Pri obravnavi strukture nekaterih tekočih alifatskih alkoholov smo presojali uspešnost različnih modelov in metod: reverzne simulacije Monte Carlo (RMC), molekulske dinamike (MD) in simulacije MC z združenimi atomi [COBISS.SI-ID 35714053]. Za ta namen smo razvili računalniški program za strukturno analizo molekulskih konfiguracij, ki vključuje tudi ustrezno klasifikacijo molekulskih gruč. Ugotovili smo, da dobimo najbolj zanesljive rezultate s kombinacijo eksperimentalnih podatkov rentgenskega in nevtronskega sipanja ter parskih porazdelitvenih funkcij MD.
COBISS.SI-ID: 35714053
V tem članku smo opisali glavne dosežke pri študiju sistemov z delno zamrznjenimi prostostnimi stopnjami, ki vsebujejo ione. Sistemi so bili v preteklosti študirani z metodami računalniške simulacije ter metodami “replika” Ornstein-Zernikove (ROZ) integralske enačbe. Postopek za numerično reševanje ROZ enačbe za sisteme z naboji smo v preteklih letih razvili s sodelavci. Prav tako smo razvili metodo za računanje aktivnostnih koeficientov v the sistemih v ROZ/HNC približku. Rezultati te metode se odlino ujemajo z rezultati računalniških simulacij ter kvalitativno tudi z eksperimentalnimi opažanji v sistemih, kjer pride do adsoprcije. Ker metoda omogoča uporabo eksperimentalnih podatkov o strukturi adsorbenta je možnost njene aplikacije zelo široka. Članek smo napisali na povabilo urednikov revije Annu. Rep. prog. chem. Sect C. Phys. Chem.
COBISS.SI-ID: 35086853
Napredek v razumevanju nekaterih pomembnih celičnih procesov je precej počasen zaradi pomanjkanja znanja o silah, ki vodijo zvitje G-kvadrupleksnih struktur v z gvanini bogatih zaporedjih DNA. Do sedaj predlagani kinetični modeli zvitja bimolekularnih G-kvadrupleksov so napačni, ker praviloma vključujejo enostopenjsko asociacijo verig DNA, za katero predvidijo negativno aktivacijsko energijo. Naš pristop pa je osnovan na modelnem mehanizmu, ki vključuje le elementarne stopnje spremljane s pozitivno aktivacijsko energijo, in kot tak predstavlja nov način razumevanja tega zapletenega procesa.
COBISS.SI-ID: 34876421