Verukozni karcinom (VK) je podvrsta ploščatoceličnega karcinoma (PCK), ki ne zaseva. Nasprotno, hibridni karcinomi z značilnostmi VK in žarišči konvencionalnega PCK, pogosto zasevajo. Natančna histološka diagnoza je tako odločilnega pomena pri napovedi razvoja bolezni. Pri konvencionalnem PCK so v predhodnih raziskavah odkrili različno izražanje dezmosomskih komponent, kar je povezano z biološkim potencialom tumorja. Do sedaj še ni bilo opisano izražanje dezmosomskih sestavin v VK. V našo raziskavo smo vključili 21 VK, 5 hibridnih karcinomov in 23 konvencionalnih PCK ter 47 vzorcev večvrstnega ploščatega epitelija iz enakih lokalizacij. Pri raziskavi smo uprabili imuhistokemijo in metodo obratnega prepisovanja in verižne rekcije s polimerazo v realnem času. Ugotovili smo, da je izražanje dezmosomskih komponent pri VK podobno kot pri normalnem epiteliju in značilno spremenjeno kot pri PCK. Imunohistokemično smo prikazali v hibridnih karcinomih žariščno dezmosomske komponente značilne za PCK. V zaključku lahko poudarimo, da se vzorec izražanja dezmosomskih komponent pri VK povezuje z manjšo agresivnostjo te oblike karcinoma. Razlike v izražanju dezmosomskih komponent pri VK in PCK bi lahko uporabljali za razlikovanje med obema karcinomoma in še posebej za odkrivanje hibridnega karcinoma.
COBISS.SI-ID: 30460633
Cilji: Analizirati izražanje mikro RNA miR-21, miR-31, miR-203, miR-125a-5p in miR-125b ter proteinov PTEN in p63 v verukoznem karcinomu (VK) glave in vratu. Metode in rezultati: Raziskava je vključevala trideset vzorcev VK, petdeset primerov običajnega ploščatoceličnega karcinoma (PK) in trideset vzorcev normalnega epitelija glave in vratu. Izražanje mikro RNA v vzorcih smo analizirali z metodo verižne reakcije s polimerazo v realnem času, izražanje proteinov pa z imunohistokemijo. V primerjavi z normalnim epitelijem je bila raven miR-21 zvišana tako v VK kot v PK, raven miR-31 pa je bila zvišana v VK ter v dobro/zmerno diferenciranem PK. Raven miR-203 je bila zvišana v VK, medtem ko je bila v PK nespremenjena ali znižana. Raven miR-125a-5p in miR-125b je bila znižana v VK in nespremenjena v PK. Raven proteina PTEN je bila znižana tako v VK kot v PK, raven proteina p63 pa je bila znižana v VK in zvišana v PK. Ugotovili smo značilno negativno korelacijo med diferenčnim izražanjem p63 ter miR-21 in miR-203 v VK. Sklepi: Razlike v izražanju preučevanih molekul med VK, PK in normalnim epitelijem nakazujejo povezavo teh molekul z nastankom in klinično-patološkimi značilnostmi VK. Nekatere izmed preučevanih molekul, predvsem miR-125b, miR-203 in p63, so potencialno uporabne v diagnostiki VK.
COBISS.SI-ID: 30031833
Uvod. Kalcijeva ATPaza-2 sarkoplazemskega retikuluma (SERCA2) ima eno izmed osrednjih vlog pri kontraktilnosti srca. V miokardnem infarktu (MI) imata oba, mRNA in protein SERCA2 znižano izražanje, vendar korelacija med njunim izražanjem ni bila vedno pokazana. Mikro RNA (miRNA) delujejo tako, da se vežejo na 3'-UTR mRNA in zavirajo translacijo mRNA v protein, tako v fizioloških kot patoloških pogojih, kot so normalno delovanje srca ter bolezni srca in ožilja. Eden od ciljev naše raziskave je bil identificirati miRNA, ki bi lahko delovale na izražanje proteina SERCA2 v human MI. Rezultati. Predpostavka vezave miRNA na mRNA SERCA2 je bila narejena s 4 različnimi predikcijskimi algoritmi (TargetScan, PicTar, miRanda and mirTarget2). Na ta način smo identificirali 213 miRNA s potencialnim delovanjem na mRNA SERCA2. Vsi vzorci infarciranega in pripadajočega neprizadetega miokarda bolnikov z MI (6) so bili shranjeni tako, da so bili fiksirani v formalinu in vklopljeni v parafin (FFPE) in shranjeni v RNAlater. V ipredelu infarkta v primerjavi s pripadajočim neprizadetim miokardom smo z metodo western blot pokazali znižano izražanje proteina SERCA2 ter z analizo izražanja z mikromrežami spremenjeno izražanje 43 miRNA. Programa TAM in miRNApath smo uporabili za anotacijo 43 miRNA s spremenjenim izražanjem in s tem identificirali 18 funkcionalnih in 21 bolezenskih stanj povezanih s boleznimi srca ter povezavo polovice miRNA s spremenjenim izražanjem s proteinom SERCA2. Za 10 miRNA, ki so pri analizi z mikromrežami pokazale zvišano izražanje (miR-122, miR-320a/b/c/d, miR-574-3p/-5p, miR-199a, miR-140 in miR-483), smo z algoritmi RNA22 in RNAfold izračunali prosto energijo vezave miRNA: mRNA in robnega območja predpostavljene vezave (možnost nastanka sekundarnih struktur). Devet miRNA s spremenjenim izražanjem iz analize z mikromrežami smo uporabili za validacijo s qPCR (miR-21, miR-122, miR-126, miR-1, miR-133, miR-125a/b in miR-98). Na osnovi rezultatov qPCR smo izvedli primerjavo med tkivi FFPE in RNAlater, med uporabo interkalatnega barvila SybrGreen in sekvenčno-specifičnimi sondami TaqMan, ter med uporabo različnih referenčnimih genov. Zaključek. S kombinacijo vseh rezultatov smo uspeli identificirati določene miRNA kot potencialne regulatorje SERCA2, vendar so za potrditev potrebne nadaljnje funkcijske študije. Z uporabo qPCR smo potrdili spremenjeno izražanje devetih miRNAs v humanem MI in pokazali, da je pristop normalizacije pri analizi s qPCR pomemben za analizo izražanja miRNA v humanem MI.
COBISS.SI-ID: 30428889
Populacijske genetske študije evropskih populacij izpostavljajo Italijo kot eno najbolj genetsko raznolikih regij. Na severovzhodnem delu ob meji s Slovenijo je nekaj zanimivh področij z izoliranimi populacijami kot so npr. Rezijanci. Izolirane populacije so za genetske študije zelo zanimive, saj omogočajo genetsko identifikacijo redkih bolezenskih genotipov. Z namenom, da bi genetsko natančneje opredelili redkejše bolezenske genotipe v izoliranih populacijah smo v študijo vključili 1310 vzorcev iz 6 geografsko izoliranih področij na meji s Slovenijo. Genotipizacijo smo za vsako osebo izvedli na )145000 polimorfizmih enega nukleotida. Rezultat je za določene regije pokazal večjo genomsko homozigotnost in povečano vezavno neravnovesje, kar nakazuje na določeno izoliranost področij Furlanije-Julijske krajine in mejnih področij Slovenije v preteklosti. Ta slika postane še bolj izrazita, če upoštevamo še fino genetsko podstrukturo posameznih področij.
COBISS.SI-ID: 30355673
Izhodišče: Avtoprotitelesa proti nekolagenski regiji (NC1) alfa-3 podenote kolagena IV so serološka značilnost Goodpasturejeva sindroma (GPS). Namen naše študije je bil skrbno analizirati značilnosti izvedbe novega kemiluminiscenčnega imunskega testa (angl. chemiluminescence immunoassay = CIA) za določanje protiteles proti glomerulni bazalni membrani (GBM). Metode: Zbrali smo serume bolnikov z GPS (n=90) iz štirih kliničnih centrov. Vzorci različnih bolezenskih skupin (n = 397) in zdravi osebki (n = 400) so bili vključeni kot kontrole. V vseh vzorcih smo določili anti-GBM protitelesa s hitrim CIA (QUANTA Flash GBM). Večina vzorcev je bila testirana tudi z drugimi metodami kot so različni komercialni anti-GBM IgG testi in nekomercialni testi za anti-GBM IgA and IgM. Rezultati: Senzitivnost in specifičnost novega CIA sta bili 95.6% oziroma 99.6%. Analiza je pokazala dobro razlikovanje med bolniki z GPS in kontrolami. Področje pod krivuljo je bilo 0.98 (interval zaupanja 0.96-1.0). Trije serumi kontrolne skupine so bili pozitivni za anti-GBM protitelesa, od teh dva zdrava osebka in en bolnih okužen s HIV-om. Pri vseh treh so bile vrednosti anti-GBM protiteles nizke (20, 24 and 25 kemiluminiscenčnih enot, mejna vrednost je 20 enot). Ko smo rezulate novega testa CIA primerjali z drugimi metodami, smo ugotovili dobro ujemanje: 95.8% (kappa = 0.92) proti EliA GBM, 97.4% (kappa = 0.95) proti obema, BINDAZYME Anti-GBM in QUANTA Lite(R) GBM. Anti-GBM IgA protitelesa smo ugotovili v nizkih vrednostih pri bolnikih z GPS v povezavi z anti-GBM IgG protitelesi, vendar so bila manj uporabna pri razlikovanju med bolniki z GPS in kontrolami. Razlikovanje med obema skupinama ni bilo možno na osnovi anti-GBM IgM protiteles. Zaključek: Novi test QUANTA Flash GBM CIA je pokazal dobro občutljivost in specifičnost in dobro ujemanje z drugimi metodami.
COBISS.SI-ID: 29415641