstavljivi količini fizioloških procesov. Trenutni izziv je identifikacija njihovih naravnih substratov z namenom da bi pridobili vpogled v poznavanje v razgradnjo substratov in njihovega mehanizma. V tem preglednem članku smo izpostavili napredek znanja na področju katepsinov v zadnjih desetih letih
COBISS.SI-ID: 25347623
Proteinski inhibitorji so orodje narave za kontrolo aktivnosti proteolitskih encimov. Pojavljajo se v različnih oblikah in velikostih. Beta-trefoil (beta triperesni) proteazni inhibitorji, ki jih je kot prvi odkril Kunitz izhajajo iz rastlin. Kasneje pa so bili odkriti še v gljivah. Le ti inhibirajo serinske proteaze iz družin S1 in S8, cisteinske proteaze iz družin C1 in C13 kot tudi druge tipe hidrolaz. Njihova vsestranskost je rezultat plastičnosti zank, ki izhajajo iz jedra njihovega zvitja osnovanega na beta-trefoil motivu. Zaradi te osnove lahko ti inhibitorji predstavijo kar nekaj različnih mehanizmov inhibicije, ki temelji na uporabi različnih zank in njihove kombinacije. Naravna diverziteta kot tudi začetni uspehi pri de novo proteinskemu inženiringu izpostavljajo beta-trefoil proteine kot potencialno izhodišče za generiranje močnih, specifičnih inhibitorjev, ki lahko inhibirajo več različnih tarč hkrati. Lahko bi hkrati inhibirali več proteaz in reagirali z ogljikovimi hidrati in molekulami DNA. Sedanja strukturna znanja odpirajo možnosti za uporabo v medicini, biotehnologiji in kmetijstvu.
COBISS.SI-ID: 26303015