Dipeptidi so aminokisline blokirane z acetilno in N-metilno skupino. Aminokisline v dipeptidih imajo podobne strukturne lastnosti kot jih imajo aminokislinski ostanki v proteinih, zato je poznavanje struktur dipeptidov ključno za razumevanje struktur proteinov. Določili smo strukture dipeptidov 19 osnovnih aminokislin v vodni raztopini. S spektroskopskimi metodami smo dokazali obstoj treh konformacij dipeptidov v vodi: PII, β, in αR. Delež konformacije αR je v vseh dipeptidih presenetljivo majhen (( 10%). Porazdelitev deležev posameznih konformacij je zelo odvisna od vrste stranske verige.
COBISS.SI-ID: 4611098
Pri odkrivanju novih spojin vodnic je bistveno racionalno načrtovanje, ki se v zadnjih nekaj desetletjih hitro razvija zaradi velikega napredka v računalniških znanostih, statistiki, molekularni biologiji, biofiziki, biokemiji, kemiji zdravil in farmakokinetiki. Pomembna lastnost racionalnega načrtovanja spojin vodnic je uporaba celotnega eksperimentalnega in teoretičnega znanja o preiskovanem sistemu. Uporaba znanja na molekularnem in atomskem nivoju lahko pomembno prispeva k znižanju stroškov in prihranku časa pri odkrivanju novih zdravil. V tem preglednem članku so predstavljene različne strategije racionalnega načrtovanja glede na začetno poznavanje sistema: (i) brez poznavanja aktivnega mesta receptorja, (ii) s poznavanjem modela homologije receptorja, (iii) s poznavanjem eksperimentalno določenih koordinat aktivnega mesta receptorja (npr. z rentgensko kristalografijo ali NMR spektroskopijo) v odsotnosti in (iv) v prisotnosti liganda.
COBISS.SI-ID: 4671770
Z metodami 1D in 2D NMR spektroskopije visoke ločljivosti smo določili konformacijske lastnosti dveh novi sintetičnih analogov epitopa MBP83-99 s substituiranim Lys91, ki tvori primarne stike s TCR receptorjem. Konformacijska analiza obeh peptidnih ligandov je pokazala, da je njuna dominantna konformacija razpotegnjena, kar je v skladu s konformacijskimi zahtevami za interakcijo z receptorjema HLA-DR2 in TCR. Poleg tega smo izvedli simulacije molekularne dinamike obeh analogov v kompleksu z receptorjema HLA-DR2 in TCR. Ugotovili smo podobnosti in razlike v njunem načinu vezave in podali razlago za razlike v njuni biološki aktivnosti. Primerjava nujnega načina vezave z vezavo imunodominantnega epitopa MBP83-99 pojasnjuje tudi njuno antagonistično delovanje. Naši rezultati jasno kažejo, da zamenjava ključnih aminokislin (TCR stiki) spremeni biološko aktivnost analogov epitopa MBP83-99.
COBISS.SI-ID: 4772122